磁化只是單純的物理過程，不是軟化過程。一般認為水系統進行磁處理主要是加快了溶液內部的 結晶作用，從而使鹽類在受熱面上的直接結晶和堅硬沉積大大減少，起到防垢的作用。研究表明，磁場的 阻垢效果同磁場強度、溶液 過飽和度、流速及溶液中各種離子等均有密切的關係。另外，還有一種說法認為磁處理改變了水本身的結構，從而改變了一些性狀。從這兩方面同時考慮，主要有以下的幾個假設和推斷。
⑴ 洛侖茲力作用：水與磁流的相互移動，能夠產生感應電流，在洛侖茲力的作用下，弱極性的水分子和其他雜質的帶電離子作反向運動。該過程中，正負離子或顆粒相互碰撞形成一定數量的“離子締合體”，這種締合體具有足夠的穩定性，在水中形成了大量的結晶核心，以這些晶體為核心的 懸浮顆粒可以穩定的存在於水中。
⑵極化作用：磁場的極化作用使鹽類的結晶成分發生了變化。微粒子極性增強，凝聚力減弱，使水中原有的較長的 締合分子鏈被截斷為較短的締合分子鏈和帶電離子的變形，破壞了離子間的 靜電吸引力，改變了結晶條件。形成分散的穩定小晶體。
⑶磁滯效應：磁場引起水中鹽類分子或離子的磁性力偶的磁滯效應，因而改變了鹽類在水中的溶解性，同時使鹽類分子相互間的親和性（結晶性）消失，防止大晶體的結晶。
⑷磁力矩重新取向：在一定基團反應中，磁場影響在基團中成對的磁力矩重新取向，透過這樣的中間機理而影響其他化學反應。 反應動力學發生了變化，反應結果中新得到的產品間的比例關係也發生了變化。
⑸氫鍵變形：磁場對水的偶極分子發生定向極化作用後，電子雲會發生改變，造成氫鍵的彎曲和區域性短裂，使單個水分子的數量增多。這些水分子佔據了溶液的各個空隙，能抑制晶體形成。並使水的整體效能發生變化。
⑹活化能改變：磁場的的影響與系統的轉化有聯絡。雖然水在磁化時獲得的能量很少，但在系統中開始和終結之間存在一個“ 能障”為克服這種能障必須向系統輸送相應的能量以觸發活化能。磁場短時間的作用起著“催化”水系活化能改變的作用，最終導致整個系統性質的變化。
磁化處理對水體生物效應的影響
⒈磁化處理對藻類初級生產能力的影響及機理。
實驗表明，經過磁化的水體中藻類的生產能力明顯高於沒有處理的水體中的藻類。
藻類屬於光合自養型微生物，磁化處理引起其光合作用的生物效應，可以從以下幾個方面進行解釋。第一，光合 自養微生物在 無機環境中吸收無機鹽，利用光能同化CO2和H2O合成自身物質。而水體磁化可以使BOD，COD降低，使部分有機物礦化，礦化程度高，有利於藻類的生長。第二，磁化處理導致水體的光學性質發生變化，經過磁化處理的水比未處理的水對光的吸收率高30%，水體透光性的改善，保證了光合 自養生物的能源。這是磁化處理引起藻類迅速生長的原因之一。第三，磁化水的硬度、pH值、電導率都明顯的高於非磁化水，無機鹽在磁化水中可以較好的溶解，這有利於藻類對 營養鹽類的吸收。第四，磁化處理後的汙水，能引起生物膜滲透性的增加，從而改善了藻類對營養物質的吸收，促進藻類的生長和生產能力的增加。
⒉磁化處理對水中異養細菌總數的影響
異養型細菌是以有機物作為能源和碳源的一大類微生物，它的總數隨水中有機物濃度的升高而升高，所以水中異養菌總數可間接反映水中有機物的汙染的程度及水的淨化程度。汙水經過不同強度磁場的處理後，水中的細菌總數均明顯下降。其原因機理還沒有完全清楚，初步認為：第一，在磁場的直接作用下，引起水體BOD，COD的降低，使 異養生物的能源和C素營養物質減少，導致水體異養菌的死亡速度大於增殖速度，於是出現負增長現象。第二， 磁場力直接作用於細菌細胞內的水和酶，使 酶鈍化或失活。所以汙水磁化處理以後，不僅直接改善其耗養特性的作用，而且磁化後的水體具有新的生物特性。
