科研小技巧(3)之順勢元件結合哪些轉錄因子?一個網站搞定

只有套路,不走彎路!大家好,我是小白[機智]

上一期說到了視覺化GEO/ENCODE資料庫資料的網站,這個網站不僅僅可以透過UCSC瀏覽器或者WashU瀏覽器視覺化資料,還可以用這個網站來尋找轉錄因子。

相信做順式元件的小夥伴肯定遇到這樣的問題,想看這段DNA區域結合哪些轉錄因子?

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這個網站就可以解決這個問題!而且所有結合的轉錄因子都是經過實驗驗證的!

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一:哪些轉錄因子調控你感興趣的基因?

1。 輸入你感興趣的基因,並選擇種屬(human or mouse),選擇你想看轉錄因子的結合還是看染色質的可及性,以及選擇到轉錄起始位點的調控區間。

這裡以人源 SETD2為例,選擇離轉錄起始位點10KB區域中,可能調控SETD2的轉錄因子有哪些?

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2。 選擇一個SETD2的轉錄本,這裡以第一個轉錄本為例。

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3。 可以看到,在視網膜(Retina)中,BRD4最有可能調控SETD2。還可以發現在不同組織中,調控SETD2的轉錄因子各不相同!

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4。 換一種瀏覽方式,可以發現,我們可以選擇特定的轉錄因子,以及不同組織中,尋找調控SETD2的轉錄因子。

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二:哪些轉錄因子調控你感興趣的DNA區域?

1。 這裡以chr3:47,016,436-47,164,113這段DNA區域為例,尋找這段DNA區域中結合哪些轉錄因子。

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2。 可以發現,在骨髓(

Bone Marrow

)中,NFE2結合在此區域,還可以發現在不同組織中,結合在此區域的轉錄因子各不相同。

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3。 換一種瀏覽方式更加清楚直觀。

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這個網站可以給我們接下來的實驗一些參考,可以在前人的基礎上做一些選擇,從而更好地指導我們自己的實驗!

由於網站限制,無法上傳連結,有需要網址的請私信“網址”!

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