明朝作為中國歷史上的又一個大一統王朝，在長達276年的時間裡，大明王朝一共歷經16位帝王。其實，相較於其他大一統王朝而言，明朝的帝王世系相對較為簡單，如下圖所示，整個大明王朝帝王世系一共只經歷了三次偏移而已。
明朝帝王世系
第一次世系偏移：“靖難之役”後朱棣稱帝
懿文太子朱標作為明太祖朱元璋與馬皇后的第一個兒子，乃是毫無疑問的嫡長子，因而當朱元璋在應天府自立為吳王時，朱標便被立為了世子。而當明太祖朱元璋於洪武元年（1368年）稱帝建立大明後，朱標則順理成章的成為了皇太子。
明太祖朱元璋與懿文太子朱標
雖然由於朱標早逝未能順利繼位，但其次子朱允炆雖然只有半個嫡孫的身份（其母呂氏本為妾室，在太子妃常氏去世後被扶正），但還是被朱元璋立為了皇太孫。
洪武三十一年（1398年），
明太祖朱元璋駕崩，皇太孫朱允炆即位。
朱允炆登上皇位後，由於藩王對中央政權構成威脅，開始大肆進行削藩，在位一年之內便連削五王，結果最終逼的燕王朱棣以“清君側”為名義起兵，“靖難之役”爆發。
明成祖朱棣
從建文元年（1399年）至建文四年（1402年），整個“靖難之役”持續四年，坐擁天下的朱允炆卻被朱棣擊敗，最終朱棣攻破南京城，隨著皇宮的一把大火，建文帝朱允炆就此下落不明，朱棣稱帝即位，是為明太宗（後改為明成祖）。明朝的帝王世系，就此從朱標世系變為了朱棣世系。
第二次世系偏移：朱厚照死後無子，其堂弟朱厚熜即位
“靖難之役”後，明朝的皇位便始終在朱棣一脈傳承，先後傳承了七位帝王：
明仁宗朱高熾、明宣宗朱瞻基、明英宗朱祁鎮、明代宗朱祁鈺、明憲宗朱見深、明孝宗朱祐樘、明武宗朱厚照。
在此期間，曾差點再度發生世襲偏移，那便是正統十四年（1449年），明英宗朱祁鎮率兵親征瓦剌，結果慘遭“土木堡之變”，不僅搞的全軍覆沒，就連自己也被瓦剌俘虜，危急存亡時刻，在於謙等人的支援下，明代宗朱祁鈺繼位，是為明代宗。
不過，朱祁鈺在位僅僅八年時間，明英宗朱祁鎮便趁著朱祁鈺病重自己，在石亨等人的支援下，透過“奪門之變”重新奪回了皇位。於是，皇位的傳承再次回到朱祁鎮一脈。
明武宗朱厚照
直到正德十六年（1521年），明武宗朱厚照駕崩，由於其死後無子，導致明孝宗朱佑樘一脈絕嗣，於是內閣首輔楊廷和等人迎立明憲宗朱見深之孫、興獻王朱祐杬之子、明武宗朱厚照堂弟朱厚熜即位，是為明世宗，導致明朝帝王世系再度偏移。
第三次世系偏移：朱由校死後無子，其弟朱由檢即位
朱厚熜即位之後，明朝皇位便又在其一脈傳承，先後傳承了四位皇帝：
明穆宗朱載坖、明神宗朱翊鈞、明光宗朱常洛、明熹宗朱由校。
明熹宗朱由校
直到天啟七年（1627年）八月，明熹宗朱由校因不慎落水而一病不起，最終於同月二十二日病逝，因其死後無子，又留下了讓五弟朱由檢即位的遺命。因而信王朱由檢於兩日後登基為帝，是為明思宗。
以上便是明朝十六帝的帝王世系，相較於其他王朝來說，血緣關係並不算複雜，只是發生過三次世襲偏移而已。
明思宗朱由檢
至於南明時期，由於戰亂的影響，帝王世系相對較為複雜，其中弘光帝朱由崧是明神宗朱翊鈞之孫、福忠王朱常洵長子，算是明熹宗朱由校和明思宗朱由檢的堂弟。明紹宗朱聿鍵則血緣關係更遠，乃是明太祖朱元璋第二十三子唐王朱桱一脈，紹武帝朱聿鐭則是明紹宗之弟。南明的末代皇帝永曆帝朱由榔，則又是明神宗朱翊鈞之孫、桂端王朱常瀛之子。
