不管表象之下的現實如何，西班牙異端裁判所的所作所為都是超乎尋常地違背基督教精神、兇殘而可憎。它與西班牙思想的另一項強大的原則（曾經由伊莎貝拉的兄長恩裡克四世表達出來）完全相反，即寬恕是基督教的一個根本特徵。恩裡克四世曾受到壓力，去懲罰一名多次背叛他的貴族，將此人傳喚到自己面前，然後將他釋放，並說，寬恕是他的信仰的一個關鍵支柱。“我寬恕你，”恩裡克四世說，“以便我要離開人世的時候，上帝能夠寬恕我的靈魂。”【45】
在這個案例裡，恩裡克四世國王寬恕的是實際上有罪的人。而如今伊莎貝拉殘酷鎮壓的，卻是沒有任何罪過，或者危害極小的人。她自己內心一定很矛盾，因為她允許自己身邊的人對異端裁判所的正義性和道德性提出嚴正的質疑，不過她自己沒有表達過任何疑慮。她允許編年史家普爾加爾在王室贊助的著作中寫道：“宗教法官和世俗劊子手的行為殘忍，表現出極大的敵意，不僅敵視那些被他們懲罰和折磨的人，還敵視所有的新基督徒。”【46】
斐迪南是個沒有道德原則的人，他對異端裁判所應當不會感到任何道德顧慮。事實上，歷史學家本齊恩·內塔尼亞胡相信，斐迪南是“異端裁判所的真正始作俑者”。【467】他寫道，斐迪南
表現得守道德、虔誠信教；因為他對倫理與宗教在人的生活中發揮的關鍵作用，有著準確的判斷。他沒有公開挑戰道德，而是利用它達到自己的目的。他懂得如何拿捏群眾的情緒，它是社會生活的一個因素；他也懂得利用群眾的激情的力量……作為他統治國家的動力。因此，他利用群眾對改宗猶太人的仇恨和關於異端罪的教會法律，去推動自己的政治利益，同時努力把自己打扮為神聖教會的真正兒子。他對捍衛宗教律法的熱忱，甚至超過了他主持民事法律的熱情……因此他沒有正式地調查異端裁判所的司法程式，以避免承擔它的裁決帶來的責任；並防止別人反駁他的說法，即他對宗教法官的裁決完全信任。但他常常干預異端裁判所的戰利品的收集與分配。【48】
那麼，伊莎貝拉女王的立場是怎麼樣的呢？畢竟她在其他很多方面被描述為充滿人道關懷，並且熱忱地學習基督的生平和教誨。她如何能為異端裁判所的殘忍和草菅人命辯護？
簡而言之，伊莎貝拉的個性非常複雜，包含五花八門的元素。雖然她在很多方面顯得仁慈寬大，但也有睚眥必報的一面，讓她非常嚴酷、窮追不捨、不屈不撓地懲罰她眼中的惡人，並達到自己的目的。她或許是這樣推斷的：異端裁判所是達到有價值、正當合理的目的的手段；為了戰勝格拉納達，她需要得到安達盧西亞老基督徒（尤其是塞維利亞和科爾多瓦的老基督徒）全心全意的支援，而這些人非常敵視改宗猶太人。或許她相信自己的整個生活方式都受到了威脅，只有最殘酷無情的策略才能幫助基督教西班牙在土耳其人的進攻下生存下來。或許，她當真是為自己臣民的精神福祉擔憂，儘管這種擔憂是受到誤導而產生的。對每一種宗教信仰的狂熱信徒來說，只有他們的信仰才是宇宙的關鍵。無論如何，伊莎貝拉完全能夠把自己的舉措——建立和支援異端裁判所——合理化。成功的統治者為了追尋自己眼中的更大福祉，往往甘願犧牲其他人。按照內塔尼亞胡的說法，對伊莎貝拉來說，“要想安全地控制安達盧西亞，就必須想辦法消除騷亂”。【49】
但在針對格拉納達的戰爭結束後，她的立場也沒有變化。她殘酷鎮壓的打擊面反而擴大了。1492年3月，在秘密磋商之後，她和斐迪南命令猶太人（此前沒有受到異端裁判所的大力迫害）立刻皈依基督教，否則將其驅逐出境。他們認為，猶太人在西班牙的存在會誘惑改宗猶太人，讓後者拋棄基督教信仰，使其喪失救贖的機會。猶太人到她面前懇求時，她告訴他們，這個決定是斐迪南在夢中作出的，因此是上帝的意志。“你們相信這是我們的決定嗎？”她對前來懇求她收回成命的猶太人代表說道，“是上帝讓國王心中產生了這想法。”在猶太人的懇求之下，她也不肯向丈夫表達抗議。她告訴他們：“國王的心就像河流一樣，都在天主的掌控之下。天主按照自己的意志，改變國王的心意。”【50】從此，伊莎貝拉的猶太人臣民知道，局面已經不可挽回了。
卡斯蒂利亞與穆斯林簽訂的條約的一個條款就預示了伊莎貝拉新的、更嚴苛的立場。這個條款說，被卡斯蒂利亞征服的地區的猶太人必須在三年內皈依基督教，否則必須遷往北非。但在結束漫長戰爭的激動中，人們忘記了這個條款。
所以伊莎貝拉的命令公佈之後，大多數猶太人都感到震驚，甚至不知所措。此前，伊莎貝拉女王和斐迪南國王並沒有以任何方式表達自己對猶太人不滿。他們對猶太人一直表達尊敬和友誼。有人相信斐迪南有猶太血統。以撒·阿布拉瓦內爾的大部分成年時光裡，都是伊莎貝拉及其家族的備受信賴的謀士和財政顧問。他後來說，他得知伊莎貝拉的命令時，簡直不敢相信自己的耳朵。他回憶道：“王室的命令頒佈時，我正在宮裡。我哀求國王，求他發慈悲，一直求到我自己累垮。我三次跪著懇求國王：‘哦，國王陛下，看著我們，不要這樣殘酷地對待我們。為什麼要這樣對待您的僕人？只要允許我們留在陛下的國度，我們甘願獻出金銀，獻出我們擁有的一切。’”
不足為奇的是，猶太人提議的高額賄賂讓斐迪南興趣盎然，他顯然猶豫了，在考慮此事。但他的懺悔神父托馬斯·德·托爾克馬達跳了起來，惱怒地比劃著，指責斐迪南為了三十枚銀錢，就要背叛自己的信仰。猶大將自己的朋友耶穌出賣給羅馬人（目的是處死耶穌），得到的賞金就是三十枚銀錢。斐迪南決定堅持原先的決定。隨後阿布拉瓦內爾懇求自己的朋友們採取措施，阻礙這道王室法令的實施，
但正如蝰蛇用灰塵堵住耳朵，不聽耍蛇人的聲音，國王也狠下心來，不理睬猶太人的苦苦哀求，而是宣佈，就是把猶太人的全部財富都給他，他也不會撤銷這道法令。坐在他右手邊的女王也反對撤銷法令，敦促他將已經開始的工作繼續下去。為了求國王撤銷法令，我們想盡了辦法，耗盡了力氣。但任何智慧都無益，任何人都幫不了我們。這邪惡的法令宣佈的地方，或者它的訊息傳播到的地方，我們的民族嚎啕大哭，為自己的絕境哀哭；因為自從猶太民族被逐出聖地家園以來，還不曾有過這樣的放逐。【51】
有些猶太人，如伊莎貝拉童年的盟友拉比亞伯拉罕·塞尼奧爾，不情願地同意改宗。他在瓜達盧佩修道院接受了洗禮，女王就站在他身旁。“成千上萬人”也帶著悔恨接受了洗禮。【52】
其他的猶太人選擇了背井離鄉，他們知道路上的風險極大，他們的一些家人會喪生。堂以撒·阿布拉瓦內爾告誡和鼓勵猶太人堅守猶太教信仰，即便失去自己的生命和財產。對他來說，信仰是至關重要的。他和家人逃到了那不勒斯，後來又去了威尼斯。其他的猶太人則逃往葡萄牙、奧斯曼帝國、北非或歐洲其他地區。
據編年史家記載，猶太人逃離西班牙，是一幅悽慘的景象。卡斯蒂利亞編年史家安德烈斯·貝納爾德斯寫道：“在王室法令規定的期限內，猶太人廉價出售和處理了自己的財產，所得甚微；他們到處哀求基督徒買下他們的財產，卻找不到買家。豪門大宅被以微不足道的價錢出售；用一頭驢就能換來一座房子。一小塊布或亞麻就能換得一座葡萄園。”
