1856年9月，天京城內正醞釀著一股強烈的血雨腥風。
北王韋昌輝帶著三千多人拿著洪秀全密詔，從城南破門而入，他迅速指揮包抄東王楊秀清的住所，沒來得及反應，楊秀清人頭落地，其家眷全部被殺，一時之間，血流成河，開啟了王殺王的序幕，也在根本上改變了清朝與之對決的形勢。
洪秀全為什麼突然對楊秀清下黑手？表面看就是因為“天父下凡” ，實則是東王威脅到了天王。
從1853年定都南京後，洪秀全就深居不出，軍政大權都交給了楊秀清，此後洪秀全只顧享樂，而東王則越來越專擅，野心也越來越大。
在此之前，楊秀清前面有蕭朝貴和馮雲山，但此後兩人都死了，於是楊秀清地位越發凸顯出來，在一次科舉時，還出題“四海之內有東王” 可見，楊秀清確實不甘心在天王之下。
當東王發明了“天父下凡”後，他甚至可以以“天父”口氣讓洪秀全不但跪聽訓斥，還要打他四十大板，眾人哭著求告“天父”後，楊秀清才罷手。
不久，楊秀清再度故伎重演，以“天父下凡”，宣佈自己“繼治天下，佐理萬國之事。”他的官邸對聯更是表明：“參拜天父，永為我父，護衛東王，早作人王。”的野心。自此以後，洪秀全只能把楊秀清當真“天王”對待，還發下詔書：“爺降凡間聖旨，朕盡讀過記清清。故此認爺能不錯，爺哥帶朕宰太平。”
此後，楊秀清降“天王附體”這一法寶發揮到了極致，即使是洪秀全二哥洪仁達他也經常接天父之名說打就打，北王韋昌輝和翼王石達開，每當看到楊秀清表演“天父下凡”時，都嚇得跪在地上不敢出聲，以至於汗流滿面，生怕借天父之名把自己殺掉。
但是洪秀全畢竟不是大白給，他不能看著自己創立的“天國”讓給了楊秀清，雖然面對經常批評自己的“天父下凡”的楊秀清表示：“自今以後，凡事定與兄弟相商而行之。”
因此他找機會殺掉楊秀清的決心已定，由於洪秀全深知楊秀清對韋昌輝動輒打罵，所以他才要找韋昌輝除掉楊秀清，最後再把他當做替罪羊殺掉，堪稱洪秀全的局中局。洪秀全利用韋昌輝殺掉楊秀清，很快就把韋昌輝丟擲來，最直接的原因是石達開已經發兵問罪。
老奸巨猾的洪秀全接報，心中著實害怕石達開手下的精兵良將，他忙派人當眾人譴責韋昌輝：“ 爾我非東王不至此，我本無殺他之意，而今已拿戮之（東王），其下屬何辜，又盡殺之，應念天父好生之心，以寬縱為宜。”洪秀全忽然變臉，下詔誅殺韋昌輝。從前被人當槍使，現在又要被殺，氣急敗壞的韋昌輝兩眼冒火，率手下三千人撲向天王府。天王府的府牆比當時南京城牆還要厚堅，即使手中有火炮，韋昌一時也攻不下來。
此時韋昌輝又殺了石達開家人，導致石達開出走，而洪秀全再度把韋昌輝丟擲來，成了這次內訌的最大贏家，但是從根本上來說，作為太平軍的天王，他的實力從此徹底削弱，因此註定走向衰弱是不可避免的了。
“天京事變”之後，對太平軍最大的影響，就是“太平天國”從精神上喪失了昔日的“神靈性”和“正統性”。所以，百姓們私下傳說：“天父殺東王，江山打不通。長毛非正主，依舊讓咸豐。”
太平軍士兵很迷惘，“上帝”怎麼會容許這種事情發生？“天父殺天兄，總歸場空。打包回家轉，還是做長工。”再篤信“拜上帝教”的人，也會產生疑問：代“天父”傳言的東王，怎會被“天父”另一個兒子北王殺掉？而“真主”天王，又怎能把北王五馬分屍？為了挽救信仰危機，洪秀全對東王楊秀清作了一系列“追封”，封東王為“傳天父上主皇上帝真神真聖旨”，並作詩“深情”呼喚：七月念七東昇節，天國代代莫相忘，順便也把北王追封，好像什麼事都沒發生一樣。
由於楊秀清的兩個兒子均被殺掉，洪秀全把自己的第五個兒子洪天佑過繼給東王當嗣子，封為“幼東王”。日後好多人不明就裡，以為洪天王對東王有多好，還替他留一支血脈，其實，這個“幼東王”，根本就是洪天王自己的兒子。
1861年，“天京”上游的關鍵門戶安慶將要失陷時，洪秀全連睡夢中都想得東王之力，寫詩道：“東王秦兵交妹夫，殺妖天鬼有伊當”是臨時抱佛腳，假使楊秀清還活著，洪天王自可以在深宮享樂，根本用不著憂心忡忡親問軍國大事。
“天京事變”，自己人殺自己人，對於“太平天國”來講，貽害無窮。
第一，洪秀全、韋昌輝對東王及共屬下的大屠殺，加上後來洪秀對書昌輝及其屬下的殺數，除了老幼婦孺不算，也有兩萬人左右的被殺。這些人，絕大多數是一路從廣西走來的，勞苦功高，經考驗，是那種三千頂十萬的人才。殺了這些人，太平軍絕對是自毀長城。
第二，如果“天京事變”沒有發生，太平軍攻破“江南大營”之勢，大可攻下蘇錫常富庶地區，還很可能一舉擊潰正在成長中的潮軍當時的湘軍被切分在湖北武昌和江西南昌兩個地方，岌岌可危。
第三，“天京事變”直接導致了軍事重鎮武昌的失守。因為當時昌的太平軍守將是韋昌輝之弟韋志俊，石達開本人也在距武昌城十里外的洪山督師。洪山大軍奉石達開之命回師南京殺韋昌輝， 武昌的敵我均勢被打破，迫使太平軍不得不放棄武昌。
武昌扼金陵上游，可固荊襄門戶，可通兩廣、四川餉道，如此堅城一失， 造成太平軍日後被動挨打的局面。湘軍攻入天京後看到天王府和東王府的奢華後大吃一驚，他們的後宮美女如雲，卻限制其他人找女人，連廁所都是金子打造的，湘軍一些有識之士感嘆，這樣的人怎能成功？最後湘軍將財寶搶劫一空，有些年輕的女子也被搶去，成了天京的一場幻夢，因此有學者指出，天平軍的失敗就是來自於洪秀全本人對內訌的處理手法，可謂成也蕭何敗也蕭何。
