西吉縣是一個歷史悠久、文化積澱深厚、歷史文脈深遠，又有著光榮革命傳統的文化大縣。
從原始社會我們的祖先就在這片土地上繁衍生息，曾創造了人類文明。典型的“齊家文化”和“馬家窯文化”的先民就聚居在這裡。
西吉縣還有“三灕水”新石器遺址。戰國秦長城、好水川之戰、萬城之戰，漢墓群、古城堡、石窟藝術等眾多著名的歷史遺蹟和文物遺存，先後有獫狁、西戎、義渠、鮮嫩、鮮卑、羌、回紇、党項、女真、蒙古、回、滿、漢等幾十個民族在這裡生活。
新石器時期便為中華古文明發祥地的雍州屬地。
夏商時為“雍州之城”。
秦屬北地郡，漢武帝分北地郡置安定郡，現西吉縣地域屬安定郡。
三國時今縣境南部屬曹魏雍州安定郡，西北部被羌胡佔領。
兩晉時仍屬安定郡。隋時先屬原州，後屬平涼郡。唐屬原州。
北宋時屬秦鳳路，天禧元年（1017年）在今將臺鄉火家集置羊牧隆城，慶曆三年（1043年）改為隆德寨。
金時升隆德寨為隆德縣，今縣境東、南及西南部屬其管轄，縣屬德順州。今縣境西北部屬西夏的西安州。
元代至元年間，隆德縣遷治於今隆德縣城，今縣境西南部屬其管轄，隸陝西行中書省靜寧州，今縣境東北部屬開城府。
明時屬陝西布政使司關西道平涼府固原州隆德縣管轄。縣境沐家營一帶為朱元璋養子黔寧王沐英牧地，新營、舊營一帶為朱元璋十四子朱模牧地。
清初屬陝西，後歸甘肅省，屬固原、海原、隆德三縣轄地。同治十三年（1874年），在硝河城置州判，屬固原直隸州。
民國初年隸甘肅省涇源道。
1942年10月10日，建制立西吉縣。
新中國成立後，屬甘肅省定西專區。
1950年5月改屬平涼專區。
1953年9月，甘肅省西海固回族自治區成立，西吉屬其管轄。
1955年西海固回族自治區改置為固原回族自治州。
1958年寧夏回族自治區成立，西吉縣歸屬寧夏回族自治區固原專區。
1970年固原專區改為固原地區。
