與合成色素截然不同的是，天然色素不僅沒有毒副作用，有的還有一定的營養保健藥理功能。醌類色素（如：薑黃素、紫草素）具有抗菌、抗病毒、抗腫瘤、抗癌的功效；葉綠素有抗菌消炎和抗誘變抗癌的作用；類胡蘿蔔素類的天然色素（如：類胡蘿蔔素、番茄紅素、蝦青素）可在人體內轉化為維生素A，並具有保持上皮細胞健全、維持正常視覺、提高免疫力等多種生理功能；黃酮類天然色素（如：高粱紅色素、紅花黃色素）和花青苷類色素（如：葡萄皮紅色素、紫甘薯花色素）具有抗衰老、軟化血管、增強血管彈性的功能。
隨著人們對色素越來越深入的認識，天然色素越來越受到重視，市場上掀起了一陣“綠色風暴”。開發和應用天然食用色素最早最先進的國家是日本，自上世紀70年代年開始日本用天然色素逐步取代人工合成色素，現批准使用的天然食用色素已有50多種。美國對天然色素的開發利用僅次於日本。我國對天然色素的研究開發也較快，經衛生部批准使用的48種食用色素中就有39種是天然食用色素，而且新的天然色素還在不斷地被開發出來。
我國開發天然色素具有很大的優勢。從資源上來看，我國幅員遼闊地形氣候具有多樣性，農副產品豐富。一些農副產品如黑米、高粱、黑豆、蘿蔔、紫薯、辣椒等隨處可見，而梔子、紅花、葡萄、沙棘、枸杞子的分佈也很廣，這些資源為天然食用色素的開發提供了充足的原材料，同時為農副產品的深加工開闢了一條新的途徑。從經濟效益上來看，利用一些食品工業的下腳料，如高梁殼、黑米皮、黑豆皮、葡萄皮等可創造出額外的經濟效益。同時，還可利用天然的野生植物、花卉等創造出更高的價值。
