在整個清朝的歷史來說，八旗的旗主都是愛新覺羅家族的人掌握，總的來說就是努爾哈赤和他的弟弟舒爾哈齊的後人掌握。
八旗完整之前
一開始的時候，並沒有八旗，只有一個旗，是努爾哈赤起兵的時候，那個時候也只有旗主和佐領兩級。一開始的時候努爾哈赤建立了一旗的部隊，旗幟的顏色如今已經不得而知了，很可能是黑色。後來他陸續征服了一些部落，隊伍也隨之壯大了起來，組成了新的一旗，當時旗幟什麼顏色也不清楚，很可能是紅色。
最早的八旗就這樣形成了，一開始只有兩個旗主，努爾哈赤和他的弟弟舒爾哈齊，所以當時兩人也被稱為“二酋”。
最早的兩旗，後邊便成了努爾哈赤的黃旗和舒爾哈齊的藍旗。
到了1601年的時候，努爾哈赤征服了海西女真四部之一的哈達部，哈達部人口眾多，努爾哈赤便將其編為了一旗，由自己的長子褚英統領，而哈達部的旗幟是白色，正白旗便是由此而來的。
後來努爾哈赤為了擴張自己的勢力，把二兒子代善安排到了正藍旗，成為了正藍旗的小旗主，這樣一來，他便能節制舒爾哈齊的正藍旗了。
之後在1609年的時候，也就是萬曆三十七年，正藍旗主舒爾哈齊被努爾哈赤幽禁了起來，原先正藍旗中為舒爾哈齊統領的部隊，一部分劃給了舒爾哈齊的兒子阿敏，一部分劃給了代善，這樣代善就帶著自己原先在正藍旗的人馬，加上劃給他的正藍旗人馬組成了正紅旗。
這個時候四旗旗主分別如下：正黃旗：努爾哈赤；正白旗：褚英；正紅旗：代善；正藍旗：阿敏。
到了1611年的時候，褚英被努爾哈赤幽禁，正白旗便劃給了皇太極，褚英的兒子杜度繼承了部分正白旗人馬，成為了正白旗的小旗主。
到了1615年的時候，努爾哈赤將四旗擴充為八旗，分別為正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗。
兩黃旗由努爾哈赤親自統領，代善及其兒子們統領兩紅旗。正白旗不變由皇太極統領，鑲白旗由杜度統領，同時由阿巴泰擔任小旗主。正藍旗旗主阿敏成為了鑲藍旗旗主，正藍旗由努爾哈赤五子莽古爾泰統領，此外努爾哈赤的另一個兒子德格類擔任正藍旗小旗主。
努爾哈赤晚期
到了努爾哈赤晚期的時候，按照女真人“長子繼承皇位，幼子繼承財產”的傳統，把自己兩旗分給了三個幼子：阿濟格、多爾袞和多鐸，他們都是努爾哈赤的大妃阿巴亥所生。當時一旗有30個佐領，兩黃旗便有60個佐領，努爾哈赤分別給了三個幼子15個佐領，自己親自統領了15個佐領。他規定在他死後，他統領的15個佐領交給阿濟格，即阿濟格為正黃旗旗主，多爾袞被他調到了鑲白旗擔任旗主，而鑲白旗的杜度調到了鑲紅旗擔任旗主。
只是這次分封沒有完成，努爾哈赤便在寧遠之戰後不久病死了，皇太極瞅準機會讓兒子豪格奪取了鑲白旗，如此皇太極父子便掌握了兩白旗。
皇太極時期
皇太極繼位後，便對八旗進行了三次大的調整，主要是把兩白旗旗主與兩黃旗旗主對調。在此說明一下，兩黃旗通常是由大汗（皇帝親自統領的），在努爾哈赤晚期，鑲黃旗成為了努爾哈赤唯一統領的部隊，以你次鑲黃旗是八旗的頭旗。
第二個調整是藉著阿敏戰敗，將阿敏的鑲藍旗劃給了堂弟濟爾哈朗。第三個調整是在天聰九年，發生了莽古爾泰和德格類謀反事件，此事件后皇太極吞併了正藍旗，將其封給了兒子豪格。
經過這三次調整，八旗的情況如下：
兩黃旗：皇太極；
正藍旗：豪格、阿巴泰（小旗主）；
鑲藍旗：濟爾哈朗。以上四旗為皇太極的嫡系人馬。
正紅旗：代善；鑲紅旗：嶽託、碩託（小旗主）
兩紅旗為代善的勢力。
正白旗：多鐸；
鑲白旗：阿濟格、多爾袞。
兩白旗屬於一個獨立的勢力，三個旗主都同出一母。
多爾袞時期
皇太極死後，多爾袞成為了攝政王，執掌了大權。多爾袞執掌大權後，便開始打壓對手擴張自己的勢力，前後進行了兩次調整。
多爾袞現實仗著自己的權勢，把親弟弟多鐸在正白旗的15個佐領搶了過來，成為了鑲白旗旗主，然後與多鐸對調，成為了正白旗的旗主。
在立順治為皇帝后，他便致力於打擊豪格，在順治五年的時候將豪格下了獄，搶走了豪格的正藍旗（還有豪格的小老婆也搶走了）。順治六年，鑲白旗旗主多鐸病逝，他便把鑲白旗也搶了過來，成為了兩白旗旗主。
而兩紅旗來說，代善在此期間病死，他的兒子嶽託和碩託也先後死去，正紅旗由代善的另一個兒子滿達海繼任，鑲紅旗由嶽託孫子羅科鐸繼任。
經過多爾袞時期的變動，八旗情況如下：
兩黃旗：順治帝；
兩白旗：多爾袞；
正紅旗：滿達海、勒克德渾（小旗主）
鑲紅旗：羅科鐸、尼堪、碩塞（小旗主）；
正藍旗：多尼、阿濟格等（小旗主）；
鑲藍旗：濟爾哈朗。
八旗的最後確定
多爾袞死後，順治帝對多爾袞進行秋後算賬，對人員進行了一次大清洗。
首先是沒收了多爾袞的兩白旗，正白旗被順治帝收走，與其掌控的兩黃旗變成了“上三旗”；二是將鑲白旗交給了豪格的兒子富綬；三是對多爾袞的哥哥阿濟格下了死手，剝奪了他的一切權力，其下屬的佐領劃入了正白、鑲白、正藍三旗。
此後八旗的分屬就明確了起來，上三旗由皇帝親自統領；
鑲白旗由豪格的後裔統領；正紅旗由代善的後裔統領；鑲紅旗由嶽託、碩塞、褚英的後裔統領；正藍旗由阿巴泰、多鐸後裔統領；鑲藍旗由濟爾哈朗後裔統領。
康熙繼位後，逐步削弱了諸王對下五旗的掌控，讓都統掌控各旗。而都統是皇帝委派的官員，沒有世襲的權力，原本由各旗主掌控的下五旗，便被皇帝奪去了。
之後，康熙又陸續派自己的兒子去下五旗擔任小旗主，進一步分化了諸王對下五旗的掌控。到了乾隆時代，旗主實際上已經名存實亡了，到了道光時期，也就沒了所謂的旗主了。
最後總結一下，回答這個題目的問題，擔當旗主的，只能是努爾哈赤和舒爾哈齊的 後裔，愛新覺羅家族的人。
