作為侄子的朱允炆是先發制人在先的
靖難之役的歷史背景
洪武三年（1370）四月，農民出身的朱元璋登基，為確保朱明王朝能夠千秋萬代地統治下去，他一方面加強君主專制統治，把軍政大權牢牢地掌握在皇帝一人之手，另一方面，想方設法加強皇室自身的力量，其具體的辦法就是分封諸王。
他把宗室二十五人（24個兒子和1個從孫）封為藩王，分駐北部邊境和全國各戰略要地，想透過他們來屏藩皇室。
朱元璋昭告說：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國”。受封諸王在自己的封地建立王府，設定官屬，地位相當高，公侯大臣進見親王都得伏而拜謁，無敢鈞禮。
每個藩王食糧萬石，並有軍事指揮權，於王府設親王護衛指揮使司，轄軍三護衛，護衛甲士少者3000人，多者1。9萬人。九位邊王（遼、寧、燕、谷、代、晉、秦、慶、肅）因有防禦蒙古貴族侵擾的重任，所以護衛甲士尤多。
北平的第四子燕王朱棣擁兵10萬，大寧的第十七子寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。他們在邊塞負責築城屯田、訓練將兵、巡視要害、督造軍器。晉王、燕王多次出塞征戰，打敗蒙元殘餘勢力的軍隊，尤被重視，軍中大將皆受其節制，甚至特詔二王軍中小事自斷，大事才向朝廷報告。
尤其是燕王，由於功績卓著，朱元璋令其“節制沿邊士馬”，地位獨尊。
藩王勢力的膨脹，勢必對中央政權構成威脅。在朱元璋大封諸王的時候，有個叫葉伯巨的大臣指出，藩王勢力過重，數代之後尾大不掉，到那時再削奪諸藩，恐怕會釀成漢代“七國之亂”、西晉“八王之亂”的悲劇，提醒朱元璋“節其都邑之制，減其衛兵，限其疆土”。朱元璋不但聽不進勸告，反而將其下獄囚死。
在分封之中，他曾規定凡受封諸王必須離開京城，到封地就藩。不允許各親王之間相互往來，即使入朝，也不能同時前來，必須一王離京，另一王才可啟程。朱元璋此舉的目的在於避免諸王相互串聯，與中央相對抗。所以，諸王就藩，可以說是“生離死別”。但朱元璋的用心良苦，卻未能收到預期的後果。
建文帝朱允炆削藩
洪武二十五年（1392年）太子朱標病死，朱元璋雖立朱標的次子朱允炆為皇太孫。朱允炆因生性“穎慧好學，性至孝”，而深得朱元璋的喜愛，稱讚他：“而誠純孝，顧不忘我乎。”不過，對於這位“仁柔少斷”的皇太孫將來繼任帝位，朱元璋並不十分滿意，曾一度打算更換太子，後因翰林學士劉三吾的勸諫，才沒有這樣做。
儘管如此，朱元璋對朱允炆的繼位仍放心不下。洪武三十一年（1398）閏五月，朱元璋病故，廟號太祖，皇太孫朱允炆即皇帝位。
臨終前，朱元璋立下遺詔，“皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民”、“諸王臨國中，毋至京師”。
朱允炆即位，是為明惠帝，改元建文。儘管有朱元璋的遺詔，不許諸王“入臨、會葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康（今江蘇南京），朱允炆聞訊後，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京，對此朱棣十分不悅，這是阻止我們盡孝啊。
其時，鎮守北部邊疆的諸王已有很大的權勢，寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。燕王朱棣更握有“節制沿邊士馬”的重權。朱允炆對這些皇叔們憂心忡忡。
建文元年（1399）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣長史葛誠入朝奏事。
朱允炆遂向葛誠密問燕王府之事，葛誠如實稟告，於是派他返回燕王府，作為內應。葛誠回到燕王府，朱棣見他神色異常，心中不免作疑。隨即朱棣親自入朝，他自恃皇叔身份，徑直走皇道入宮，登陛不拜。
監察御史曾鳳韶彈劾其不敬，戶部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智慮絕人”，建議將他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至親”，婉言拒絕。朱棣察覺到朝廷對自己懷有貳心，回燕王府後，便託辭患病，以觀事態的變化。
基於此，建文帝與兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄商量，齊泰、黃子澄以諸王權勢過大，恐難駕馭為由，力主削藩。
在削藩順序上，齊泰認為應先削實力最強的燕王，但黃子澄反對，認為燕王有功無過，為了爭取輿論支援，應該先找有問題的親王下手。惠帝支援黃子澄，遂先後廢除五位親王。
洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，於是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發其父謀反，於是派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年（1399年）四月，削齊、湘、代三位親王，直接廢為庶人。湘王不堪受辱，為保名節舉家自焚；齊王被軟禁在南京；代王被軟禁在封地大同。 兩個月後，削岷王，廢為庶人，徙漳州。
朝廷削藩直接激化了矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。
按照朱元璋設計的制度，由皇帝、藩王、外戚、駙馬組成的家天下體制，應該能夠在權力、禮法和親情的共同作用下穩固地支援大明江山。然而，文弱的朱允炆與身邊的書生們沒想出掌握並制約桀驁不馴的叔王的辦法，於是朱元璋最初設計的制度終於釀成大禍。
與此同時，朱允炆朝廷也開始實施針對燕王的措施，在北平周圍及城內部署兵力，又以防邊為名，把燕王朱棣的護衛精兵調出塞外戍守，準備以此削除燕王。
以上種種，建文帝以為準備妥當了，便秘密下令擒拿朱棣，但卻沒有成功。
發展到這一步，坐鎮北平的朱棣已成困局，再不起兵必步被削藩王的後塵， 於是1399年（建文元年）燕王正式起兵反抗，隨揮師南下，史稱“靖難之役”。
在這場戰爭中，皇親國戚們紛紛參戰，投向不同的兩個陣營。
靖難之役
靖難之役中朱棣的口號是“清君側，靖國難”。“靖難”的意思：“靖”指平息，掃平，清除。“靖難”代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。
太祖朱元璋成法中有一條是關於“靖難”的。
為了保證朝廷的正常，如果出現奸臣亂政的情況，藩王可以帶兵入京勤王，以“清君側，靖國難”。朱棣抓住了這個由頭，發動了“靖難之役”。
不過太祖的成法裡還有一條就是皇帝必須先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後要五日之內離京。
所以這不過是朱棣想要奪取皇位的一個藉口罷了。
朱元璋為保皇孫朝廷穩固，臨終前已將所有能威脅到朱允炆政權的人全部殺光，除了自己的兒子，但百密一疏，這直接導致了建文帝朝廷已無大將可用，燕王起兵後，只好起用倖存的老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐。
而建文帝本缺乏謀略，優柔寡斷，致使主力不斷被殲。
朱棣以北平（今北京）為基地，適時出擊，靈活運用策略，經幾次大戰經逐漸消滅了官軍主力，最後乘勝進軍，於1402年（建文四年）攻下帝都應天（今江蘇南京） 。
戰爭共歷時四年（1399—1402年）。 南京破後，建文帝下落不明。或說於宮中自焚死，或說由地道逃走，隱藏於雲、貴一帶為僧。
同年，朱棣即位，即明太宗，嘉靖時期改為明成祖。
第二年，改元永樂，改北平為北京。1421年，遷都北京，稱北京為京師，南京為留都。
洪武年間，北方的防務多由幾位邊王（如朱棣、朱權）負責，靖難後，朱棣遷諸邊王於內陸，導致華北防務空虛；
受教於唐朝之守外虛內、宋朝之守內虛外的教訓，故在軍事上，定都金陵（南京）、遙控將領守衛邊界的風險很大；而“天子守國門”則可以解決這一問題。另一方面，由於南京建文帝前朝制度影響較大，在政治上考慮，作為朱棣大本營的北平更加適合作為帝都。故考慮各種因素後，朱棣決定遷都北京。
永樂元年（1403年）二月，朱棣改北平為北京，名順天府， 隨後遷徙各地富民於北京 。
朱棣稱帝后，六月十八，恢復了周王朱橚、齊王朱榑的爵位 。隨後恢復代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永樂元年正月，令周、齊、代、岷四王重新歸藩。
六月廿六，朱棣取消朱標的明興宗廟號，重新稱懿文太子 ；七月十二，將朱允炆的三個弟弟由親王降為郡王；十一月將朱允熥、朱允熞廢為庶人，朱允熙不久暴卒 。
朱棣因為反對惠帝削藩而起兵，為了爭取諸王擁戴，即位後立即恢復了被削的藩王，並加以賞賜，甚至改變祖制給予宗室更高的品級。
“靖難之役”是明朝歷史上第一場皇帝和藩王之間的內戰。這場戰爭是因為建文帝朱允炆為了鞏固自己的權力、決定削藩而引起的。
“靖難之役”是明朝歷史上影響深遠的一次政權爭奪戰，不僅導致了明朝皇位歸屬的改變，也極大影響了此後二百多年明朝政治、思想的走向。
