關於同治帝的死因，歷來眾說紛紜，可以說已經成為一大歷史疑案。比較通行的說法有兩種，一是死於天花，一是死於花柳病。不過如果認真考究起來，這兩種說法都很難成立。因為單純生病，以帝王家的條件，是很難造成死亡的。也就是說，他的死亡另有原因。
說到天花，其實對於漢人來說，非常普通，很多漢人都感染過天花，但是死亡率並不高。但是對於滿人就不同了。原來滿人在北方，過的是遊牧生活，不曾遭遇天花。入關之後，才感染天花。因為滿人歷史上未感染過天花，所以對天花的抵抗力很差，一是容易感染，再一是容易死亡。順治帝就是死於天花。但是康熙時代就有了種痘預防天花的技術，而且清朝皇室一直在用這種技術預防天花。
同治帝有沒有種過痘，沒有這方面的史料記載，但是他感染天花的記載卻很多，而且也得到中國第一歷史檔案館中的一個重要史料的佐證，這個史料就是《同治進藥簿》，透過對同治所用藥物的研究，證明他得的確實是天花。不過，即使是天花，也不是不治之症，皇家擁有強大的御醫團隊，其技術力量早非順治時代所能比，所以如果單純是天花，不至於要了同治的命。
關於花柳病的說法，是很難成立的。一是同治帝深居宮禁之中，又有兩位太后官制，他是很難有機會出去的，至於逛八大胡同，可以說純粹是文人的無聊編造。可以說同治帝根本沒有機會得這種病。退一步說，他即使得了這種病，御醫也能治療，不至於因此病死。
近讀一篇《光緒外傳》，有了新的發現。文中說，同治的天花經過治療，在甲戌十二月初四那天，就已經結痂。皇宮上下一片歡欣，於是就搞了一個送痘神娘娘的活動，鑼鼓喧天，甚是隆重。而且還請來太醫院判李德給同治把脈，李德報大安，兩宮太后都十分歡喜，於是重賞李德。誰知到了半夜，情況就發生急變，李德被急召入宮。他看到的景象跟白天大不相同，只見皇帝臉色大變，特別是白天結痂的痘痘突然發生潰陷，李德不知就裡，但知道已經迴天乏力。不久，宮中就傳出皇帝駕崩的訊息。
這樣的病情急變，肯定是有原因的。據知情人透露，晚間發生了這樣一件事。同治的皇后孝哲毅皇后，乃是慈安皇后和同治選定的，慈禧看中的是侍郎鳳秀的女兒，最後由於同治的堅持，才選定了孝哲毅皇后，對此慈禧耿耿於懷，所以對皇后百般刁難。初四這天，不知什麼原因，皇后遭到慈禧的呵斥，她於是偷偷來到同治養病的乾清宮向丈夫訴苦。誰知這事被慈禧知道了，她就偷偷尾隨在皇后的身後。慈禧到宮門，太監要向皇帝稟報，慈禧趕忙擺手制止，並脫掉鞋子，貼近簾幕偷聽。只聽皇后邊哭邊訴說受慈禧欺凌之苦，同治安慰說：“你且忍耐，終會有出頭之日。”外面偷聽的慈禧怒不可遏，拉開簾幕，衝進去一把抓住皇后的頭髮，就往外扯，另一隻手還不停地鞭打皇后。慈禧還同時下令內廷大杖伺候。同治眼見愛妻被鞭打凌辱，又是害怕，又是心疼，一急就從床上滾了下來，立馬昏厥過去。雖然後來同治甦醒過來，但是天花復發，很快就死掉了，慈禧還硬說是同治房幃不謹造成的，把責任推給了皇后。皇后悲痛欲絕，兩個月以後吞金殉情。
這段記載雖不屬正史，但從情理上考究比較符合情理，其中情節也非常符合慈禧的行事風格。人都說“虎毒不食子”，而這位慈禧是兒子媳婦通吃。大清國落到這個女人手裡，焉有不敗之理！
