解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2429天
研究中藥，此寶庫足矣！
酸菜曰“中藥乃醫學生做基礎科研之寶庫也”。我們公號文章裡也提到中藥網路藥理學的兩個主要思路：
1。基於網路藥理學的某中藥/方劑治療某疾病/改善某表型的分子機制研究；
2。 某中藥/方劑透過某某基因調節某某通路治療某某疾病/表型的研究。
中藥成分非常複雜，研究起來確實不容易，對以往的研究結果缺乏系統性的組織和挖掘。《這個包含中藥的腫瘤免疫資料庫太值得挖掘了》曾給大家介紹過TCMIO資料庫。
趙屹教授課題組在1037個評估草藥/成分的高通量實驗中重新分析6164個基因的表達譜，並透過將藥物轉錄學資料集對映到CMap上，生成了中草藥/成分與2837種現代藥物之間的聯絡。
此外，他們還從最近發表的1966篇文獻中為473種中草藥/成分手動挑選了1241個基因靶點和494種現代疾病，並將這些新資訊與包含這些藥物資料的資料庫進行交叉註釋。
再結合資料庫挖掘和統計推理，將12933個靶點和28212個疾病與7263種中草藥和49258種成分聯絡起來，並提供了它們之間的6種配對關係。
所以不管是大家想做中草藥的網路藥理學還是想做中草藥的實驗研究，不管大家研究的是腫瘤還是非腫瘤，還是給自己研究的中藥找靶點，還是給自己研究的靶點找中藥，這個資料庫就是目前為止最全面的了！
下面本工來給大家介紹這款新鮮出爐的資料庫。
在快捷搜尋欄，我們可以直接搜尋中草藥名（Herb）、成分名（Ingredient）、靶點（Target）和疾病名（Disease）。草藥名支援中文（如靈芝、金銀花、菊花），其他的只支援英文。
1
Browse模組
在Select欄裡，可以選擇Herb/Ingredient/Target/Disease，也在選項裡只留下有高通量實驗證據的草藥。在下圖豎的方框裡就可以看到我們耳熟能詳的中草藥了。
關於當歸的介紹，例如它的功能、可用部分（Use part）等等。
有高通量實驗證據的中草藥則會有下圖這樣的結果展示：
1。Connectivity with CMap perturbagens中間為當歸，周圍4種不同顏色的節點為不同的化合物，分別代表了CMap擾動的資料型別，包括複合（CP）、擾動類（PCL）、基因過度表達（OE）、基因敲除（KD）。
當歸和其對映的基因/化合物之間的線條以兩種顏色顯示，紅色代表正相關，藍色代表與基因表達之間為負相關。網頁預設只顯示連線性得分（connectivity score）大於95的對映結果。
使用者可以自由選擇80到100之間的數字作為cut off，也透過在“Type of perturbagen”裡勾選不同CMap資料型別的子集來展示大家感興趣的資料。
2。Differentially expressed genes這部分的差異基因是根據GEO中的資料得來的，實驗組的小鼠使用了當歸作為變數。火山圖下面有差異表達的基因列表，點選紅色方框裡的Download可以下載差異表達結果。
3。GO enrichment這部分會用差異表達基因進行GO富集，展示的結果也是出版級別的，點選紅色方框裡的Download可以下載GO富集結果。
4。KEGG enrichment這部分會根據差異表達基因進行KEGG通路富集，點選紅色方框裡的Download可以下載KEGG富集結果。
5。“Experiment list”這部分會展示高通量實驗證據的來源和相關資料資訊，如GEO資料的ID，實驗的物種等等。
然後網頁會展示與當歸的相關成分、相關基因靶點和相關疾病。所有結果均可透過點選Download下載。（如下圖所示，HERB也收集了SymMap，TCMID，TCMSP，TCM-ID的資料資訊）
2
Search模組
大家可以透過點選不同的小模組並在搜尋框裡輸入內容來得到自己想要的資料資訊。
3
Experiment模組
在這部分可以透過3個選項卡來篩選過濾不同的GEO資料集。
4
Reference模組
這個模組可以透過三個不同的選項卡來篩選不同的研究，可以迅速查詢中草藥或者成分的相關研究。
5
Download模組
關於這個款新鮮出爐的資料庫就介紹到這裡了。正如HERB在他們的abstract中寫到，HERB將大力支援中藥現代化並指導合理的現代藥物開發工作。
本工也相信這款資料庫可以幫助大家挖掘中藥的機制，發表科研論文。如果你對科研思維還摸不著門道，歡迎大家加入解螺旋的體系課程！
—END—
撰文丨農民工
排版丨萌董董
主編丨尤蘭達
