八百年前，人們在這座小阜上建起了一個七層八級實心高塔，高約七米，用花崗石砌成，後來又在高塔周圍建了大殿。目前金山寺於1934年重建。由於地形限制，寺院並無巍峨的殿閣和巨大的佛像，但勝於小巧玲瓏，景緻自然，自成一體，在全省各地寺院中獨樹一幟。
寺院內有一座千年石塔，位於寺院正中，是五代七級八角石塔，被譽為“閩江第一塔”。石塔猶如指路人的燈塔，千年來，數不盡的貨船、漁舟在塔旁揚帆遠航，一片繁華的景象。風輕雲淡，江面上可以看見雄偉的石塔倒影，形成了“雙塔”爭美的幻景。
寺院裡還有一棵連理香樟。傳說，是明朝地方狀元翁正春種的，樹高近二十米，離地面一米高的樹幹分叉成兩個大樹幹，在三米高的地方又生出了一個橫枝，像手臂一樣將分叉的大樹幹緊緊連理，人們稱之為“連理樹”，與白居易的《在天願作比翼鳥，在地願為連理枝》這句名言如出一轍。有人說這棵樹很有靈性：求婚者在陰莖上真誠地摸索，就會找到一個稱心如意的人；求功名的學生，只要在樹邊默唸祈禱，就會金榜題名；善男信女在樹蔭下虔誠地祭拜，就會沾上菩提露，頓聞佛氣。有興趣的小夥伴可以試試哦。
至於金山寺，一直有一個神秘的傳說，寺院下面的礁石是鱉的化身，使金山寺能“由潮升降，水漲船高”，潮起潮落，龜龜下潛，這樣，即使洪水氾濫，這座古寺也能安然屹立千年。對此傳說，人們一直深信不疑，因為廟宇確實在漲潮時並未受到影響。
從金山寺憑欄望去，只見波濤盪漾，船帆搖曳。從前有一座石橋通向金山寺，後來被拆除，現在想進入金山寺，只能乘小船橫渡，費用五元，但參觀金山寺是免費的。關於這個廟宇不會被水淹，小夥伴們有什麼想法？
