蒙古人給阿富汗所帶來的廣泛的、殘酷的和系統的破壞，可能永久地改變了這個國家的特性。曾經一度與巴格達相媲美的規模較大的貿易城市和北部更遠的綠洲地帶也紛紛沒落，對此地受過教育的精英的屠殺，使得阿富汗與世界文明中心漸行漸遠。
阿富汗北部、南部和西南地區著名的城市以及大規模定居的城鎮、鄉村和農田都被消滅殆盡，其中一些再也沒有恢復過來。經歷數世紀最終完成的灌溉系統被征服者精心毀壞，而那些懂得如何修復水利的人也統統被殺。類似於巴爾赫和伽色尼的城市，都失去了其作為伊斯蘭文化有創造力的中心的地位。
拜謁壯觀成吉思汗陵，感受燦爛蒙古族文化
另一方面，阿富汗越來越多的遊牧部落發現，撤退到山區才是最容易的規避征服者的方式。根據當時的史料記載，在山區，蒙古人善於騎射並組織嚴密的優勢無法有效地發揮，而部落民則可以藏匿於山洞和灌溉渠道里。阿富汗人引以為榮的分權的部落或氏族的規則，和他們幾乎成為世仇法則的尚武價值觀，並沒有為普世性的哲學所緩和，使其在對付蒙古人侵略中佔了大便宜。但同時，向城市文明遞進的步伐也倒退了數百年之久。
成吉思汗，或稱“終極首領”，一個出身卑賤的孤兒，在其早期生涯中花費心血進行無止境的戰爭，使中國北部的蒙古和突厥遊牧民全部結成一種統一的力量。在1206年被選為這個巨大聯盟的首領之後（此時成吉思汗51歲），他強加給各個部落統一的法律和宗教體系，為蒙古語制定了一個字母表，重組軍隊並將之置於殘酷的紀律之下，這些紀律在他死後仍被執行了很久，他還從各個層級中提拔偉大的將領以輔佐他和他的兒子們。
在征服中原，並獲得大量財富和奴隸軍人之後，成吉思汗把他的目光轉向西方。根據中世紀曆史學家的記載，戰爭始於強大的花拉子模 沙貿然拒絕了成吉思汗建立聯盟的邀請，反而殺害了成吉思汗的滿載禮品的使節。這種不合時宜的姿態正給了成吉思汗他所需要的藉口。1219年，當花拉子模 沙派遣軍隊征服巴格達的時候，多達20萬的重灌蒙古騎兵，在中國圍城專家的陪伴，蜂擁進入花拉子模腹地。他們把布哈拉化為灰燼，並精選有用的能工巧匠和奴隸，還把撒馬爾罕付之一炬，然後轉而南下掃蕩戰敗的敵人的臣民。
和過去時常發生的一樣，阿富汗於1221年被征服，成為這次征服運動的第一站。當代的波斯歷史學家約瓦伊尼寫道：“世界上一塊肥沃的土地荒蕪凋敝，該地區因此變成一片沙漠，還有大量的生靈被荼毒，他們的面板和骨頭被碾成塵土”。
當另一支蒙古軍隊以不敗的戰績席捲伊朗北部，並透過高加索地區進入烏克蘭大草原的時候，在阿富汗，在喀布林以北，成吉思汗的將軍們在阿富汗人部落聯軍的手上，遭遇到他們的第一次戰敗。作為報復，成吉思汗把巴米揚河谷的全部人畜消滅殆盡，發誓還要摧毀該地的一草一木，以使這裡永遠荒蕪人煙。伽色尼城剛從70年前古裡王朝的破壞中艱難地恢復過來，但卻再一次被夷為平地。
儘管有了這些慘痛的教訓，但當成吉思汗挺進印度的時候，阿富汗城鎮還是紛紛叛亂。成吉思汗認為炎熱的條件對其騎兵不利，隨即從印度河流域撤軍返回，並迅速地消滅了赫拉特和巴爾赫的居民。蒙古人在赫拉特前後屠城七日，有兩千名藏匿的居民也被隨後返回的蒙古軍隊所殺害。然而，叛亂和不斷地劫掠襲擊補給地可能已經達到了目的，對印度失去興趣的蒙古人最終也意識到，在阿富汗長期不斷地進行戰事是得不償失的。
1227年成吉思汗死後，蒙古帝國被劃分成4個領地，其中兩個領地的界限剛好把阿富汗一分為二，而餘下的巴爾赫、喀布林和伽色尼都劃歸給了中亞的察合臺汗國。蒙古衛戍部隊駐紮在山區，他們可能就是今天阿富汗的哈扎拉人的祖先，大部分哈扎拉人呈現出東亞血統。
赫拉特和阿富汗西部被劃給在伊朗和伊拉克的伊爾汗國。1245年，伊爾汗國又將其作為領地分賞給了能幹的塔吉克庫爾特王朝管理。庫爾特王朝恢復了城鎮，並逐漸佔領了呼羅珊全部和坎大哈南部地區，最終於1232年宣佈其汗國獨立。時至今日，阿富汗赫拉特地區和西部零星地區居住著一個重要的少數民族塔吉克。庫爾特王朝持續了50年，在帖木兒領導的新一輪蒙古人征服中被擊敗。
儘管在其根據地早已有很多穆斯林，但成吉思汗的軍隊還不是穆斯林。1258年，巴格達的阿拔斯王朝最後一位哈里發因拒絕投降，被蒙古汗王旭烈兀殺害，自此，一個歷時500年之久的63王朝覆滅。但直至世紀末，伊斯蘭教再一次得到宣揚。1260年，虔誠的穆斯林、埃及馬木留克奴隸王朝在敘利亞擊敗蒙古軍隊。漸漸地，和其他野蠻征服者一樣，新來的侵略者均屈服於同樣的命運——他們在文化上向他們所征服的文明投降。
1295年，新的伊爾汗馬哈茂德 加贊宣稱他成為穆斯林，並迫使他的宮廷也皈依伊斯蘭教。他成為穆斯林學問和藝術的偉大資助者，在這些方面後來表現出強烈的東亞影響。到下一個世紀，蒙古人成為伊斯蘭教的捍衛者，並幫助其向邊疆地區傳播。然而，隨著時間的推移，在東方穆斯林世界裡，各個汗王失去了他們的大部分野蠻活力和政治敏銳性，而這為一個新的競技者的登場作好了準備。
