一說起日本陸軍軍旗，大家第一個想到肯定是日軍士兵刺刀上掛的“膏藥旗”或旭日旗。其實這兩種旗幟都不算是日軍的軍旗。
日軍陸軍軍旗最早稱為“陸軍御國旗”，制式為長4尺4寸（約1。33米）、寬5尺（約1。15米）的十六芒旭日旗。在1874年1月23日，日本明治天皇在日比谷演練場親手將第一面“陸軍御國旗”授予近衛步兵第一聯隊和近衛步兵第二聯隊。
到了1879年12月2日，日本政府頒佈《太政官佈告第130號》，宣佈廢止“御國旗”的樣式和名字，將其改稱為軍旗，專門頒發給步兵、炮兵、騎兵各聯隊。其中步兵聯隊的軍旗樣式為，長2尺6寸4分（約0。8米）、寬3尺（0。91米），旗杆頂為黃銅鍍金的3雙16葉菊花紋章，旗杆為慳木質黑色木杆，旗面為紫色絲綢製作，外面圍繞一圈平織的金邊紫色線穗，旗面顏色為白色，十六芒旭日章為紅色，右下角繡有聯隊番號。由於在當時日軍沒有騎兵聯隊，所以最早頒發給騎兵的是騎兵大隊隊旗。至於炮兵就比較悲催了，炮兵的軍旗在1885年1月10日被宣佈廢止，所有的炮兵聯隊旗又都被“要”回去了。
那為什麼日本陸軍的軍旗，只頒發給聯隊呢？陸軍師團為什麼不頒發軍旗呢？
日本陸軍軍旗只授予聯隊，其實與日軍士兵的補充與編制有很大關係。日本在二戰時期施行的是募兵制，政府將國家分成幾十個聯隊管區，每一個管區內的日本適齡青年都會被統一編入一個聯隊，就連以後補充進來的新兵也都來自這個管區。（例如步兵第7聯隊的兵員都來自京都，步兵第7聯隊也會被稱為京都聯隊。）日本師團下屬的聯隊經常會被調換，但聯隊的募兵區是永遠都不會變的。所以聯隊是日本陸軍部隊不會發生下屬變動的最大單位，日本天皇將軍旗頒發給聯隊也就是順理成章的事情了。
日本陸軍軍旗象徵—天皇在軍隊中的分身
在向新編聯隊授予軍旗時，奉命接受軍旗的聯隊長必須身穿華麗的大禮服，趕往皇宮，拜見日本天皇。天皇在授予軍旗前會對聯隊長髮表“敕語”（chiyu），而後聯隊長會依照儀式進行“奉答”。這套儀式要表達的是，這支部隊得到了天皇的認可，軍旗隨隊出征就等於天皇御駕親征一樣。每一個日軍士兵在看到軍旗後，都必須像晉見天皇一樣，向軍旗行禮。在天皇授予軍旗的這一天，還會被聯隊視為建軍日，每年這一天都要舉行隆重的“軍旗祭”。為了最大限度地保護好軍旗，軍旗都會交由專門的護旗分隊保管。
每到出征的時刻，軍旗必須隨同聯隊本部一起行動。不過當聯隊奉命執行“有去無回”的任務時，也允許將軍旗臨時交給師團部保管。假如，聯隊面臨被敵方全殲而無力脫困時，必須先將軍旗燒燬，然後再向敵人發起決死衝鋒，以防軍旗被敵人繳獲。（日軍將燒軍旗的行為稱為“軍旗奉燒”）
由於日軍軍旗質地為絲綢，在長時間高強度作戰中，軍旗旗面出現損壞在所難免。很多成立較早的聯隊，軍旗破損到只剩下外面那圈流蘇，但只要還能繼續懸掛，日軍都會一直使用。（有很多破損嚴重的軍旗，就算被敵人繳獲，也很難讓人把它與軍旗聯絡到一起。）
