御醫給皇帝、皇后看病是天字第一號大事，容不得有絲毫的馬虎，一旦出現差錯那可不是革職罰俸能了事的，搞不好要就會戴上“大不敬”、“謀逆”等高帽，定個誅九族的罪也不是沒有可能。因此，清代對御醫進宮看病有一套嚴謹和完善的規定。
按照宮中的規定，太醫院定期要指派御醫到宮中值班，明朝時御醫是不能在內廷裡值班的，到清代時才允許無論官職大小都可以一起入宮中值班。御醫進宮值班叫“侍值”，分為宮值和外值。
“宮值”是由太醫院長官院使、院判以及御醫、吏目分班侍值，他們主要為皇帝、皇后即妃嬪們診病。“外值”是由御醫、吏目、醫士分班侍值。一般是在寧壽宮、慈寧宮、乾清宮、鍾粹宮、壽康宮、壽安宮六處待命，給宮內太監、宮女們看病。
另外，皇上出巡，太醫院也要派御醫跟隨值班，以便皇上有醫療之需，並在皇上所到之地設立“他坦”，作為御醫外出值班的休息處。在清《太醫院志》中記載“他坦”有四處，一處是光緒帝駐三海時，太醫院在紫禁城的西南角西苑門外，設定了一所值房，有五六間，成為值班房。
第二處是圓明園，園內的東南有一個一畝園，這裡設有御賜的太醫院辦公場所，為東西兩所，西面為三皇殿，祭祀先醫所用，東邊為大堂，有八十餘間房子，規模最大。
第三處是在頤和園，光緒十八年，慈禧太后駐頤和園，太醫院也派出人員隨侍，並在大宮門外建築公所。第四處是避暑山莊，皇帝出巡的時候，隨從的御醫就會在行宮左邊買下的民房作為辦公值房。
御醫值班時遇有皇帝、后妃傳喚出診，稱之為“請脈”，一般要二至四人一起出診。入殿後，先行君臣之禮，然後由第一位御醫跪診右手，之後再互換。然後要叩問皇帝身體感覺。診完，要和內臣一起去合藥、取藥，將藥貼連名封記，並詳細記錄該方藥性及治療之法，最後要在年、月、日之下簽名，以備查考。
比如同治帝載淳的天花醫案中記載：“十一月初二日未刻，李德立正、莊守和請得皇上脈息沉數。天花三朝，行色漸潤，胃口漸開，大便未行。今議照原方利咽化滯湯加減申服一貼調理。”下面開出了藥方，接著又記載：“申時二刻，大便已行，原方內減去酒軍一錢五分，申初三刻進藥。”戊初時又開出青咽朝飲茶。這是同治帝得天花期間一天的醫案，記錄得十分詳細。
御醫開出處方後，御藥房就要根據處方來煎藥。御藥房煎藥制度也很嚴明，因為中藥製作過程比較複雜。在製藥過程中，一般要先用竹篩、簸箕、籮筐分選，再用鐵劉刀、切藥刀，根據不同要求，將藥材切成段、條、塊等形狀，最後用石碾、銅杵臼壓碾，僅硃砂一項，就要壓碾上百個小時。丸藥由藥模壓成，有長圓藥模、圓形藥模，有些藥還要用爐子加溫。
根據御醫與內臣合藥藥方，御藥房的藥童要嚴格按照煎藥時間、先後進行煎熬，不可絲毫馬虎。民間煎藥，用文火慢煎，而宮中則要求快速。煎藥時，將藥材放入煎鍋內，用風箱炭火急煎。待藥煎好後，參與煎藥的人，也必須先嚐一口，再將藥汁倒入銀盤中，用時再溫。
按照規定，御藥房所煎出的藥都是原方的兩倍，這是為了在煎好後把藥分成兩份，分盛於兩碗，一碗由御醫、院判、內監先嚐，另一碗則蓋上“御藥謹封”之印，才能端給生病的皇上或后妃。
御醫每次出診後，必須手抄記錄醫案，醫案要求字跡工整，系脈案原件，在黃冊內或紅箋上書寫，有時也用染色宣紙書寫。一般逐日記載，一年一冊，如《皇上進藥底簿》、《皇后進藥底簿》等。
御醫雖然經常給皇帝和后妃看病，但絕對不允許對外露出一絲風聲，因為皇帝的身體健康，直接關係到國家的安定，需要嚴格保密。因此這些醫案在當時是不能洩露出宮的，皇上的病情到底怎麼樣，外界很少能瞭解。
御醫醫治皇上疾病無效後，也常常會受到嚴厲處罰，上面講到的治療同治帝天花的李德立、莊守和，當時都已經是太醫院的左右院判，但在同治帝死後，也都被立即革職，但僥倖沒有逐出太醫院，仍在太醫院內帶罪當差。這還是在無任何過錯的情況下，要是用藥不對或是診斷有誤，其結局可想而知了。
