崇禎十七年甲申（1644年）正月初一，已經在位十七年的大明天子——崇禎帝朱由檢如同登基後的每年今天一樣，早早就從乾清宮趕往皇極殿，準備舉行正旦朝會大典，接受百官的朝賀，並和諸朝臣們商議如何應對愈演愈烈的國內農民起義和關外的清軍進攻；而這些軍情、“匪情”，已經讓崇禎帝在除夕之日時都一夜沒有閤眼，看了整整數十份奏摺，可依舊沒有頭緒；焦慮、無助、煩躁的情緒，充斥著這位“大明至尊”的內心。
本來，自從成祖皇帝遷都京師（北京）之後，大明曆代皇帝的登基典禮都要在皇極殿（嘉靖之前叫奉天殿）舉行，而國家大事，比如大軍出征、冊立太子、皇帝大婚冊立皇后等等儀式，也都安排在這裡進行。重大節日，如每年正旦、萬壽節（在位皇帝生日）、冬至這三大節，皇帝也要升殿端坐，舉行大朝會，接受文武百官的朝賀，然後皇帝賜宴給諸臣及宗室，以展示大明君臣同慶佳節。
祖制不可違反，崇禎帝登基後，自然也按照這種程式來舉行每年的正旦大典。但當他今天一大早就趕到皇極殿準備舉行正旦大典時，卻驚愕地發現大殿內居然一個朝臣都沒有，除了簇擁著自己的內官太監們外，就只有錦衣衛臣（指揮使）吳孟明按制帶著錦衣衛的大漢將軍們侍立站班，護衛著皇極殿內外，僅此而已。崇禎帝見狀怒氣迸發，幾乎抑制不住情緒，要讓吳孟明調派錦衣衛捉拿這些失禮、失儀的朝臣問罪。
可是，如今的局面早就不是崇禎帝登基之初、甚至是崇禎十年（1637年）之前了，這十多年來，面對著國內農民起義軍此起彼伏的“作亂”，以及關外後金（清朝）的逐步壯大和“入寇”，大明的元氣也慢慢耗盡，賴以穩定社稷的軍隊在內外交困的作戰中幾乎消耗完，“草野之物力已耗、國家之法令已壞、邊疆之搶攘已甚；朝堂門戶糾紛、疆場將驕兵惰”。自從崇禎十四年（1641年）最後的大明邊軍精銳覆滅在關外的“松錦之戰”後，崇禎帝就指揮不動各地已經起了異心的軍頭和武臣了，而文臣們也不再百分百地敬畏之前奉若神靈的君父，“推諉、敷衍、明哲保身”成了朝臣們在這之後的慣常態度。崇禎帝再也不能用當初“敗一方勠一將、隳一城殺一吏”的嚴厲手段來對付臣子們，只能無奈地選擇和大臣們妥協，期待君臣一心、共度危機，挽回這即將傾頹倒覆的大明社稷。
可是崇禎帝在治理國政中顯露的“性多疑而任察，好剛而尚氣；任察則苛刻寡恩，尚氣則急遽失措”性格，使得臣子們在面對他的時候經常要因為小過而被嚴厲治罪，甚至背黑鍋、處死；長久以往，誰還願意真心實意侍奉他、敬畏他、聽從他的詔令。雖然在禮法制度上文臣們還是稱崇禎帝為“君父”（武臣們在崇禎十五年後就基本上不再聽從朝廷的軍令，只是圉於禮法，還是奉崇禎帝為君主而已），但內心已經頗不以為然。也就是半生所學的“儒家君臣父子”理論在制約著大臣們的思想，他們還沒有敢於公開忽視皇帝，但在實際行動上，京師的文臣們對皇帝的敬服和尊崇之心，早就不能和以前相比了。這種情況，即使是崇禎帝自己，也能深深的體會到。
所以，考慮到目前的實際情況，崇禎帝最後還是忍住脾氣，打消了讓錦衣衛出動去緝拿無禮不臣的朝臣們，而是命鐘鼓司“鳴鐘擂鼓、肅班嚴立”，大臣們一刻不來，鐘鼓一刻不停。在鐘鼓聲的催促下，城中的大臣們總算知道了皇帝一直坐在皇極殿的大殿上在等他們前去參與朝會，於是紛紛從家中匆忙趕往皇宮，入宮朝賀正旦。因為時間緊、準備不足，許多文武官員都站錯了自己原本應該排班的位置，不得不在皇極殿外重新整隊，場面混亂不已。而平時對這種情況毫不客氣要記名字彈劾的御史們，今天也一反常態木然無語，對混亂的場面熟視無睹。
等到好不容易整理好朝臣的隊伍，並按照儀制勉強完成正旦朝賀大典後，按照朝會程式，崇禎帝將要和諸臣商議國事若干，並隨後賜宴、饗宴，以示辭舊迎新，共迎新年。但就在朝會舉行途中，南直隸中都鳳陽府鎮守太監谷國珍的六百里加急奏報抵達了京師——“十七年正月初一，鳳陽地震，皇陵震動！”
新年伊始就接到這樣的壞訊息，讓崇禎帝頓時再也沒有心思繼續舉行典禮，崇禎十七年的正旦朝賀就此匆匆結束，朝臣們各自出宮，崇禎帝則準備前往奉先殿叩拜祖宗，向祖宗因為被地震驚動而請罪，請他們保佑大明江山能夠度過這重重危機。可是禍不單行，崇禎帝還沒有到奉先殿，另一個從山西傳來的奏報更加讓他目瞪口呆、手足無措——陝西“流賊”首領李自成，已經在正月初一於西安舉行正旦禮，正式稱帝，建國號“大順”，改元為“永昌”，並更定朝儀、設立五等功爵，和大明分庭抗禮！
接連線到兩個震驚不已的壞訊息後，崇禎帝的情緒沮喪低落到了極點，就連去奉先殿叩拜祖宗的心情都沒有了，而是立即轉回乾清宮召集內閣輔臣們覲見，商議如何應對李自成在西安稱帝、和大明挑明車馬對抗這件驚天大事。
後世史書記載了這一天大明京師的天氣情況——十七年正月庚寅，京師大風霾，震屋揚沙，咫尺不見！大明王朝二百七十六年的氣數，或許就在這陰霾風沙之中，早已註定。
就在同一天，關外盛京（瀋陽），六歲的清朝皇帝福臨也在攝政王多爾袞和濟爾哈朗的陪伴下，於盛京皇宮中的祭祀場所——“堂子”內行禮、祭祖、祭天，以賀順治元年（1644年）的到來。順治帝祭祀完畢後，返回大政殿端坐受諸臣朝賀，並接受了藩屬朝鮮使者的“賀正旦”書。順治元年正月初一的盛京，一片新年的喜慶氣氛，第六次越過邊牆進攻大明的計劃還沒有提上“議政王大臣會議”的議程，“入主中原”的行動更似乎遠在天邊；盛京城內，沒人相信朝廷會有機會將這些計劃立即付諸實施，包括兩位攝政王在內。
李自成在西安建國並舉行了正旦典禮後，立即開始了諸如制定新曆、改鑄新錢、開科取士、平準物價等措施，以匯聚人心、顯示新朝氣象。同時，在大順天佑殿大學士牛金星和禮政尚書鞏焴的草詔潤色下，李自成以大順皇帝的名義下達了討明詔書：“上帝鑑觀，實惟求莫，下民歸往，只切來蘇......；諮爾明朝，久席泰寧，浸馳綱紀。君非甚暗，孤立而煬蔽恆多!臣盡行私，比黨而公忠絕少。宦官悉齕糠犬豚，而藉其耳目......；朕起布衣，目擊憔悴之形，身切恫之痛......；爾君爾臣未達帝心，未喻朕意，是以質言正告。爾能體天念祖，度德審幾;朕將加惠前人，不吝異數。如杞如宋，享祀永延，用彰爾之孝;有室有家，民人胥慶，用彰爾之仁......；謹詔。”在狠狠地數落了明朝君臣一番後，李自成向崇禎帝發出勸降令，讓崇禎帝早日歸降，自己則承諾對崇禎帝“將加惠前人，不吝異數；如杞如宋，享祀永延。”
可想而知，這篇討明檄文發出後，如泥牛入海，沒有得到任何迴應。當然李自成並不在意，他原本也沒打算靠一篇文章就能讓大明皇帝聞風而降，江山社稷還是要用武力來奪取，就像當年大明太祖皇帝朱元璋起兵反元、最終奪得天下一樣。
大順永昌元年（崇禎十七年、1644年）二月初二，在做好一切準備後，李自成親率大軍從沙渦口渡過黃河，正式出兵伐明。大順軍一路攻克汾州（山西汾陽）、陽城（山西陽城）、蒲州（山西永濟）、懷慶（河南焦作），於二月初八日拿下太原。二月十六，大順軍又攻克忻州（山西忻州），但是在攻打代州時，李自成遭遇了代州總兵周遇吉的頑強抵抗，大順軍 連續十多天都沒有進展，被阻於代州城下。
此時的崇禎帝，已經在京師如坐針氈、焦急萬分，在李自成出兵東進之後，崇禎帝就多次召集大臣商議如何應對，並有了“南遷”或“以太子守南京”的意願。不過在接下來的廷議中，出於不敢承擔“唆使皇帝逃跑”罪名和“背黑鍋”的倒黴命運（之前已經有相當多的文臣因為替崇禎帝背黑鍋而死於非命了），在參與廷議的二十七位大明中樞高官中，竟然有十九位反對皇帝南遷；而崇禎帝出於不信任諸臣、害怕會被架空或者拋棄的心思，也堅決不同意讓太子先期南下，以保國本。在君臣之間相互猜忌、牴觸、敷衍、推脫下，大明王朝的命運就此被決定，崇禎帝在絕望和憤概中做出了玉石俱焚的決定：“諸臣平日所言若何？今國家至此，無一忠臣為國分憂，而謀乃若此！夫國君死社稷，古今之正。朕志已定，毋復多言！”心灰意冷的崇禎帝，決意帶著整個朝廷，一起給大明社稷殉葬。
二月十七，在大順軍攻克忻州的第二天，崇禎帝平生第四次下詔罪己，請上天懲罰自己，放過傷痕累累、命懸一線的大明王朝。崇禎帝不會知道，這也是他最後一次公開發布罪己詔了。
永昌元年（崇禎十七年、1644年）二月二十九，經過十多天的圍攻後，大順軍終於攻克代州，周遇吉因為糧草用盡、軍士傷亡過半，不得已退守寧武關（山西寧武），大順軍尾隨而至。三月初一，弓矢火藥全部用盡的周遇吉主動開關出兵攻擊大順軍，力戰後不敵身死，全身中矢無數，猶如蝟毛。而大順軍在攻打代州和寧武關時，先後傷亡七萬餘人，同樣損失慘重。不過，在周遇吉之後，李自成就再也沒有遇到過來自明軍的抵抗，寧武關，是大順軍向京師進軍途中，遭遇的第一次、也是最後一次頑強阻擊。
寧武關失陷的當晚，明軍大同總兵姜瓖、宣府總兵王承胤遣使向大順軍請降，三月十一，大順軍在沒有任何作戰的情況下，一路開進大同、宣府。崇禎帝得知後，急令遼東寧遠團練總兵吳三桂、薊遼總督王永吉、昌平總兵唐通、山東總兵劉澤清入衛京城勤王，並請在京的勳戚官員們助餉保衛京城，不過一共才募集了二十萬兩，杯水車薪。
三月十五，李自成率大軍抵達京師最後的屏障居庸關，守關的昌平總兵唐通（只有他奉崇禎帝詔令趕到勤王）卻因為歷經千辛萬苦趕來勤王，結果連糧草軍餉都沒有拿到（被來犒賞軍隊的太監私吞了）而怒火萬丈，一氣之下主動聯絡大順軍，將居庸關天險拱手讓出。這樣，大明的京師再也沒有屏護，直面於洶湧而來的大順軍前。
居庸關失守的訊息傳到京師時，崇禎帝正在和諸臣商議如何對居庸關補充給養、加強防守，聞言後“色變，久之起身入內，諭各官退。”大臣們向隨駕的太監打聽後才知道唐通已經投降，居庸關失守，京師即將面臨圍攻；之前還遠在山陝之地的危機，已經明明白白地顯露在大家眼前、觸手可及了。
三月十七，大順軍過昌平、沙河、高碑店，抵達京師西直門外，並以大炮轟擊平則門、彰義門、西直門。內外交困之下的崇禎帝當天最後一次上朝，而城外的隆隆炮聲已經清晰可聞。坐在寶座上的皇帝環顧臺階下呆立無語的朝臣們，想起風雨飄搖的社稷不禁潸然淚下，而大臣們也“相對而泣、束手無策”。絕望下的崇禎帝用茶水在御案上寫下“文臣個個可殺”六個字，向侍奉在一旁的司禮監太監出示後，用手抹去。
退朝後，崇禎帝召見駙馬都尉鞏永固（崇禎帝姐夫）、新樂侯劉文炳（崇禎帝表弟），讓他們率各自府中的家丁護送太子朱慈烺逃出城外，前往南京。鞏永固惶恐不已，叩頭說：“祖制，親臣不藏甲，臣等安敢有家丁。”劉文炳也隨即叩首稱是。君臣三人相對無言，唯有流淚而已。
當夜，外城廣寧門被守門太監（不是曹化淳）打開向大順軍投降，隨後外城各門都被先後攻破，大順軍洶湧進入城內，此時崇禎帝正在提督太監王承恩的陪伴下登上皇宮後的煤山（萬歲山，今景山）遠眺外城烽火、哀嘆徘徊許久，才拖著沉重的腳步下山。
三月十八，困坐後宮中的崇禎帝召集三個皇子：皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤，讓他們脫去華貴的皇家服飾、改穿百姓衣服，然後派親信太監分別送到外戚周奎、田弘遇家躲藏。之後，崇禎帝勸皇后周氏、貴妃袁氏自盡（貴妃田氏早先已去世），並讓皇嫂懿安皇后（天啟帝張皇后）自縊殉節。最後崇禎帝來到壽寧宮，將住在這裡的兩個女兒親手砍殺（長平公主未死、昭仁公主死）。
處置好親人後，崇禎帝召親信太監王承恩前來對飲，直至三月十九凌晨。天明時分，崇禎帝在王承恩陪伴下，換大帽衣靴，提著三眼槍（火銃），在上百名太監的護衛下，想要潛行逃出城外，可是輾轉於東華門、朝陽門、安定門都沒有能夠出城，只能轉回皇宮。此時內城宣武門、正陽門、朝陽門分別被太監王相堯、兵部尚書張縉彥、成國公朱純臣獻給大順軍，京師內城也告失陷。
在大順軍已經進入內城、京師失陷成為現實的情況下，崇禎帝遣散了所有陪伴自己到最後的太監，只帶著王承恩一人，於崇禎十七年（1644年）三月十九清晨再一次登上了萬歲山（煤山）。在脫下身上的藍色大袍、並書寫了“朕登基十七年，雖薄德匪躬，上幹天怒，然皆諸臣誤朕，致逆賊直逼京師。朕死，無面目見祖宗於地下，自去冠冕，以發覆面，任賊分裂朕屍，勿傷百姓一人”的遺言後，大明第十六代皇帝——崇禎帝朱由檢於萬歲山壽皇殿外的歪脖槐樹上自縊殉國，王承恩也隨即自盡殉葬。崇禎帝殉國時，年三十四歲。
三月十九中午，在牛金星和大順吏政尚書宋企郊的陪同下，頭戴氈帽、身穿藍色箭衣、騎著烏騅馬的大順永昌皇帝李自成率數萬軍隊從德勝門入京師，然後在投降的太監王德化引導下經承天門入皇極殿，成為這座皇宮新的主人。
攻克京師後，李自成最重要的任務就是搜捕崇禎帝及其家人；在他的諭旨下，很快自盡的周皇后、懿安張皇后的屍體都被發現，自盡未死的袁貴妃、被砍殺未死的長平公主也被找到並妥善安置；就連剛剛逃離皇宮的皇太子和定、永二王，也沒有如崇禎帝所期望的那樣能平安躲藏到各自的母家，而是被別有用心的人在出宮的時候就挾持，並在大順軍入城後立即獻給了李自成。可最重要的崇禎帝蹤跡，大順軍將皇宮內外仔細清理了一遍，還是找不到他的影子。為了找到崇禎帝的下落，李自成甚至下達了“獻帝者賞萬金、封伯爵；藏匿者滅族”的嚴令，以求獲得崇禎帝的訊息，但幾天都沒有結果。
三月二十一，偶然有人在萬歲山腳下看見了崇禎帝平日裡騎乘的御馬在漫無目的的吃草，由此推測崇禎帝很有可能藏匿在山頂上，於是興沖沖地衝上山，準備抓住崇禎帝，以便獲得“賞萬金、封伯爵”獎勵。可是當他們登上萬歲山頂後卻愕然發現：崇禎帝只著單衣單褲，一隻腳光著，一隻腳穿紅靴，已經掛在壽皇殿外的歪脖子槐樹上自縊而死；掛在另一邊樹枝上的，是自盡殉主的崇禎帝心腹太監王承恩。
很快，崇禎帝在萬歲山上自縊的訊息被奏報給了李自成，心中一塊石頭落了地的李自成沒有冒犯崇禎帝的遺體，而是下詔讓有司將崇禎帝的遺體從萬歲山上抬下來，用門板載著送到皇宮東華門外，然後把周皇后的遺體也抬到這裡。起初，大順政府是用兩口普通的柳木棺材裝殮崇禎帝夫婦，停放在東華門外護城河邊，然後搭起簡易的靈棚以便讓前明的文武官員去拜祭。
當時，得知皇帝已經殉國的京師官員中，能夠到崇禎帝靈前哭拜祭祀的只有三十人，拜祭而不哭的有六七十人，其餘人等或是根本不出面哭拜，或是路過東華門時不做停留、急匆匆就走了，即使是前來哭拜祭祀的明朝官員，也沒人敢於出面為故主料理後事、主持安葬事宜。在諸文武大臣中，只有襄城伯李國楨“泥首去幘，踉蹌奔赴”東華門哭祭崇禎帝。大順軍把他帶到李自成面前，李自成讓他歸降，李國楨“以頭觸階，血流被面”，向李自成提出了“諸帝陵寢不可破壞、以天子禮安葬先帝、妥善安置皇太子及二王”三個條件，李自成都答應了。（後來李國楨還是因為“責賄不足”被大順軍拷掠致死。）
之前李自成已經抓住了皇太子朱慈烺和定王朱慈炯、永王朱慈炤；對於這三個前朝皇子李自成沒有加害，而是封朱慈烺為“宋王”，朱慈炯為“定安公”，朱慈炤為“永平公”，安置於別居，妥為照顧。朱慈烺也向李自成提出“不驚我祖宗陵寢、禮葬我父皇母后、不殺戮我百姓”三項請求，李自成為了籠絡京師人心，一一答應。
於是，在皇太子和李國楨的先後請求下，李自成在三月二十三下詔改殯崇禎帝夫妻，以上好的紅漆棺木裝殮崇禎帝，以黑漆棺木裝殮皇后，並給崇禎帝穿戴翼善冠、滲金袍、明黃靴等皇帝服飾，周皇后也按禮穿好了袍服。
三月二十五，崇禎帝的設祭禮已過，李自成下令“以帝禮祭、葬”，準備將崇禎帝及周皇后的靈柩下葬。按照大明（自成祖永樂皇帝遷都以後）歷代皇帝都在京師北郊昌平天壽山皇陵區修建陵寢的制度，原本崇禎帝也應該在天壽山為自己建陵，但一來經過數百年曆代大明皇帝的不斷入葬，昌平天壽山陵區內已經找不到合適的“吉壤”作為崇禎帝的“壽陵”；二來崇禎帝即位以來，因為連年戰亂不休、國庫及內帑統統空虛無比，也根本沒有時間、沒有財力為自己修建壽陵；所以直至崇禎十七年崇禎帝在萬歲山自縊殉國為止，他也沒有為自己建造好身後的陵墓。
所以，當李自成下詔命大順禮政府（禮部）、順天府出面為崇禎帝舉行安葬禮時，禮政尚書鞏焴才愕然發現，原來崇禎帝根本沒有自己的身後陵寢，想安葬也沒地方埋，這可怎麼辦！
原本鞏焴想向李自成上奏，請大順皇帝下旨為崇禎帝趕修一座陵墓，用來安葬這前朝皇帝，可是永昌皇帝現在忙得很，要派人分道接收北直隸、山東、河南等地，要招降尚駐守邊牆一線的明朝駐軍、官員，還要在京師“追比、責贓”原明朝高官、勳貴、外戚等，估計是沒有時間、也沒有那個心思去給亡了國的前朝皇帝蓋陵墓。於是，鞏焴決定隨便找塊地安葬崇禎帝算了。
這時候，有當年的知情人向禮政尚書稟報：崇禎帝本人雖然沒有給自己修造陵墓，但他的妃子中卻有人已經安葬在了天壽山皇陵內，可以將他（及皇后）和他的妃子埋在一起，也算是夫妻在地下團聚了，這是怎麼回事呢？
原來，崇禎帝的貴妃田氏（皇四子永王朱慈炤生母）在崇禎十五年（1642年）七月因病去世，崇禎帝當時命工部侍郎陳必謙負責在天壽山陵區內為田貴妃營建園寢。經過一番尋找、卜測後，工部與欽天監在天壽山陵區西南一隅、大紅門左側的鹿馬山（錦屏山、錦壁山）南麓為田貴妃找到一塊較好的墓地，在奏請崇禎帝允准後，開工為田貴妃修造園寢。經過一年多的修建，至崇禎十七年（1644年）正月，田貴妃園寢地宮基本建好，崇禎帝命人將暫厝於佛寺的田貴妃靈柩於正月二十三先行葬入其內，封閉地宮入道，然後在擇期將地面建築修建完畢。
不過就在田貴妃下葬之後兩個月，崇禎帝自己也因為大順軍攻破京師而自縊殉國了，身後也沒有現成的陵寢可用。在鞏焴要給崇禎帝落實下葬禮儀、卻找不到合適的葬地時，當初曾經負責過田貴妃安葬事宜的某些知情人便向鞏尚書進言，可以把崇禎帝夫妻一起安葬到田貴妃的園寢裡去，這樣也算一舉兩得、讓亡國皇帝一家在地下團圓。
鞏焴對於這個提議當然沒有異議，於是立即付諸實施。但讓堂堂禮政尚書親自來操持這件事情，未免有些太掉價了，因此鞏尚書把這件事交給了下屬、禮政府主事許作梅，讓他去找剛剛成立還不到半個月的大順順天府，知會府官李票（李紙票），讓順天府全權負責此事。
順天府府官李票接到禮政尚書要求給崇禎帝安排下葬事宜的公文後，雖然不敢反駁推搪，但心裡也是一萬個不願意（順天府還有大批需要“追比”的官員要處理，追贓款不比安葬前朝皇帝有油水得多），於是李票將禮政府的公文又轉發給直接負責管理、維護天壽山皇陵區的地方官府——昌平州衙，命昌平州官員配合主事許作梅“即動官銀催夫，速開田妃壙，合葬崇禎及皇后梓宮；定於四月初三發引、初四下葬，毋違時刻。”
可由於戰亂導致局勢動盪，原明朝昌平州衙的官員如知州、同知、州判等人都棄官而逃了，州衙六房差役屬吏也大都藏匿走散，在許作梅拿著順天府的公文趕到昌平州衙後，能夠出面承接公文的，也只有署理昌平州吏目（大致相當於代理秘書長）趙一桂一人而已。
即使接到了公文、承擔了安葬崇禎帝的重任，可是昌平州在局勢混亂的情況下早就“鈔庫如洗”，官庫內乾淨得可以跑耗子，一文錢公款都沒有，怎麼有能力來承擔給先帝下葬的重任。於是趙一桂和監葬官許作梅商議後，帶著昌平州工房吏員馮朝錦迅速趕到京師，向順天府府官李票稟告實情，再三請求順天府撥款，用於安葬崇禎帝的喪葬事宜。但順天府並沒有同意趙一桂的請求，而是出具了蓋有大順朝順天府關防大印的批文給趙一桂：“著該州各鋪戶捐挪應用，事完再議；納捐者酌情抵扣本年兩稅及各餉。”
無奈之下，趙一桂只得拿著順天府的批文回到昌平州，並公開批文告示在州城組織募捐，請城內的商賈和富戶們捐款為崇禎帝夫婦落實安葬之事。經過幾天的募捐，共有十位昌平州富戶或者鄉紳應捐，其中劉汝樸捐六十千文、王汝樸捐五十千文、鄧科捐五十千文、李某（名已佚）捐五十千文、白紳捐三十千文、徐魁捐三十千文、趙永健捐二十千文、劉應元捐二十千文、楊道捐二十千文、王政行捐二十千文；合計三百五十千文，折官銀約二百三十三兩六錢。
有了這些捐款後，趙一桂會同許作梅開始了先期準備，於三月二十九僱傭民夫趕赴天壽山陵區鹿馬山南麓，清理田貴妃園寢墓道的封土，以便將崇禎帝及周皇后的梓宮送入地宮內。田貴妃的園寢墓道長十三丈五尺，寬一丈，深三丈五尺，全部填滿了泥土，重新開挖工程量很大，經過四晝夜的連續清理後，至四月初四清晨，民夫們才全部挖完墓道內的泥土，露出了地宮石門。
在趙一桂開始清理田貴妃墓的同時，許作梅也呈文禮政府及順天府，請他們安排人手將崇禎帝和周皇后的梓宮運送到昌平州來，以完成安葬儀式。四月初二，崇禎帝、周皇后的梓宮被牛車載運著送抵昌平州沙河鎮鞏華城，四月初三，帝后梓宮被移到昌平城東門外關帝廟記憶體放；王承恩的棺木也隨同一起運來。
四月初四上午（寅時），鹿馬山田貴妃園寢中，趙一桂命民夫用拐釘打開了地宮第一層、第二層石門，做好了迎接崇禎帝后梓宮安葬的準備，並在田貴妃園寢前的空地上搭好了祭棚三間、小棚兩間，同時預備了紙札、素供、豬羊等祭品。當天下午（申時），崇禎帝、周皇后的梓宮從昌平城運抵鹿馬山田貴妃園寢，停放於祭棚中，王承恩的棺木則另外放在小棚內。趙一桂在崇禎帝后的梓宮前擺放了冥幣紙札豬羊素供等祭品，率領在場人等一起給崇禎帝舉哀致祭，算是送先帝最後一程。
祭奠完畢後，趙一桂和許作梅親自監督民夫們將崇禎帝后的梓宮送入地宮內，擺放到地宮後室的石床之上。當時崇禎帝的梓宮只有棺沒有槨，於是許作梅讓民夫把原來地宮中田貴妃的棺木從配套的木槨中取出來，移到石床右側；將崇禎帝的紅棺放入田貴妃的木槨中，放置於石床正中；周皇后的棺木則放在石床左側。自此，原田貴妃的園寢，就成為崇禎帝的身後陵墓了。
帝后梓宮安置好後，趙一桂和許作梅在石床前擺好香案祭品，點起萬年燈，隨後關閉兩道石門，讓民夫回填好墓道，同時將王承恩的棺木埋在田貴妃園寢的左前方。等到填埋墓道和安葬王承恩的工程全部完成，已經是晚上戌時了。許作梅隨即連夜返回京師，向禮政府和順天府奏報崇禎帝已安葬完畢。
趙一桂在辦理崇禎帝安葬祭祀典儀中，將募捐而來的官銀精打細算，沒有超額支出，僅僅用二百三十三兩六錢銀子，就完成了整個喪葬祭禮，用銀的明細為：開挖和掩埋隧道僱傭民夫工錢銀二百兩（這是用錢的大頭，別嫌貴；一個長十三丈五尺，寬一丈，深三丈五尺的土方要全部挖開然後又埋上，工程量和用工量都是巨大無比的）；搭祭棚工錢、材料錢四兩五錢；紙札祭品用銀一兩八錢；豬一口用銀四兩五錢；羊二隻用銀一兩六錢；素供二桌用銀一兩；民夫伙食米飯用銀一兩；伕役賞錢用銀二兩四錢；打造拐釘及請石匠開啟關閉地宮門用銀五錢；運送靈柩槓夫酒飯等用銀五兩五錢；買捆紮細繩用銀四錢；香案供桌木工材料用銀四錢；靈棚打掃拆卸用銀二錢五分；順天府監祭官員飯錢用銀一兩一錢。
四月初六，趙一桂率捐銀商賈富戶和昌平耆老等再赴崇禎帝的葬所，為崇禎帝行奠。祭畢後趙一桂在附近村子找來上百名村民，自備鐵鍬竹筐，為崇禎帝的墳塋培土起封。因為封丘都是黃土堆成，極為簡陋，趙一桂和昌平生員孫繁祉又再次捐銀五兩，買來青磚在冢丘四周築起五尺高的磚牆，這才使得崇禎帝的陵墓稍有規制，不至於太過寒酸。
大明崇禎十七年、清順治元年、順永昌元年（1644年）五月，在李自成於山海關之戰中敗於吳三桂和清朝聯軍、並退出佔據了四十二天的京師返回西安後，清軍在多爾袞的率領下開進了京師，正式成為中原新的主人。為了收買人心、籠絡明朝百官和廣大士人縉紳，多爾袞下令清朝官民軍丁為崇禎帝服喪三日，追諡崇禎帝為“莊烈愍皇帝”，並重新改葬，將崇禎帝的陵寢命名為“思陵”，增修思陵的地面建築。
在修建思陵的過程中，清朝命內官監專人負責督理，但因為““故君之事，既無賞可冀，又無罰可畏”，所以內官監相關督造人員敷衍消極，使得修造之事拖拖拉拉、進展緩慢。還是在崇禎帝的舊臣、前明司禮監掌印太監曹化淳（對，就是那個野史和小說中開城門放大順軍入城的曹化淳，其實他當時根本就不在京師，所謂開城降賊之事，都是後世文人的汙衊）以及原秉筆太監車應魁、王德化，隨堂太監王之俊、盧維寧等人的多次上奏力爭下，以及順治帝在順治元年（1644年）十一月的硃批催促切責下，思陵的地面建築修造工程才在順治二年（1645年）九月初步完成。
在按照帝王禮制修造好思陵後，清朝又重新打開了思陵的地宮，給崇禎帝添置了符合皇帝身份的隨葬品，並更換了帝后的棺槨，讓崇禎帝真正享受到皇帝的葬禮儀制，維護了地下的體面。修造思陵地面建築的工錢是四千兩白銀左右，這其中一千五百兩是陵地的租銀，由順治帝下旨撥來，一千五百兩是前明文武官員（包括曹化淳等內官）捐助而來；讓人稍感意外的是，已經降清並受封為平西王的吳三桂也捐助了一千兩，支援故主的陵墓修造。
思陵建造好後，清朝按照對待其他明朝皇陵的儀制，在陵內設定司香內使（即守陵太監）二名、陵夫（守陵民戶）八戶（包括家屬），給予他們香火地（居住的房屋和耕地）若干，讓內使和陵戶們負責照看思陵的一應事宜。每年的春秋二季祭日，清朝還會派遣太常寺官吏到包括思陵在內的明代諸皇陵內祭祀，致奠。工部每年也會委派堂官一人前赴明代諸皇陵，檢查各陵的建築和封丘，定期修葺維護。
乾隆五十年（1785年）三月，乾隆帝重新修葺明十三陵，思陵也在這個時候再一次擴建，將陵門、享殿、寶城、城臺、明樓等建築全部修整一新，並建起了寶城圍牆。乾隆帝是用這種方式，來彰顯自己對於前明的“恩施優渥”，並獲取漢族官員及士人的人心。此後直至清末，清朝都遵行對明代諸皇陵的祭祀、修整、管理、致奠；當然，也包括思陵。
