我有一個配體和受體的複合物，如何知道配體和受體直接相互作用的氨基酸？是否形成氫鍵？或者疏水作用？
Ligplot+軟體功能：分析蛋白-蛋白相互作用氨基酸的相互作用（氫鍵、疏水作用），LigPlot+軟體也可以分析複合物之間或者單個分子內部的作用力
官網：https：//www。ebi。ac。uk/thornton-srv/software/LigPlus/
軟體下載
：需要到官網上申請，學術免費，保質期一年，過期後可以再申請，會郵件發過來
安裝
：
這裡需要電腦安裝java，如果沒有的話軟體打不開
確認java安裝了以後，將發過來的壓縮包解壓後，直接放在C盤下面【C：\LigPlus】
雙擊LigPlus
開啟
該檔案
點選
Edit--program path
注意Temporary directory 寫著C：/tmp，因此
要在C盤下面建立一個名為tmp的空資料夾
【在C盤下新建資料夾，把這個資料夾命名為tmp即可哦】
如果你的電腦有pymol軟體，也可以把pymol軟體的安裝目錄寫在“PyMOL executable”下面的框裡，沒有pymol也不影響後面的使用
點選Save
這裡我們
用Ligplot分析PDB: SKFD中的A鏈和E鏈之間相互作用的氨基酸
：
點選
File--Open--pdb file
Browse選擇
skfd.pdb -- open
對於複合物分析，可以選擇兩條鏈，如這裡選擇ChainA與ChainE，如果是想
分析單個分子內的作用
，可以在右邊選擇domain1和domain2是哪條鏈的哪些氨基酸，選好後，點選“Run”。
結果如下：
Edit--Size definitions
可以修改顯示的字型，大小，原子大小，鍵寬等引數
File--write ps file儲存為A-E.ps檔案，A-E.ps可用Photoshop開啟:
然後
另存為.tif或者.png檔案
即可~
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注意：文章末尾可以給作者打賞哦~筆芯~
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