第二次鴉片戰爭結束後，清朝和列強簽訂了《北京條約》，從此，清朝得以騰出手來全力對付太平天國。而西方列強也撕下了“中立”的偽善面具，開始組建洋槍隊，阻止太平軍進攻上海。太平天國進入了最後的歲月。從1862年到1864年，太平軍苦守天京三年，最終被攻破，轟轟烈烈的太平天國運動失敗了。需要注意的是，太平軍並未完全結束戰鬥，他們轉化為其他力量，繼續在中國大江南北繼續奮鬥……
一，太平軍西征的最終失敗
天京城的全面危機是從安慶陷落開始的。1860年，太平天國發動東征，第二次攻破了江北、江南大營，佔據了蘇南地區。正在這時，兩江總督曾國藩、湖北巡撫胡林翼帶領5萬湘軍從湖北攻入安徽，其中道員曾國荃和提督楊嶽斌帶領近萬人包圍了安慶，而副都統多隆阿、按察使李續宜帶領2萬人駐紮於桐城，負責對付太平軍的外援。
太平軍方面，有萬人在此固守待援。為了解安慶之圍，太平軍兵分兩路，分別由陳玉成和李秀成帶領部隊進攻湖北，試圖“圍魏救趙”。然而，陳玉成的部隊遭到英國方面阻攔，未能渡過長江和李秀成匯合。李秀成在攻陷武昌後，誤會了陳玉成，於是撤出西征戰場，將部隊轉移到了江南，以開闢江南戰場。因此，這次西征宣告失敗了。
1861年，陳玉成、洪仁、林紹璋、吳如孝等帶領共3萬人對安慶的湘軍發動了總攻，然而遭到失敗，數千精銳犧牲。1861年7月，洪秀全又調動楊輔清和陳玉成對安慶的湘軍發動了猛攻，太平軍前仆後繼，奮勇衝擊，輪番進攻10餘次，幾乎衝破了湘軍的包圍圈，但是最終功虧一簣。9月初，安慶彈盡糧絕，湘軍湧入城內，城內的萬餘守軍壯烈殉難，安慶最終陷落。
安慶是天京西邊的重鎮，安慶陷落，使得天京直接暴露於湘軍的火力之下，太平天國的全面危機到來了。安慶陷落後，陳玉成被革職處分，坐守廬州，繼續在安徽一帶堅守。為了獲得開闢後方基地，他派遣馬融和、邱遠才、陳得才、賴文光等遠征西北，這支遠征軍北上中原，轉戰關中，攻陷了西安。
賴文光——太平軍最後的名將
1862年，曾經和太平軍配合作戰的苗沛霖送來密報，邀請陳玉成北上壽州，共攻開封。實際上，這是苗沛霖的陰謀。陳玉成不聽部下的勸阻，毅然從廬州突圍，帶領部隊到達壽州。然而，苗沛霖在此佈置了伏兵，當陳玉成進城後就被俘虜。之後，陳玉成被解送穎州審判，他在公堂上慨嘆“太平天國去我一人，江山也算去了一半”。最終，陳玉成被處死。
陳玉成遭遇不測後，賴文光等帶領西北遠征軍殺回了湖北，試圖回援廬州。然而，受阻於湘軍，他們無法東進。於是，西北軍又掉頭攻入安康等地。到1863年10月初，賴文光與陳德才等合作，大破清兵，攻陷了漢中，建立了新的基地。然而，這支軍隊無法對清朝形成實質上的威脅，也就難以牽制清軍的力量，無法給天京帶來支援。
在西北軍遠征漢中、關中的時候，石達開轉戰南方的部隊於1861年9月從桂南北上，攻入了四川邊緣。1862年，石達開轉戰到了雲南，試圖攻入四川，建立後方基地。如果西北軍能夠和石達開早點取得聯絡，共同作戰，攻入四川盆地，那麼勢必會改變戰局。然而，太平軍並未抓住最後的機會。1863年2月，石達開強渡大渡河失敗，最終全軍覆沒。
二，江南戰場的逆轉
太平軍在西線戰場雖然失敗了，但是在東線卻取得了成功。1860年，李秀成攻陷了蘇南各地，建立了蘇福省，成為了天國後期最重要的後方基地。1861年，李秀成攻陷武昌，未能和陳玉成會師，於是調動自己的軍隊再次攻入了江南，攻克了杭州。
蘇南和杭州都落入了太平軍手中，清朝官員和英法列強都坐不住了。很快，清朝方面僱傭華爾為將領，組建了洋槍隊，後來改名常勝軍、定勝軍等。1860年，李秀成首次和洋槍隊交手，取得了青浦大捷，華爾身中五槍，逃回上海。1861年，英國海軍提督何伯、參贊巴夏禮提出和太平天國平分中國，共同對付清朝，遭到了洪秀全的拒絕，於是雙方正式開戰。1862年，李秀成再次進攻上海，攻破敵營一百三十多座，洋槍隊被打得落花流水。
此時，湘軍之外的兩大軍事集團也悄然興起了。一支為淮軍，組建者為李鴻章；另外一支為湘軍，組建者為左宗棠。李鴻章原本是湘軍的幕僚，很受曾國藩的欣賞。太平軍攻破江北、江南大營後，曾國藩派遣李鴻章到江淮一帶組織團練。很快李鴻章就組建完成一支新的部隊——淮軍。1862年，李鴻章帶領9000淮軍進入了上海，遏制住了李秀成的進攻勢頭。不久，李鴻章又在上海將淮軍規模擴張到了7萬人，並採用了較為先進的武器，作戰能力非常強。
淮軍
左宗棠，是湖南長沙人，原本屬於湘軍。早在1852年，左宗棠就已經加入了鎮壓太平天國的戰爭中，並且取得了良好的戰績，聲名鵲起。1860年，太平軍攻破江南大營，在浙江發展基地。於是曾國藩派遣左宗棠在湖南招募5000人組建了“楚軍”，開始進入江西、安徽和太平軍作戰。1861年，左宗棠成為了浙江巡撫，1862年成為了閩浙總督。他的楚軍在洋槍隊的配合下，收復了金華、紹興等地，逐漸控制了浙江全省。
按照李秀成的原計劃，那就是先攻下上海，使得蘇南、浙江連成一片，扼守長江出海口。並且在上海補充兵員，糧食，購買大量的武器。然而，隨著淮軍和楚軍的形成，浙江逐漸淪陷，上海也更加難以攻破，江南一帶已經無路可走。
1862年，曾國藩統轄蘇、贛、皖、浙四省軍事，並將安慶作為東征總部。曾國藩為了一舉攻破天京，在軍事上進行了全面的安排：其中曾國荃從安慶出發，直接從長江一線向天京挺進；曾貞幹從池州進攻蕪湖；彭玉麟等沿著長江而下，負責後勤；鮑超從江西向安徽挺進，負責進攻寧國府；左宗棠負責進攻杭州；李鴻章負責進攻蘇南。
三，天京保衛戰
1862年3月，曾國荃的軍隊正式從安慶出發，標誌著天京之戰最終爆發。到5月底，曾國荃已經攻破了天京之前的所有據點，抵達了天京城外。7月，寧國府被攻破。洪仁從皖南調集軍隊夜襲湘軍，但依然遭到了失敗。到9月，李秀成也坐不住了，他帶領20萬大軍浩浩蕩蕩地向天京開進。黑雲壓城城欲摧，這場惡戰最終到來。
10月13日，李秀成和天京的守軍裡應外合，對天京城外的湘軍發動了猛攻。然而湘軍拼死抵抗，太平軍始終無法攻陷湘軍的雨花臺軍營。隨後，太平軍又向湘軍挖地道，而湘軍也挖地道，並在地道中灌水，放毒煙，使得太平軍的地道連續失效。11月26日，李秀成和李世賢見湘軍軍營無法攻破，於是撤圍，進入了天京城。
1862年12月到次年2月，李秀成又帶領數萬太平軍北渡長江，攻佔了浦口、江浦，試圖再次創造西征的奇蹟。然而，安徽的防禦今非昔比，太平軍在此屢攻不破。1863年6月，李秀成最終放棄了開闢安徽戰場的計劃，帶領軍隊南渡長江。然而，在南渡長江時，太平軍又遭到了湘軍的猛攻，損失慘重。最終，長江北岸完全被清軍佔據。
李秀成退出蘇南後，淮軍、楚軍在江南迅速發展。1863年7月，蘇州太平軍守將郜永寬投降，但是城內的太平軍不願意剃髮和解除武裝。於是，李鴻章在蘇州進行了殺降，此事還引起了洋槍隊的不滿，而曾國藩讚賞李鴻章這個劊子手“殊為眼明手辣”。到1864年，淮軍攻克了常州，而左宗棠也攻克了杭州。至此，江南戰事基本平定，洋槍隊也宣告解散。
從1863年，各路清軍對天京發動了總攻。12月21日，李秀成建議洪秀全“讓城別走”，流動作戰，遭到了洪秀全的拒絕，這太平天國最後的希望破滅。隨後的幾個月，太平軍和湘軍進行了艱苦卓絕的鬥爭，湘軍雖然不斷縮小包圍圈，甚至攻入城內，但是還是無法一次性拿下天京。到年6月1日，洪秀全去世，李秀成掌權一切軍政。1864年7月3日，湘軍攻佔天京城外最後一個據點地保城，開始再次架設大炮被天京猛攻。
李秀成見天京不保，選派千餘精銳偽裝為湘軍，企圖衝破湘軍包圍，最終只能退守城內。7月19日，太平軍和湘軍在天京城進行了巷戰，狀況十分激烈，雙方死傷慘重。李秀成企圖帶領軍隊繼續從西突圍，取得了成功，但是和幼天王失散。三天後，李秀成在方山附近被俘，於8月7日被曾國藩所殺。城內的太平軍大部分戰死，其餘部分大多自焚而死。自此，太平天國運動宣告失敗。
太平天國運動雖然失敗，但是其餘部依然活動在全國各地。1864年2月，賴文光的西北軍“圖解京師重困”，分三路回援，他們和捻軍匯合，形成了規模龐大的隊伍，一直轉戰到了湖北，接近安徽，多次擊敗清軍。三路大軍到11月僅剩下了賴文光一路。隨後，賴文光帶領大軍挺進了河南，和捻軍配合，一直堅持作戰到了1868年，著名的僧格林沁就是被賴文光部擊殺的。而石達開的餘部軍隊戰鬥到了1872年才被平定。1874年，隱匿多年的楊輔清在福建謀劃復興太平天國，最終事情敗露，被捕殺。還有大量的太平軍和家屬為了逃避追殺，流亡到了國外，繼續支援國內的反清事業。
