洪武元年（1368年），朱元璋於南京稱帝，國號大明，年號洪武。
朱元璋從小就把兒子朱標當接班人培養。朱元璋自立為吳王時立十歲的朱標為世子，至朱標病逝，27年的接班人生涯，朱元璋就從沒想過換人。不僅自己悉心教導，還請宋濂等名儒為師授其經學。到立朱標為太子時，命功勳道德老成者兼領東宮，不再與東宮外另設府僚，其中就包括李善長、徐達、常遇春等等功臣元勳，意在朱元璋外出征戰期間，由太子監國、方便各將軍丞相輔佐。
洪武后期，藍玉和朱標關係甚好，本來是朱元璋留下輔佐朱標的，可惜朱標早逝。
由於藍玉驕橫跋扈，因此至少犯了三大罪：第一，驕橫跋扈，不僅炮轟喜峰關，而且和還元妃有染；第二，目無法紀，藍玉的義子多達幾百人，藍玉的家人不僅侵佔民田，濫殺無辜，而且藍玉還屢放厥詞，認為朱元璋給他的封賞太低了；第三，意圖謀反，錦衣衛指揮蔣瓛找到了藍玉謀反的證據。
藍玉不僅身材高大，滿面紅光，而且富於勇氣和謀略，有大將的才華。中山王徐達、開平王常遇春死後，藍玉屢次統帥大軍作戰，多次立功。太祖待他十分優厚。藍玉漸漸地驕傲自滿，畜養了很多莊奴，這些人都仗著藍玉的威勢暴虐兇橫。藍玉曾經搶佔了東昌的民田，御史查究追問此事，藍玉大怒，趕走了御史。
藍玉北征元軍回來時，半夜敲擊喜峰關關門，關吏沒有及時開門接納，藍玉縱容士兵打破關門長驅直入。太祖聽說這件事很不高興。先前，太祖想封藍玉為梁國公，因他犯錯改封涼地，還把他的過錯刻在鐵券上。藍玉仍然不知悔改，在侍奉皇上的宴會上出語傲慢。
藍玉在軍中擅自罷免和提拔軍官，獨斷專行，皇帝多次責備他。他西征回朝，太祖讓他做太子太傅。藍玉對位居宋、潁兩公之下感到不高興，說：“難道我不能勝任太師一職嗎？”等到他入朝上奏。太祖往往不聽他的，他更加不高興。
藍玉居功自傲的性格，顯然不是年輕的皇孫朱允文能鎮得住的，因此朱標死後不久，朱元璋就把藍玉也屠戮了。
1393年， 錦衣衛指揮使參奏藍玉謀反，朱元璋隨即令人將其拿下，並由吏部審訊。當吏部尚書詹徽令藍玉招出同黨時，藍玉大呼：“詹徽就是我的同黨！”話音未落，武士們便把詹徽拿下，審判官們目瞪口呆，不再審了。三天後，朱元璋將藍玉殺死，爾後，就是大規模的清洗和株連。胡、藍兩案，前後共殺四萬人。
藍玉一案，族誅一公、十三侯、二伯，牽連被殺一萬五千多人，“元功宿將，相繼盡矣。”謀逆之罪一般都是碎剮凌遲處死，念及藍玉與自己是兒女親家，朱元璋心一軟，寬大處理：碎剮改成剝皮。這樣，劊子手把藍大將軍全須全尾整張人皮剝下來，算是留了全屍，並把人皮送往他女兒蜀王妃處“留念”。明末農民軍攻破蜀王府，在王府祭堂發現了這件“文物”。
朱標不死，藍玉也不用死，藍玉不死，藍玉統領朝廷優勢軍力，哪有李景隆、朱棣的事情。朱棣靖難起兵“清君側”的理由就牽強的。朱元璋為他的兒子朱標留了當時明朝超一流的武人集團班底做為兒子繼承大統徹底清除北元而預備，而據史料記載藍玉本人更對朱標忠心耿耿，然而天不遂人意朱元璋計劃被打亂，太子死皇孫幼，朱標太子的武人集團班底全部被屠戮乾淨，最後落了個周亞夫的下場。
