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Retraction
2020年2月14日，賓夕法尼亞大學Sandipan Ray等人在
Science
線上發表題為“
Circadian rhythms in the absence of the clock gene Bmal1
”的研究論文，該研究確定Bmal1功能對於面板成纖維細胞和肝切片中的日常分子振盪是必要的。
但是，
很快該文章被質疑圖片重複使用以及結果無法重複，可能會嚴重影響文章的結論。2021年1月29日，Sandipan Ray等人在Science發表更正的文章，更正的資料達到了數十個。
2021年4月16日，Katharine C。 Abruzzi等人在
Science
發表評論文章，
重新分析了這些資料，發現該基因型中可再現的mRNA振盪少得多。 我們還注意到錯誤和可能不適當的分析。
2021年4月16日，Sandipan Ray等人在
Science
回覆了Katharine C。 Abruzzi等人的質疑，指出：Abruzzi等人認為，在缺乏Bmal1的情況下在我們的研究中發現的轉錄組振盪幅度低，統計學意義和一致性低。 但是，
他們的結論完全依賴於與我們使用的統計算法是不同的。
我們提供的統計指標和其他分析表明我們的原始分析和觀察結果是準確的。此外，我們突出顯示Bmal1獨立24小時分子振盪的獨立證據。
2021年4月16日，Elan Ness-Cohn等人在
Science
發表評論文章，指出：我們重新分析了相關資料。
我們無法重現原始發現，也無法確定可靠的週期基因。我們得出的結論是，在沒有Bmal1的情況下，沒有足夠的證據支援晝夜節律的轉錄節奏。
2021年4月16日，Sandipan Ray等人在
Sc
ience
回覆Elan Ness-Cohn等人的質疑，指出：幾項獨立的證據表明，在缺乏Bmal1或其他時鐘敲除模型的情況下，分子和代謝振盪，支援了我們的觀察結果。
為了確定在Bmal1 – / –細胞中觀察到的轉錄組水平的振盪是“噪聲”而不是真正的晝夜節律，
作者可以在他們認為完全沒有外部線索的環境中進行相同的實驗，以驗證實驗結果。
晝夜節律時鐘（約24小時）在調節日常生理中起著基本作用。轉錄因子BMAL1是哺乳動物中分子鐘的主要驅動器。Bmal1刪除取消了24小時活動模式，這是時鐘輸出的一種度量。
2020年2月14日，賓夕法尼亞大學Sandipan Ray等人在
Science
線上發表題為“
Circadian rhythms in the absence of the clock gene Bmal1
”的研究論文，該研究確定Bmal1功能對於面板成纖維細胞和肝切片中的日常分子振盪是否必要。出乎意料的是，在Bmal1基因敲除小鼠中，在沒有任何外源性驅動因素（例如日常光照或溫度迴圈）的情況下，這兩個組織在2至3天內都表現出轉錄組，蛋白質組和磷酸化蛋白質組的24小時振盪。該研究建議這樣的振盪可能是由ETS家族轉錄因子募集的轉錄調控所支撐的。
但是，
很快該文章被質疑圖片重複使用以及結果無法重複，可能會嚴重影響文章的結論。
2021年1月29日，Sandipan Ray等人在
Science
發表更正的文章，
更正的資料達到了數十個
。其中指出：
作者在原始手稿中發現了一個錯誤。在分析過程中，一個數據集（肝臟切片時間程序）中的基因型（Bmal1 + / +和Bmal1-/-）被無意間顛倒了。這會影響圖2和3中的某些面板。報告的第一和第三部分以及相關的補充數字和表格。
沒有其他資料集或分析受到影響。這些更正不會改變本文的結論。
正文中的以下專案已得到糾正：
圖1（B，C，D）：修正了維恩圖和熱圖（交換了Bmal1 + / +和Bmal1-/-面板）
圖3（A，B，C，D）：包括Bmal1 + / +和Bmal1-/-的序列基序分析，以及ETS轉錄因子的相分佈和節律性表達譜。
正文中的句子已被刪除或修改，以適當地糾正這種基因型倒置。
與倒置肝臟切片資料集相關的補充數字和表格也已得到糾正：
表S1，S2和S3：交換資料以反映正確的基因型。
圖 S1，S2和S3：交換肝臟切片轉錄組學面板以反映正確的基因型。
圖S6：在Bmal1 + / +和Bmal1-/-組織中鑑定的節律性ETS轉錄因子被交換以反映正確的基因型。描述了在Bmal1 + / +和Bmal1-/-中鑑定的節律性ETS轉錄因子的siRNA耗竭分析。
圖S9D：已使用更正的肝轉錄組學資料更新了圖。
作者還糾正了Gene Expression Omnibus（GEO）（登入號GSE111696）中單個數據集中的錯誤。作者非常感謝Kate Abruzzi及其同事關於此錯誤的早期溝通，他們獨立發現了這一錯誤。
2021年4月16日，Katharine C。 Abruzzi等人在
Science
發表評論文章，指出Sandipan Ray聲稱Bmal1 – / –肝切片和面板成纖維細胞中存在溫度補償的，自由執行的mRNA振盪。Katharine C。 Abruzzi等人
重新分析了這些資料，發現該基因型中可再現的mRNA振盪少得多。我們還注意到錯誤和可能不適當的分析。
大多數Bmal1-/-MSF有節奏的轉錄本幅度低，重要性低，並且在整個資料集中的一致性極低。
還值得注意的是，即使在重新分配基因型後，野生型肝切片資料中也沒有核心時鐘轉錄物振盪，而其中一些在Bmal1-/-中表現出週期性但非典型的階段性模式。 因此，
該分析與Bmal1獨立和細胞自治振盪器的主張背道而馳。
2021年4月16日，Sandipan Ray等人在
Science
回覆了Katharine C。 Abruzzi等人的質疑，指出：
Abruzzi等人認為，在缺乏Bmal1的情況下在我們的研究中發現的轉錄組振盪幅度低，統計學意義和一致性低。但是，
他們的結論完全依賴於與我們使用的統計算法是不同的。
我們提供的統計指標和其他分析表明我們的原始分析和觀察結果是準確的。此外，我們突出顯示Bmal1獨立24小時分子振盪的獨立證據。
2021年4月16日，Elan Ness-Cohn等人在
Science
發表評論文章，指出：
Sandipan Ray等人報告了缺少核心時鐘成分BMAL1的小鼠組織中明顯的轉錄晝夜節律。為了更好地理解這些令人驚訝的結果，我們重新分析了相關資料。
我們無法重現原始發現，也無法確定可靠的週期基因。我們得出的結論是，在沒有Bmal1的情況下，沒有足夠的證據支援晝夜節律的轉錄節奏。
2021年4月16日，Sandipan Ray等人在
Sc
ience
回覆Elan Ness-Cohn等人的質疑，指出：
Elan Ness-Cohn等人聲稱缺乏足夠的證據支援了我們在小鼠面板成纖維細胞中缺乏核心時鐘基因Bmal1的轉錄晝夜節律的觀察結果。他們聲稱，他們無法透過重新分析來複制某些原始發現。
我們不同意他們的分析和觀點。
幾項獨立的證據表明，在缺乏Bmal1或其他時鐘敲除模型的情況下，分子和代謝振盪，支援了我們的觀察結果。
為了確定在Bmal1 – / –細胞中觀察到的轉錄組水平的振盪是“噪聲”而不是真正的晝夜節律，作者可以在他們認為完全沒有外部線索的環境中進行相同的實驗，以驗證實驗結果。
參考訊息：
https：//science。sciencemag。org/content/367/6479/800。long
https：//science。sciencemag。org/content/371/6528/eabg5409
https：//science。sciencemag。org/content/372/6539/eabf0922
https：//pubpeer。com/publications/B8A5981339F9657F1864EC35AA1BEE#8
https：//science。sciencemag。org/content/372/6539/eabf1941
https：//science。sciencemag。org/content/372/6539/eabe9230
https：//science。sciencemag。org/content/372/6539/eabf1930
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