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小麥莖基腐病、紋枯病、根腐病屬於土傳病害，大量秸稈直接還田後淺旋耕層淺，病原菌逐年積累，是造成土傳病害發生的主要原因；小麥玉米連作種植模式形成周年關聯侵染鏈條；苗期土壤溼度大加速侵染危害；小麥灌漿期田間乾旱加速病害顯症。
特別是小麥莖基腐病，近年來部分割槽域有重發趨勢。侵染高峰在秋苗期，擴充套件高峰在拔節期，顯症高峰在灌漿期，對畝穗數、穗粒數及千粒重均有影響，前期發生隱蔽不容易發現，後期出現枯白穗，一般造成減產20-70%，甚至絕收。
首先是關鍵防控技術措施，播種期和苗期是防控的兩個關鍵時期，一定要把握好時間節點，採取有力措施，綜合施策，多措並舉，才能達到理想的防效，單一防控措施不明顯。
一是深耕深翻土壤，壓低病菌基數。
玉米收穫後深耕深翻土壤達25公分以上，秸稈能充分腐熟，大部分病菌隨之死亡，每2-3年深翻一次即可；
二是適期晚播，減輕年前侵染機率。
10月15-20日（山東濟寧）播種為宜，深3-4釐米，適時鎮壓；
三是藥劑包衣，減少病蟲基數。
選用含咯菌腈、戊唑醇、苯醚甲環唑等有效成分含量足的種衣劑進行包衣（拌種）是預防小麥莖基腐病的關鍵措施，否則起不到應有的預防作用。可選27%苯醚·咯·噻蟲種衣劑200-600毫升/100公斤種子，或8%苯醚甲環唑·噻蟲嗪種子處理懸浮劑1800-3000毫升/100公斤種子，或27。2%氟環菌·咯菌腈·噻蟲嗪種子處理懸浮劑200-400毫升/100公斤種子，既防莖基腐病、根腐病等土傳病害，又防治金針蟲等地下害蟲，同時壓低蚜蟲基數，有效減少小麥生長期用藥次數；
四是早春返青期殺菌劑噴藥，抑制蔓延。
返青期是預防土傳病害的最後一次機會，一旦拔節，再防已無效果。可選18。7%丙環唑·嘧菌酯懸浮劑50-60毫升/畝，或17%唑醚·氟環唑懸乳劑30-40毫升/畝，或200克/升氟唑菌醯羥胺懸浮劑50-60毫升/畝，或48%氰烯•戊唑醇懸浮劑40-60毫升/畝，任選一種兌水60-70公斤順麥壟均勻噴灌小麥根莖部；也可以選用咯菌腈、精甲霜靈、噻蟲嗪等單成分的包衣劑進行處理。
五是輪作換茬，切斷病菌傳播鏈條。
對常發重發區域最好採取輪作換茬，小麥可與大蒜、圓蔥等作物輪作，夏玉米可與大豆、棉花、綠豆、辣椒換茬，或秸稈打捆離田。
