明初對元朝勢力的清除明朝在朱元璋的率領下於洪武元年（1368年）攻破元大都，滅了元朝。消滅元朝後，明的統治還面臨著重重危機，這主要來自於西北與東北元朝勢力的殘餘。朱元璋將進攻的重點先放在了西北及北部地區，於洪武三年統一了西北地區，穩定了統治秩序。
隨後朱元璋立即開展對東北地區主要是納哈出率領的元朝殘餘勢力的剿滅活動。當時元朝在吉林地區的最大頭目是納哈出。此人是成吉思汗時期四傑之一木華黎的裔孫。1368年，元朝潰逃蒙古草原，建立“北元”政權，繼續與大明王朝對抗。納哈出憑藉雄厚的軍事力量成為北元的丞相和太尉。率領數十萬大軍盤踞於金山（今吉林省雙遼縣東北）遼河北岸一帶，以元的國號繼續與明朝進行對抗。
明太祖採用招撫與用兵兩種手段，希望儘快統一東北地區。但是納哈出自恃兵強馬壯不理會朱元璋的招撫，反而扣押前來遊說的使臣，無奈之下明朝只得派重兵前來討伐。明朝先是派出馬雲、葉旺出任都指揮使，前去遼東地區剷除元的殘餘勢力，使納哈出孤立無援。納哈出四處躲避最後逃回金山，勢力受到打擊，從此有所收斂。
朱元璋本著招撫的原則，從沒放棄過對納哈出的爭取，即使在軍事上佔上風時，也曾寫信勸降，朱元璋在信中說道：“人生天地間，能觀天地變化之機，知時識勢而不失者，乃為傑丈夫。古人有云：活千人者，其後必封，爾為元臣忠則忠矣，何苦違天道，昧人事，而失德若是耶……今爾與聯守邊將士，族旗相望，略較勝負，彼此相當，矢石之下，摧害者眾，然以往之事不咎，未來者可不思乎？自今以往，若通一介之使，雪前日之想，朕亦不較，不然必致生縛。於此之時，何而目以見聯。”
朱元璋的勸降之話可謂入情入理，不僅對納哈出此人給予高度讚賞，同時又分析了現實的形勢，並作出保證一旦歸降，必定不計前嫌加官晉爵。納哈出對朱元璋的招撫政策並不是無動於衷的，由於軍事上的節節敗退，他也曾想過歸順明朝，但是此人又常抱有僥倖心理，認為自己所處地理位置優越，兵強馬壯可以與之一搏，所以納哈出一直在投降和繼續戰鬥之間猶豫不決。
在加強心理攻勢的同時，明政府對納哈出的軍事進攻也準備就緒。直到洪武二十年（1387年）正月，朱元璋派馮勝為徵虜大將軍，率軍20萬出征東北，逼近納哈出的老巢，納哈出自知實力不敵，最終率餘部嚮明朝投降。隨同納哈出投降的故元官吏、將校多達3000餘人。
這說明，元政權崩潰後，相當一部分故元將吏退入東北，聚集於納哈出麾下。因而，納哈出的歸降，不僅為明朝統一東北地區清除了重大障礙，也是從整體上對故元勢力的一個沉重打擊。朱元璋也履行自己的諾言，優待以納哈出為首的元朝殘餘勢力。九月，納哈出率領餘部來到明都城受降，朱元璋“撫慰甚至，賜一品服，封為海西侯”，“食祿兩千石”。
看到一直與明朝抗爭的納哈出已然投降，聚集在東北地區的其他地方勢力也紛紛投降，接受明朝封賞，至此，明朝將元朝盤踞在東北的殘餘勢力也都消滅殆盡。明軍在今吉林省境內打敗和招降納哈出部後，繼續進軍捕魚兒海子，消滅了固守在那裡的元朝殘餘勢力。
至此，元朝在東北的餘部勢力全部瓦解，明王朝初步確立了在東北的統治。後在東北設定了遼東、大寧、努爾幹三個都司，下轄四百餘衛。吉林地區大部分均屬奴兒干都司轄區。
