元天上帝黑令旗原稱玄武旗，俗稱黑令旗。
民間傳聞有一相傳元天上帝一心向佛求道，進入武當山修道之時，途中經過溪邊，看見一位單身無助的婦人正在痛苦生產，婦人請求元天上帝替她清洗一塊生產使用的妊產布塊。元天上帝心想既然已經立志修道，決不能再沾血汙之物。但眼見婦人孤苦無援又不忍拒絕，惻隱之心人皆有之；元天上帝就以竹竿挑起妊產布塊，放入河中來回漂洗。最後，元天上帝將妊產布塊清洗乾淨，從河中挑出舉起之時，神奇的是，妊產布塊竟然變成了一面黑色令旗！原來這位婦人乃是觀世音菩薩所化，特來試探元天上帝的為人善根及修道決心。
據《道藏》《元洞玉曆》記載，黑令旗就是由元始天尊專賜元天上帝下凡收伏六大魔王的黑旗令。
據《神武今鑑》《御賜匾額碑》記載，咸豐十一年間，陸豐碣石鎮總兵官李揚升率領舟師前往廣西梧州進剿逆匪，李總兵與逆匪大戰之時，得到元天上帝顯靈相助，突然狂風四起，天上黑旗紛紛排空而下。
眾賊逆匪眼見神明顯靈，神威顯赫，心慌意亂，心寒而潰敗於林總兵舟師。如此神威，李總兵更上諭皇帝感激神恩，為元天上帝頒發匾額，加榮封號。
同治年間，為表神恩浩蕩穆宗皇帝親賜
“
威宣嶺表
”
匾額高掛玄武山元山寺殿堂，從此元天上帝黑令旗聲名遠播。
元天上帝原稱玄武上帝，據（古書說文解字）對玄的註解為：黑而有赤色者為玄。據傳，當初元天上帝下凡除妖之時，三清特賜其披髮跣足，金甲玄袍，左右龜蛇，手執黑令之形態。
《元洞玉曆》謂稱：黑令一出，調兵遣將，降妖除魔，威力無窮，法力無邊。元天上帝執用黑令之時，能夠敕令赤黑二道靈光，同時遣調龜將 — 地軸太玄水精，育陽將軍，黑靈尊神；蛇將 — 天闕太玄火精，命陰將軍，赤靈尊神。
五營神兵與五營令旗，五營乃是受過歷代帝王敇封的正神天將；分為東，西，南，北，中營。每一營都有各自所屬不同兵馬，不同顏色的令旗，分別為東方青龍，東營青旗，號稱九夷軍；西方白虎，西營白旗，號稱六戎軍；南方朱雀，南營紅旗，號稱八蠻軍；北方玄武，北營黑旗，號稱五狄軍；中方麒麟（黃帝），中營黃旗，號稱三秦軍。
而五營中的，北營玄武黑旗共有天兵神將兵馬五萬五千五百五十五，北營玄武黑令旗，更是五營當中最為特殊象徵著降妖除魔，永保平安，福澤人間的黑旗令。
元天上帝手握北斗七星劍，執黑旗，左右龜蛇二將，象徵著天界人間正義之神，除妖魔，降鬼怪，護國安邦，恩澤全民，造福人間。
玄武上帝自宋朝，明朝及清朝因為避諱帝稱，從此聖駕尊稱為
“
元天上帝
”
如今的玄武黑令旗已是眾多善信出門在外及高掛家門的鎮邪，平安及正義之旗。
源於汕尾市玄武山旅遊區
