赫魯曉夫等人把逮捕貝利亞的時間定在1953年6月26日。
布林加寧和二戰中蘇聯最著名的軍事將領，中央候補委員朱可夫元帥一起，開始組織清除貝利亞所需的武裝力量。
怎樣避開貝利亞的耳目，在通往莫斯科的要衝地帶和城內集結起強大的武裝部隊，以對付貝利亞控制的秘密警察和內務部隊可能發起的叛亂？
國防部長布林加寧找了個非常合理的藉口，他以參加夏季軍事演習的名義，把貝利亞的最得力的手下——內務部軍官、現任莫斯科軍區司令阿爾傑米耶夫將軍打發去了斯摩稜斯克。
6月26日，在克里姆林宮將召開部長會議主席團和中央委員會主席團聯席會議，這是早就定好的事情。會議將由馬林科夫主持，這也不會引起貝利亞絲毫懷疑。
當然，只有馬林科夫、赫魯曉夫、布林加寧和朱可夫等少數幾個人知道會上將會發生什麼事。
赫魯曉夫的方案是這樣的，先由自己的親信，克里姆林宮衛隊長韋傑寧，秘密把由他兒子指揮的一個團從莫斯科郊區調入市區進入克里姆林宮，這部分人馬將用來對付忠於貝利亞的衛隊。
當貝利亞踏進克里姆林宮大門時，聽令於伏羅希洛夫元帥的莫斯科軍事院校就將進入戰鬥狀態。同時，幾個現役師的布林加寧嫡系部隊將開進首都。
然後，將由國防部長布林加寧下令，以軍事演習需要的名義，為內務部隊裡的每一名軍官配一名正規部隊的軍官，一旦拿下貝利亞，即由軍隊接管內務部。
所有方案的前提，都建立在順利拿下貝利亞之後。
朱可夫的支援也是至關重要的，在他授意下，赫魯曉夫透過克里姆林宮內線電話，與莫斯科軍區空房司令莫斯卡連科將軍通了一通電話。
根據莫斯卡連科的回憶，赫魯曉夫是這樣說的。
赫魯曉夫：你能不能找幾個非常可靠的人？那種絕對可以信任的人？
莫斯卡連科：這樣的人一定可以找到，尼基塔·謝爾蓋耶維奇。
赫：你帶四個人，讓他們都帶上雪茄。
莫：什麼樣的雪茄？
赫：你怎麼忘了，你忘了在前線時的這種稱呼（指手槍）？布林加寧將在總參謀部大院裡等你們，得抓緊時間啊！
很快，莫斯卡連科就找到了赫魯曉夫需要的人：空防部隊副司令巴基茨基、參謀長巴克索夫、軍區政治部主任祖布、參謀尤費列夫。
他們乘坐一輛黑色吉斯轎車出發，踏上了比戰場更危險十倍的前往克里姆林宮的道路。一旦成功，他們的名字將與一起重大的歷史事件聯絡在一起。一旦失敗，他們的腦袋將被貝利亞揪下來當球踢。
然而在見到朱可夫之前，這些軍人並不確定他們要去逮捕的是誰。26日下午，布林加寧將他們帶進政府大廈，參加聯席會議的人都在一號辦公室，他們被帶到了秘書辦公室，在這裡他們見到了朱可夫。
朱可夫問莫斯卡連科：你們知道要逮捕誰嗎？
莫斯卡連科：不知道，但我們可以猜想得到。
赫魯曉夫走進來對莫斯卡連科說：你們要抓的是一名主席團成員，他身上可能帶有武器。你們走到他身邊，要你們抓捕的時候就把他抓起來。
莫斯卡連科問：可以開槍嗎？
赫魯曉夫回答：不行，必須留下活口以備審訊。不能使用武器。大家暫時留在這裡，你們一聽到兩聲長鈴，就立刻進入我們的會場，不要理會秘書，不要注意任何人。
貝利亞進入會場的時候，其他人大多都坐好了。赫魯曉夫坐在主席的位置上，右邊是馬林科夫，左邊是布林加寧。貝利亞大大咧咧在伏羅希洛夫對面的位置坐了下來，問道：今天的議程是什麼？
赫魯曉夫說：只有一個，討論拉夫連季·貝利亞的問題。
爾後，他對馬林科夫說：你來主持吧。
大約15分鐘過後，隨著兩聲電鈴聲，朱科夫元帥和其他軍人打開了門，沒有理會站起身來的秘書，站在了布林加寧身後。
馬林科夫正好唸完了他的報告：正如你們現在所看到的，貝利亞不僅是個內部的敵人，而且他還有著國際背景，提議立即將他逮捕，交給這些同志。
馬林科夫接著建議舉手表決，所有人都舉起了手，只有貝利亞呆坐在那裡，拿著鉛筆在紙上寫著什麼。
後來才知道，他只寫了一個詞“警報”，寫了19遍。
貝利亞一言不發，只有在被搜身時，他才喃喃說道：我沒帶手槍。
他被摘下眼鏡，押到克里姆林宮的一個單人房間，朱可夫隨即告辭，剩下的任務落在了莫斯卡連科身上。
隨後，幾位軍人分乘兩輛汽車，把貝利亞押送到了莫斯科軍區禁閉室，由巴基茨基任看守隊長，數名軍官晝夜值班看守。
當天晚上，布林加寧就下令解除了正在斯摩稜斯克參加演習的阿爾傑米耶夫的職務。
與此同時，赫魯曉夫和布林加寧還採取了一些防範措施，從海軍邊防部隊增調一個營的兵力，負責保衛克里姆林宮。原有的警衛人員都被更換一空，內務部大樓也被軍隊包圍起來。
布林加寧打電話給駐東德蘇軍叢集總司令格連齊克，要他把貝利亞安插在那裡的特別聯絡員立即逮捕，並用軍用飛機送回莫斯科，以確保駐外蘇聯軍隊的穩定。
貝利亞被捕後，擔心的可能發生的叛亂並沒有出現，他領導的秘密警察和內務部隊風平浪靜，內務部的幾十位重要官員，和他的內務部隊的一些親信接二連三被逮捕，貝利亞經營多年的王國未作任何抵抗就冰消瓦解了。
看來，無論是貝利亞還是其他人，對貝利亞的能量都估計過高了。
也許只有赫魯曉夫在決定逮捕貝利亞時作出的敵我力量對比判斷是大致正確的。即使秘密警察和內務部隊叛亂，在布林加寧和朱可夫介入後，也不過是在正規武裝部隊面前自取其辱。
貝利亞把最後一絲希望寄託在了馬林科夫身上，他給馬林科夫寫了兩封信，但都被送到了赫魯曉夫的辦公桌上。
7月10日，塔斯社奉命播發了貝利亞已被解除職務和開除出黨，並將案件提交蘇聯最高法院審理的訊息。
對貝利亞的審判是秘密進行的，審判會從12月18日至23日，在莫斯科軍區司令部大樓一樓進行，持續了六天時間。武裝部隊出動了幾個師的兵力，把大樓圍得水洩不通，以防可能發生的突發事件。
由於是秘密審判，許多情節只能依據審判員和證人後來的回憶。據說，審訊剛開始時，貝利亞還很狂妄。但在宣判死刑後，他一下子垮了，當得知立即就要被處死時，貝利亞完全失去了控制，他痛哭流涕，乞求寬恕，但法庭駁回了他的請求。
秘密審判會結束後，貝利亞被判處死刑，立即執行。
行刑時間在1953年12月23日，地點就在莫斯科軍區司令部羈押貝利亞的那間小屋裡。
貝利亞過高地估計了內務部的實力，其實質不過是靠斯大林的餘威，所以當斯大林撒手人寰後，貝利亞很快隕落。
雖然貝利亞被打倒後，過去所做的一切多被否定，又由於他長期從事秘密工作，貝利亞這個重要人物，成了蘇聯歷史上一個
“沒有歷史的人”
。
但不可否認的是，貝利亞為人精明，智力超群，他從事肅反和情報部門的工作表現出色，在衛國戰爭期間為蘇聯政治和經濟方面作出的貢獻也算可圈可點。
斯大林指定他負責了許多重大任務，包括蘇聯的原子彈專案，莫斯科新的空防系統，這都是極其重要的專案。在貝利亞運作下，蘇聯在四年內就完成了核武器的設計、製造和試驗，比原定計劃提前了一年，他也因此表現受到高度肯定。
曾與他在原子彈專案中親密合作的尤利·哈爾頓院士，高度讚賞貝里亞的組織能力和管理能力。多年後，他寫道
：“這個人，在蘇聯的現代史中，是邪惡的化身。但同時，他又擁有巨大的活力和高度的效率，不可能不承認他的才智、意志力和堅定性，他是一位一流的管理者，對每一項工作做出正確的決斷，完成好每一項工作。”
