奧俄聯軍在奧斯特里茨戰敗之後，歐洲大陸暫時沉寂下來，但是背後仍然是暗流湧動。上次的戰役中，拿破崙之所以急於使普魯士保持中立，是因為十五萬普魯士大軍一旦加入奧俄聯軍的行列，法軍不僅要面對兩倍以上的敵軍而且交通線還會處在普軍的攻擊之下。戰爭其間法軍未經允許即穿越了普魯士的安斯巴赫公國，曾使普魯士當局甚為憤慨，幾乎導致普魯士參戰，最終賄以漢諾威才勉強無事。但是在戰爭之後拿破崙要求把安斯巴赫交給巴伐利亞作為割讓漢諾威的補償，這就加劇了柏林的反法情緒。同時英法的關係因英國輝格黨政府上臺，緊張的關係略有緩和，但和平談判仍因荷蘭和西西里等殖民地問題而毫無結果。
而在法國對俄奧和平條約簽訂之後，法國在南德意志製造了一連串的法國衛星國，同時未與普魯士商議，還組成了一個依附於法國的萊茵聯邦，同時法國軍隊也未退出南德意志，軍事供養由德意志西南部供養，面對種種情況普魯士的主戰情緒日益高漲，力主對法作戰，以捍衛普魯士的利益。
而拿破崙手下人的小細節則直接激怒了普魯士人。1806年的7月，繆拉親王毫無策略頭腦地把韋爾頓的普魯士駐軍趕出了他新近獲得的大公國。另外在與倫敦的輝格黨政府和平談判時，拿破崙又空前狡詐地提出將漢諾威歸還給英國，儘管在此以前，他已將該地割讓給了普魯士。這種口是心非，兩面三刀的做法在7月底傳到普魯士政府的耳朵裡，於是雙方就勢在必戰了。
1806年9月，普軍及其盟友薩克森集結了三個集團軍，呂歇爾軍（三個師），二萬五千人，在艾森納赫；不倫瑞克軍團（六個師），五萬八千人，在哥達-埃爾富爾；霍恩洛厄軍團（五個師），四萬七千人，耶拿-薩爾費爾德；共十三萬人。9月5日，拿皇收到了普軍正向其南部邊界移動的情報，於是立即徵召1806年度的五萬新兵和三萬後備軍。同時在9月19日，下達了在10月之前完成集結十個軍近二十萬人的命令。10月3日，法軍完成部署，蘇爾特的第四軍，內伊的第六軍和巴伐利亞軍在拜羅伊特-慕赫貝格-霍夫一線；貝爾納多特的第一軍，達武的第三軍，近衛軍在班貝格-克羅納赫-洛本施泰因一線。拉納的第五軍，奧熱羅的第七軍在施魏因富特-柯堡-諾伊施塔特一線。
法軍集結後向柏林方向進軍，而普軍則南南德意志地區進軍，法軍的目標是普軍的左翼。
10月10日，普軍的左路與以拉納為前衛的法軍左路縱隊遭遇，結果這支由普軍和薩軍組成的十個步兵營和十個騎兵中隊的部隊被徹底擊敗，年輕的路易親王陣亡。初戰敗北的訊息在不倫瑞克的司令部裡引起極大的驚慌。普軍統帥意識到自己犯了錯誤，向維爾茨堡推進的時候，正好把自己的左翼和後部暴露在拿破崙的優勢兵力之下，於是他決定立即退至馬格德堡和易北河谷以掩護其與柏林的交通線。在右翼的呂歇爾軍奉命退至魏瑪，軍團的大部分兵力定於11日在此集中，同時霍恩洛厄奉命將其兵力集結於耶拿以西的高原上以保護其左翼。但這又是一個大錯誤，因為理應命令霍恩洛厄不惜一切代價守住薩勒河上的渡口。
10月11日，以蘇爾特的第四軍為先導的法軍右路縱隊到達普勞恩；以貝爾納多特的第一軍為前鋒的中路縱隊進抵奧馬以北；而左路縱隊的拉納第五軍也進入薩爾費爾德。9日晚，蘇爾特送回的情報稱敵軍正從普勞恩向格拉撤退，這一報告使拿破崙誤以為普軍主力正在該地集中，並準備會戰。但此後不久，繆拉報告說，他的騎兵已透過格拉，發現該地未被佔領，薩克森軍似乎已向西經由羅達撤往耶拿。此時，貝爾納多特的第一軍也到達格拉，而拉納的第五軍則從薩爾費爾德進至諾伊斯塔特，隨後而至的還有奧熱羅的第七軍。拿破崙此時已將各軍成功地集中起來了，但對於敵之部署卻仍一無所知。
此後，拿破崙接到了達武在頭一天晚上發出的一份重要的情況彙報，說他已佔領了瑙姆堡，從戰俘和逃兵的供詞中確知普魯士國王已於11日到達魏瑪，其兵力集中在愛爾福特和魏瑪之間，瑙姆堡和萊比錫之間沒有敵軍。這個報告使拿破崙進一步確信普軍已全部集結完畢，他決定立即實施包圍行動，以其右翼切斷敵軍通往易北河的退路。
10月13日夜間至14日凌晨，大霧籠罩著薩勒河谷及其以西的高原。對於法軍而言，這真是幸運之至。因為內伊、蘇爾特和奧熱羅通宵都在沿狹窄、蜿蜒的小道從耶拿奮力往高原上調動兵力。在把大炮拉上山頂的過程中，他們歷盡艱險，但是大霧讓他們的行動悄無聲息。
拂曉時，拉納的第五軍和跟在他後面的近衛軍向前推進，清除了克羅維茨和魯茨羅達兩村中的薩克森部隊。霍恩洛厄於是將其餘部和呂歇爾軍從卡皮侖多夫調了上來，在高原上集結了約四萬七千人。他依靠這些兵力攻佔了依塞爾斯塔特和維爾柴恩-海里根之間的另一道山脊，激戰隨即爆發。蘇爾特（第四軍）在右翼展開，奧熱羅（第七軍）在左翼展開，法軍從普軍戰線的兩端同時進行包抄。拿破崙現已集中了七萬五千人對付霍恩洛厄的四萬七千人，並親自指揮作戰。普軍作戰雖然頑強，但動作遲緩僵硬，法軍步兵在機動性和主動性方面都遠勝普軍一籌。法軍炮兵的運用也較普軍有效，與步兵的協同也較普軍密切。到下午時間過去一半時，普軍已潰不成軍，繆拉的騎兵於是跟蹤追擊，直撲魏瑪和愛爾福特。拿破崙以為他已擊敗了整個普軍，但他錯了，他只不過粉碎了擔任不倫瑞克軍團側衛的霍恩洛厄部而已。
由於普軍在薩爾費爾德和施萊茨受挫，現在又受到法軍右翼向格拉和瑙姆堡迂迴前進的威脅，普魯士國王和不倫瑞克公爵決定經梅澤堡和哈雷退回交通線。10月14日清晨，普軍繼續透過埃卡茨貝加和奧爾施泰特向瑙姆堡撤退。其前衛由施米圖師和布呂歇爾的騎兵師組成。當曉霧升起時，普軍前衛在奧爾施泰特東北四英里的哈森豪森村附近撞上了一支法軍縱隊的先頭部隊，隨即爆發一場激戰。
原來，他們碰上了達武（第三軍）的前衛。普軍隨之發動衝鋒，而法軍縱隊則組成方陣自衛，達武趕緊將後面的兩個師調了上來，部署在哈森豪森和奧爾施泰特之間，戰鬥遂全面展開。在這關鍵時刻，不倫瑞克公爵趕到了。他立即派沃騰斯勒本和奧林奇親王兩個師增援施米圖和布呂歇爾，這樣普軍便以其主力與達武一個軍會戰。然而，這位公爵卻頭部中彈倒下，施米圖也同時陣亡。普王到達後指揮衝鋒，但普軍陣腳已亂。達武把火炮架在松納貝格山山脊上對著奧爾施泰特谷地縱射，普軍增援縱隊像野草一樣紛紛倒下。於是，普王下令退往魏瑪，但這樣做反而增加了混亂，因為其撤退的隊伍碰上了從耶拿戰場敗下陣來的幾千名逃兵，他們正遭到繆拉騎兵的追殺。法軍一直追擊到很晚才收兵。
耶拿和奧爾施泰特的兩次大捷使普魯士陸軍作為一個戰鬥實體受到了致命的打擊。這兩次大捷的戰利品是非常可觀的，法軍俘獲普軍二萬五千人，野炮二百門，軍旗六十面。
分析普軍失敗的原因，最重要的是普軍指揮官的無能。首先在戰略上，普軍將左翼和後方交通線都暴露在薩勒河谷和薩克森邊境之間拿破崙所實施的迂迴行動之下；其次在戰術上，他們忽略了扼守薩勒河在耶拿和瑙姆堡之間的各個渡口。最後也是士兵的戰術上，普軍仍然迷信五十多年前的線式衝鋒戰術，面對火力強大的法軍，這基本上就是去送死。因此普軍陸軍與法軍是全方位落後，不得不吞下失敗的苦果。
