天啟四年十月初一皇帝在太廟舉行祭祀大典，但是當時身為內閣的次輔魏廣微卻沒有出現，一直到大典即將結束的時候才姍姍來遲。
於是吏科都給事中魏大中彈劾他目中無人，居然敢在皇帝主持的大典中缺席，簡直無人臣之禮。
於是魏廣微就把魏大中給記恨上了，不過這件事的確是自己理虧，也是在皇帝裡面做戲要檢討，要告老還鄉。當然不可能是真的，他和魏忠賢狼狽為奸，魏忠賢肯定要幫他的。
但是大臣們繼續彈劾，把魏廣微說得啞口無言。但是皇帝不但沒有責備魏廣微，反而指責那些彈劾他的人，說他們藉端輕侮，不諳大體，被罰了一年的俸祿。
這下魏廣微可高興了，也對魏忠賢更加死心塌地了，他知道皇帝這麼偏袒自己完全是因為魏忠賢的功勞。
當然，心狠手辣的閹黨不可能放過任何一個和他們作對的人，他們先是降調吏科都給事中魏大中、吏部員外郎夏嘉遇、御史陳九疇。儘管他們給皇帝上疏，卻沒有反應。
恰好當時山西巡撫空缺，禮部尚書趙南星推薦謝應祥，讓夏嘉遇去辦這件事。夏嘉遇轉告掌河南道御史袁化中，袁化中又轉告給魏大中。謝應祥是個十分有前途的官員，魏大中表示會全力支援並且給朝廷推薦。
但是御史陳九疇卻反對，說謝應祥不是個好人選，魏大中舉薦此人完全是出於私心，都不知道收受了多少賄賂。皇帝讓各部門會看，吏部和都察院等都說陳九疇說的不是真的，謝應祥是個合適的人選。
但是魏忠賢卻假傳聖旨，把陳九疇、夏嘉遇和魏大中各降三級，禮部尚書趙南星和都察院左都御史高攀龍“含糊偏比”，應該引咎辭職。
內閣輔臣朱國楨等人都覺得這是一件小事，皇帝不應該把他們罷免。但是他們的諫言又怎麼能到達皇帝那裡，全程都被魏忠賢把控著。
於是謝文錦、禮科給事中許譽清、吏部文選司郎中張光前、吏部考功司郎中鄒維璉等人紛紛給皇帝上疏，希望皇帝三思而行。但是得到的是嚴厲的申飭，說他們拿著國家的工資就應該站在自己的這邊，現在不但不給君父分憂，反而在這裡讓君父頭疼等等的話。
其實這些話全都是魏忠賢等人說的。
趙南星等人的事情已經是板上釘釘，沒辦法只能重新推選禮部尚書和都察院左都御史。當時的吏部侍郎陳於廷不願意和閹黨同流合汙，於是就舉薦了為官清廉的喬允升、馮從吾、汪應蛟。
但是上面卻來了聖旨，訓斥陳於廷老奸巨猾，不知廉恥。
如此一場大清洗開始了。
那些反對魏忠賢的官員都被稱為“邪黨”，其實就是和閹黨對應的東林黨。但是這個東林黨並非是真的出身東林書院，而是把和魏忠賢作對的人全都概括進去。
魏忠賢在拿下幾個對手之後就開始大開殺戒，工部的萬燝舉報魏忠賢在香山碧雲寺給自己建了一個帝王規格的陵寢，魏忠賢直接讓人把萬燝廷杖一百，直接打得奄奄一息，之後在回家的時候又被突然冒出來的太監一陣亂棍直接把人給打死了。
到了天啟五年，魏忠賢又假借皇帝的名義逮捕了楊漣、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章六人，說他們收受了熊廷弼的賄賂。加上之前被鎮撫司屈打成招的汪文言一同下獄，為他們編造了一個藉口。並且在大獄裡面瘋狂折磨幾人。
即便是如此，幾人還是沒有任何妥協，錦衣衛許顯純直接拿出早就準備好的“供詞”呈送給朝廷，楊漣破口大罵：你這沒良心的狗！為何昧著良心做這種下作的事情！
許顯純惱羞成怒，又對他們用刑，楊漣是裡面最慘的一個，皮開肉綻，人樣都看不出來了，甚至還被錦衣衛用鋼絲刷子刷得體無完膚。
即便如此，楊漣也不鬆口，魏忠賢就讓許顯純加重刑罰，於是他們便用銅錘敲打他的筋骨，楊漣被折磨得人不像人鬼不像鬼。
七月二十四日，楊漣被許顯純用大鐵釘釘入頭骨，楊漣氣絕身亡，許顯純轉頭就上報說楊漣病故。
而同樣的手段也用在了左光斗等人的身上，而且他們在慘死詔獄之後還要被誣陷是崇奸謀利，死有餘辜。這件事天啟完全置之度外，對於臣子被迫害一事完全不當一回事，一直到崇禎皇帝上位，清算了閹黨，被恐怖氣氛籠罩的朝廷才緩和下來。
