1956至1957年國家批准開始挖掘明十三陵的定陵地下玄宮，1958年，郭沫若、吳晗等打開了定陵，裡面有萬曆皇帝和他的兩個皇后的屍骨以及隨葬物品，隨葬品眾多震驚世界。專家們對萬曆皇帝的屍骨進行整理時發現了一個重要的特徵，萬曆皇帝的右腳明顯比左腳短不少，萬曆皇帝的有嚴重的足疾，不能走路。這是萬曆皇帝28年不上朝的原因之一。後來萬曆皇帝和他的兩個皇后的屍骨被焚燒，金絲楠木棺材燒不壞，被扔到了山溝裡面，是國家的重大損失。
透過考古挖掘，直接證明了萬曆皇帝有足疾，不能走路，這是他不願因上朝聽政的主要原因之一。還有其他原因也促使萬曆皇帝不上朝的，足疾並不是唯一重要的原因。
張居正後時代，萬曆帝悵然若失
萬曆皇帝少年登上帝位，前十年主要是張居正主持朝政，大太監馮保和皇太后支援監控。張居正開始大刀闊斧地改革，主要是“一條鞭法”：賦稅和徭役進行合併，化繁為簡；統一役法，攤丁入地；田租徵銀；官收官解。這一措施緩解了明朝前兩代皇帝時期產生的弊端。在軍事上已經基本消滅倭患，調戚繼光在北京的正北方，李成梁在東北方向，國家形勢一片大好，史稱“萬曆中興”。
張居正
萬曆十年（1582年），張居正病死了。萬曆皇帝親政，張居正得罪了很多利益集團，他們彈劾張居正，同時萬曆皇帝長期在張居正的陰影下生活，需要建立自己的君權威望。他先後查抄了大太監馮保和張居正，在馮保家查抄了大量的財富，在張居正家裡也沒有得到多少銀兩，萬曆皇帝悵然若失，長期依靠張居正，現在依靠也沒有了。
文官制度和“國本之爭”
張居正在位時，文官們都在他的把控之中。萬曆帝親政了，要自己面對。明朝的文官制度，在封建道義上牽制皇帝，對萬曆皇帝的事情管得很寬，萬曆皇帝也比較和善。最後發展到在朝堂上與萬曆帝吵架，萬曆時期的內閣首輔申時行著有《召對錄》，裡面記載，萬曆皇帝身體不適，不適宜參加眾多的朝政活動，言官和大臣指責萬曆皇帝，萬曆皇帝曾經做過解釋，但是仍得不到文官們的諒解。一個大臣指責萬曆皇帝貪酒好色，萬曆皇帝也就是免了他的職務，讓他回家而已，碰上一個稍微厲害的君主估計差不多處死了。
萬曆皇帝打算立鄭貴妃的兒子福王朱常洵為太子，主要考慮是太子朱常洛為宮女所生，在朝堂上也沒有什麼勢力支援他，萬曆皇帝擔心一旦朱常洛登基，恐怕把控不了朝政，對大明王朝發展不利，其中也有寵幸鄭貴妃的關係在內。而福王朱常洵在外廷的支援勢力比較大，繼承大統好控制朝局。
朱翊鈞
萬曆皇帝這個想法主要是從國家的大局出發，立太子。朝堂上的文官們抱著“立長不立幼”的封建道統，與皇帝進行力爭，太子之爭長達15年，這也直接導致萬曆皇帝開始不上朝了。
軍權、財權和用人權控制在手
因為立太子的事情，萬曆和內閣爭執了15年之久，萬曆皇帝開始不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。別以為萬曆皇帝什麼都不管，軍權、財權、用人權這些主要的權利萬曆皇帝都控制在自己手上，別人根本不能插手。至於朝堂上的雞毛蒜皮小事，由文官們打理就行了，他也懶得理會。
萬曆年間的三大徵。萬曆皇帝也是親力親為，萬曆二十年（1592年）西北的寧夏之役、萬曆二十七年（1599年）到萬曆二十八年（1600年）西南的播州之役、萬曆二十年（1592年）到萬曆二十六年（1598年）東北的壬辰倭亂都取得了勝利。有人說花了很多錢，損失了很多人，傷到了明朝的根本，這樣說是不負責任的，三大戰役的錢都是萬曆皇帝蒐羅的私錢撥發的，沒使用者部的錢。此外，內憂外患來了，不打肯定亡國更快。日本的豐臣秀吉就是知道萬曆皇帝多年不上朝，以為萬曆皇帝好欺負，沒想到是一條猛龍，當頭一棒，直接導致日本200多年沒敢侵略朝鮮和中國。
豐臣秀吉
萬曆皇帝大局把控還是非常好的，薩爾滸戰役失敗，也是晚年的萬曆皇帝不能掌控的了。
萬曆28年不上朝的明朝。有人曾經說，明朝亡國實際上是亡於萬曆。不可否認，萬曆年間的很多事情確實埋下了明朝滅亡的伏筆。史載，就因為他懶得打理朝政，對官員的離職、死亡、升遷漠不關心，導致萬曆中後期明廷官員缺額甚巨，很多官職都無人去做。到萬曆四十年（1612年）時，內閣僅剩葉向高一人，六卿六部僅餘趙煥一人，督查院連續八年無主官，全國半數以上的州府沒有知府，而每年新科文武進士數千人，卻集體滯留京師無人派官……萬曆就是這樣一個帝王，視國事如兒戲，把大明江山看作一片無需耕耘的土地，把億萬臣民看作一群無需看管、飼餵的牛羊，加上在立嗣（立太子）一事上與大臣意見不合，索性賭氣撂挑子不幹，二十八年不上朝，導致萬曆中後期朝政極度腐敗，民情激變，後金鐵騎不時寇邊，北疆不寧，陝北農民大起義已在醞釀發酵中……“薩爾滸之戰”慘敗後，明王朝已經衰朽到無以復加的地步。難怪《明史》編纂者哀嘆曰：“論者謂明之亡，實亡於萬曆”！
