水產養殖中清塘改底調節水質方法大致有物理方法、化學方法以及生物方法，具體操作方法大致如下：
1。物理方法大多是排乾池水，然後用水力挖塘機組清除淤泥。此法成本低、適應性強，但作業時需要有水源和較大的荒地或淺灘用於排放泥漿，池底再經過冰凍日曬，促進有機物質的分解，消滅病原體和其他有害生物。除了清淤外，經常攪動塘底、翻鬆塘底的淤泥，並以沸石粉、木炭等吸附性物質為主的物理型底質改良劑，雖能大量吸附水體中的氨氮等有害物質，沉積池底，但會造成底泥中氨等有害物質迅速升高，發生底臭，不能從根本上解決問題。
2。生石灰清塘，生石灰遇水後發生化學反應，放出大量的熱能，中和淤泥中的各種有機酸，改變酸性環境，從而可以起到除害殺菌、施肥、改善底質和水質的作用，使用時可乾池清塘或帶水清塘。帶水清塘一般是在總鹼度、總硬度及pH值都偏低的池塘，而池水和底質中鈣離子濃度較大、鹼度較高，則不能施生石灰，可以使用其他化學藥劑如殺菌下毒之類藥物。
3。採用微生物製劑清塘、改底，可以有效消除養殖隱患，放苗之後還可以用來補菌，維持水質穩定。
在實際應用在，採用多種方法相結合的方法來進行底改，但是需要注意的是：微生物製劑須在使用其他清塘藥物或者生石灰一週之後才能使用。水產養殖中常用菌劑有光合細菌、硝-化細菌、芽-孢桿菌以及複合型em菌劑等，其中採用益富源複合型em菌劑效果比較顯著。
益富源水產em菌使用方法：
選擇在晴天上午每畝2-3公斤em菌液潑灑全塘。隔7天后可每畝1公斤em菌液補充一次。 日常維持水質可用em菌每15-20天全塘潑灑一次。可保持水質活嫩爽。同時em菌中的有益微生物可吞噬水中的有害病菌。起到殺菌的作用。因為自然界中有害菌和有益菌是相互吞噬的，有益菌多的情況下會把有害菌吞噬掉。
使用益富源水產em菌液用於水產養殖，可改善水質，提高成活率和相對生長率，降低發病率，提高肉質品質，同時使用益富源水產em菌對飼料、糞肥進行發酵用來養魚蝦，可提高營養成分和飼料效率，大幅度降低飼料係數和養殖成本。
