太平天國運動時期到底死了多少人，這個問題在史學界一直眾說紛紜、未有確數。中國現當代人口史學者根據太平天國前後《戶部清冊》所載的戶口數，認為從1851年到1864年中國人口銳減40％，絕對損失數量達1。6億；有的學者則將戰前的人口資料與1911年宣統人口普查資料進行對比研究，認為太平天國戰爭給江蘇、安徽、江西、浙江、湖北五省直接造成的過量死亡人口至少達5400萬，如果再考慮到太平天國戰爭的其他戰場湖南、廣西、福建、四川等省的人口損失，那麼太平天國戰爭給中國帶來的人口損失至少在1億以上，直接造成的過量死亡人口達7000萬。
洪秀全領導的太平天國起義，義軍在起義後的6年中，不過犧牲4000餘人。然而1856年的內訌開始，死亡人數持續增加。僅從太平軍內部而言，洪秀全利用韋昌輝殺害楊秀清及親信6000餘人，又在天京大開殺戒，兩個月總共殺了文武官員2萬人。後來又利用石達開來天京靖難，凌遲處死韋昌輝，將其屍體寸磔，割成許多塊，每塊皆二寸，掛在各處醒目的柵欄處，標上“北奸肉，只准看不準取”的字樣，真是慘厲之至。“洪楊之變”最終導致了十幾萬人被殺。
同治三年（1864年），曾國藩率湘軍攻入“天京”後，殺害數十萬人。整個天京城所餘3萬多名太平天國將士，無一投降，全部戰死或者自殺。太平天國強盛時，南京最多時有100萬人口，到光緒登基時，十幾年的時間，南京只剩下不到50萬人口。
據《晚清七十年》中記載：蘇南地區，往往二三十里，不見居民，有的地方人口僅存五分之一。浙江省，一片劫灰，道殣相望，昔日溫飽之家，大半成為餓殍。安徽省，皖南“野無耕種，村無炊煙，市人肉以相食”；皖北“但有黃篙白骨，並無居民市鎮，竟日不見一人”。江西省，數百里“不聞雞犬聲，惟見餓民僵斃於道”。1883年，一個美國傳教士稱：太平天國戰爭造成中國人口的損失為5000萬。而當時的美國駐華公使柔克義則估計太平天國戰爭導致的人口死亡數為2000萬。這是當時在中國的外國人所作的估算，沒有多少事實依據。
太平天國帶來了中華民族歷史上的一次災難。僅蘇、浙、皖、贛、閩五省，人口過量死亡就多達7000萬。中國當時最富庶的地區，經濟受到極慘重的打擊。太平軍所到之處，文化受到無法彌補的破壞。太平天國爆發（1851年）前夕，中國人口為4。3億。太平天國失敗（1863年）後，中國人口只剩下2。3億。一場農民戰爭使中國損失了2億人，這是相當駭人的。
