清朝盛期，康熙大帝對臺灣的策略又改為招撫，從此就開始長達十幾年的議和談判，但始終沒有結果。公元1681年（康熙二十年）清廷乘鄭經病卒、其子鄭克塽年幼初立和臺灣本土出現內訌之際，康熙大帝決定發兵統一臺灣。
康熙二十一年夏，康熙大帝排除朝廷內種種干擾，命降將施琅為福建水師總提督，與福建總督姚啟聖同籌謀取臺灣之策略。兩位受命後，積極整頓軍務，製造戰艦，練兵選將，同時派人偵察敵情，探測航道。
公元1683年（康熙二十二年）六月十四日，施琅率領清軍水師2萬餘人、各種戰艦二百多艘，直逼澎湖。各戰艦的風帆上均書寫主將姓名，有便於指揮聯絡。鄭守軍有了二百多艘戰艦和近兩萬人的軍隊，數量上與清軍旗鼓相當。六月二十二日，清軍強攻澎湖本島，施琅將水師兵分三路，以總兵陳蟒和董義為左右翼，各率戰艦五十艘，分別進攻雞籠嶼和牛心灣，以作牽制；施琅自率戰艦百餘艘為中路直攻娘媽宮（今澎湖本島西北角）。清軍奮勇大戰，擊毀鄭軍戰艦一百九十艘，殲滅鄭軍主力一萬二千餘人，迫使鄭軍四千二百餘人投降。
鄭軍主帥劉國軒見大勢已去，狼狽的只帶剩下戰船二三十艘，殘軍數百人，狼狽逃回臺灣本島。臺灣內部震動，劉國軒力主投降，康熙大帝乘勝降旨招降。七月十五日，臺灣地方當局派人獻上地圖名冊和投降書。
八月十三日，施琅率清軍登陸臺灣島。後清廷納用施琅建策，在臺灣設縣、府、巡道，派軍駐守，加強統治。從此結束了由鄭成功起歷經鄭氏家族三代為期二十餘年的偏安局面。康熙大帝終於實現了臺灣與祖國大陸統一的盛世。
