由金兀朮率領的主力部隊動作非常迅速，在杭州沒有停留，經越州（紹興）到達明州（寧波）。得知宋高宗逃至昌國縣（今定海縣），馬上“自明州乘小鐵頭船泛海，隨潮乘風至昌國縣”。宋高宗已於前一天離開了昌國縣，由於沒有捉到宋高宗，金軍只好“縱火劫掠，至沈家門而回”；金兵不會駕船水戰，他們望著波浪滔天的大海，無可奈何地還兵。
金兀朮在歸途中經過越州時，守城的李鄴投降金軍，“兀朮乘馬往來於市中，班直唐琦憤怒，以石擊之不中”，［23］被兀朮捉住殺死。兀朮押俘李鄴至杭州，金軍先是在吳山、七寶山縱火，“三日夜煙焰不絕”，然後縱兵搶掠，臨走之時由於搶來的貨物太多，難以用車馬運輸，故而由秀州（今嘉興縣）、平江（今蘇州）沿運河而行，“沿路屋宇無大小，並縱火，靡有孑遺”。駐守平江府（今蘇州平江區）的周望，聽說金軍已破秀州（嘉興），恐怖畏怯，逃入太湖中去躲藏。金軍是沿運河（今京杭運河）北上，當時韓世忠的水軍，部署在江陰（今仍其名）、鎮江一線，金軍欲從運河進入長江，必須突破韓世忠的防線。
金兀朮的軍隊，在運河入長江口處遭到韓世忠的截擊，韓世忠取勝。為此，宋高宗對韓世忠進行嘉獎，提升他為檢校少師、武成感德軍節度使。此後雙方多次交戰，互有勝負。鎮江城金山上的焦山寺，是扼守運河入江的制高點，韓世忠搶先佔領了焦山寺，與金兀朮約日大戰，韓世忠的夫人梁紅玉親自在金山上擊鼓助威，金兵仍滯留在運河中，不得入長江。錢彩《說岳全傳》中的“梁夫人擊鼓戰金山”一節，就是據此編寫的。金兀朮不得入長江，甚為恐懼，他向韓世忠提出，如果能放他入江，他將把所掠奪來的財物和名馬，全部獻給他，但是為韓世忠所拒絕。
為了尋找入江的通路，金兀朮誤入黃天蕩，這是一條沒有出路的死水灣。韓世忠將黃天蕩的入口扼住，使金軍在黃天蕩中無法活動，只有死路一條。金兀朮得知這是死水灣，無法逃脫，又向韓世忠提出放他一條生路。韓世忠回答說，只有“還我兩宮，復我疆土，則有相全”。金兀朮在黃天蕩中與韓世忠相持了48日，仍未找到出路。這時有一宋朝人向金兀朮獻計說，在黃天蕩與秦淮河之間，有一條廢棄河道，如果能把廢棄河道挖通了，就可以將船隻駛出黃天蕩，進入秦淮河，秦淮河經過建康城流入長江，可以渡江北歸。金兀朮聞此大喜，令所有計程車兵都來挖河，夜以繼日，很快掘通了廢棄舊河道，金兀朮所統率的兵馬由此進入建康城。韓世忠對此事一無所知，他認為金軍必然困死在黃天蕩中。這條被開通的舊河道，又被稱作蘆陽池新河，《說岳全傳》稱之為老鸛河，長約30裡，後來曾被沿用。
金兀朮入建康城，其船隻可以進入長江。不過金兀朮所用的都是小船，而韓世忠使用的是大海船。韓世忠的大船在江北側遊動，金兀朮的小船在江南側行駛，由於船小、低矮，無法與韓世忠的大海船戰鬥。於是，金兀朮公開張榜求賢，賞以重金。有一姓王的福建人，在建康城中開糧米鋪。他看到金兀朮的賞格很高，便告訴金兀朮說，韓世忠船大有個缺點，沒有風就無法活動；金國的小船，在無風的時候也可以搖棹行駛。因此，在小船上放火箭，就可以燒燬韓世忠的大海船。金兀朮信以為真，連夜製造火箭（即可以燃燒的箭矢），第二天便試射，使韓世忠大海船帆中箭燃燒。由於當時無風，大海船無法活動，都中箭被燒燬。韓世忠的大海船上，“人皆全裝，馬皆鐵面皮甲，每船有兵有馬，有老少、有糧食、有輜重。無風不能行，火烘日曝，人亂而呼，馬驚而嘶，被焚與墮江者，不可勝記。遠望江中，層層皆火，火船蔽江而下，金人鼓櫂（棹）以輕舟追襲之，金鼓之聲震動天地，世忠敗散”。［26］
金兀朮的火攻，與三國時周瑜的火燒曹操軍營極其相似。這是在戰爭中以火攻制敵的重要戰例，對後世產生了一定的影響。
金兀朮燒燬了韓世忠的戰船以後，順利地渡過了長江，帶著他搶掠來的大量財物北歸。金兀朮南下江南，雖然沒有捉到宋高宗和元祐太后，然而卻使宋朝的官兵聞風喪膽，不寒而慄。這對於後來宋金關係的發展，促成“紹興和議”，產生了深遠的影響。
在金兀朮渡江北歸以後，宋高宗和元祐太后又回到了杭州，使杭州成為南宋的都城，改名臨安。
