長幼之爭
約翰五世皇帝共育有5子1女，原定皇太子為長子安德羅尼庫斯（Andronikos），1369年約翰五世在次子曼努埃爾（Manuel}陪同下前往西歐諸國求援，結果尷尬地因債務問題被扣押在威尼斯共和國。這期間，在君士坦丁擔任攝政的長子安德羅尼庫斯對此幾乎視而不見，事後約翰五世大為反感。而次子曼努埃爾為了幫助父親脫困一直在做著不懈的努力，這使得原本就寵愛次子的皇帝遂有了廢長立幼之心，極為不安的皇太子安德羅尼庫斯兩度策劃反叛之事但都沒有成功。
安德羅尼卡之亂
1373年，約翰五世長子安德羅尼卡和奧斯曼王子薩烏德茲聯合起來背叛了雙方的父親。奧斯曼蘇丹穆拉德迅速平定了叛亂，並挖去兒子薩烏德茲的眼睛，隨後要求約翰武世也這麼做，但約翰五世選擇手下留情，給安德羅尼庫斯留下了一隻眼睛。
1376年，熱那亞共和國與威尼斯共和國在爭奪拜占庭帝國的商業利益過程中爆發了劇烈衝突，熱那亞人覺得約翰五世皇帝偏袒威尼斯人而大為不滿。於是將安德羅尼庫斯從監獄中救出，隨後出兵協助安德羅尼庫斯推翻約翰五世的統治，加冕稱安德羅尼卡四世（1376—1379年在位），稱安德羅尼卡四世的兒子約翰同時成為共治皇帝。老約翰五世和他的繼承者曼努埃爾被關入監獄。
1379年，約翰五世越獄成功，在素有交情的奧斯曼土耳其人的幫助下反攻君士坦丁堡恢復了皇位。但蘇丹將“帝國”分為幾個獨立的城市，由約翰五世和他的兒子們分別統治，這使得拜占庭人的力量更加虛弱。約翰五世和安德羅尼卡四世達成了一項協議來維持雙方之間的和平，該協議一直持續到1385年安德羅尼卡四世去世。此後，約翰五世無視孫子約翰的權利，正式將次子曼努埃爾加冕，使曼努埃爾成為帝國的共治皇帝。這使得小約翰大為不滿。
小約翰之亂
終於，小約翰的不滿就在約翰五世統治末期演變成了一場新的叛亂。1390年，小約翰控制了君士坦丁堡，並作為皇帝約翰七世統治了幾個月。來自威尼斯檔案館的新文獻表明，1390年約翰的叛亂很可能是由奧斯曼新蘇丹巴耶齊德組織的。同往常一樣，威尼斯元老院經由她的商人而對君士坦丁堡的局勢瞭然於胸，顯然可以斷定，當時巴耶齊德很可能控制著拜占庭的皇位。無論如何，1390年在威尼斯給那些將要去君士坦丁堡的特使的指示中，告誡他們：“如果在君士坦丁堡發現穆拉德的兒子［巴耶齊德］，你必須設法從他那兒獲得對威尼斯船隻實行扣押的解除令。
但隨後流亡的曼努埃爾二世於7月再度起兵為自己和父親奪回了王位，但代價是他們要對奧斯曼蘇丹唯馬首是瞻。甚至皇帝約翰五世和曼努埃爾二世被迫率軍作為僕從軍隨奧斯曼蘇丹一起攻打其他的拜占庭人勢力。
1391年初，飽經滄桑的約翰五世終於撒手人寰，結束了其動盪而悲哀的長期統治，但帝國的災厄不會就此解除，反而愈演愈烈。
