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Protel99SE是應用於Windows9X/2000/NT作業系統下的EDA設計軟體，採用設計庫管理模式，可以進行聯網設計，具有很強的資料交換能力和開放性及3D模擬功能，是一個32位的設計軟體，可以完成電路原理圖設計，印製電路板設計和 可程式設計邏輯器件 設計等工作，可以設計32個訊號層，16個電源——地層和16個機加工層

Protel99se主要包含以下倆大部分和6個功能模組。

電路工程設計部分

（1）電路原理設計部分（Advanced Schematic 99）：電路原理圖設計部分包括電路圖編輯器（簡稱SCH編輯器）、電路圖零件庫編輯器（簡稱Schlib編輯器）和各種文字編輯器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路原理圖；更新和修改電路圖零件庫；檢視和編輯有關電路圖和零件庫的各種報表。

（2）印刷電路板設計系統（Advanced PCB 99）：印刷電路板設計系統包括印刷電路板編輯器（簡稱PCB編輯器）、零件封裝編輯器（簡稱PCBLib編輯器）和電路板元件管理器。本系統的主要功能是：繪製、修改和編輯電路板；更新和修改零件封裝；管理電路板元件。

（3）自動佈線系統（Advanced Route 99）：本系統包含一個基於形狀（Shape-based）的無柵格自動佈線器，用於印刷電路板的自動佈線，以實現PCB設計的自動化。

電路模擬與PLD部分

（1）電路模擬模擬系統（Advanced SIM 99）：電路模擬模擬系統包含一個數字/模擬訊號模擬器，可提供連續的數字訊號和模擬訊號，以便對電路原理圖進行訊號模擬模擬，從而驗證其正確性和可行性。

（2）可程式設計邏輯設計系統（Advanced PLD 99）：可程式設計邏輯設計系統包含一個有語法功能的文字編輯器和一個波形編輯器（Waveform）。本系統的主要功能是；對邏輯電路進行分析、綜合；觀察訊號的波形。利用PLD系統可以最大限度的精簡邏輯部件，使數位電路設計達到最簡化。

（3）高階訊號完整性分析系統（Advanced Integrity 99）：訊號完整性分析系統提供了一個精確的訊號完整性模擬器，可用來分析PCB設計、檢查電路設計引數、實驗超調量、阻抗和訊號諧波要求等。