孔有德兵敗桂林，最終縱火自焚
孔有德佔據廣西后一度風光無限，然而僅過了兩年時間便遭遇滅頂之災。順治九年（1652年）七月，南明大將李定國重創清軍，並率重兵包圍桂林城，孔有德自知大勢已去，便在府中縱火自焚。李定國入城後，鑑於孔有德罪惡滔天，便將其家眷120餘口悉數殺盡，唯獨讓年僅12歲的孔四貞成了“漏網之魚”。
原來在桂林城破之際，孔四貞在乳母的帶領下逃出府邸，假扮成難民隱藏起來，以待將來的“光復”。過了將近一年的時間，孔有德的舊部線國安攻克桂林，孔四貞才得以自明身份，並被線國安派人護送至北京（“定南殉粵西難，女嗣貞，年十二，乳媼攜之遁民間得免。順治十年，將軍線國安收復桂林，嗣貞歸京師。”見《嘯亭雜錄》）。
孝莊太后憐惜孔四貞，便將她收養在宮中
孔四貞到達北京後，因為孤苦無依，加上其父有功於滿清，由此引起孝莊太后的垂憐，便將她收養在宮中，享受郡主的待遇（“孝莊皇后育之宮中，賜白金萬，歲俸視郡主。”見《清史稿·列傳二百六十一》）。在清朝，郡主雖是親王之女的稱號，但考慮到孔四貞是由太后親自撫養的，其身份應等同於和碩公主（皇帝庶女的稱號）。
清朝立國近300年，滿漢之分甚嚴，而孔四貞作為一名漢族女子，卻能享受公主的待遇，實在是“破天荒”的大事件。當然，孝莊太后之所以這樣做，有其深刻用意，那便是想借此籠絡孔有德舊部為清廷所用，並利用孔有德跟吳三桂、尚可喜等人的特殊關係，穩住這些降將。從以上兩點來分析，孔四貞不過是清廷的一枚“棋子”罷了。
孔四貞本可以成為皇妃，但她最終卻選擇了孫延齡
孔四貞年既破瓜（女子16歲），太后便準備著為她擇選夫婿。起初，太后準備把孔四貞送給順治帝為妃（見《東華錄》順治帝的諭旨），但性情剛烈的孔四貞因不想做妾，便以其父在世時曾將她指給部將孫龍之子孫延齡為婚為由，請求太后恩准這門婚事。太后見孔四貞意志堅定，無奈之餘只好同意這門婚事，並在西華門外為他們舉辦婚禮（見《明季稗史初編》），時在順治十三年（1656年）。
不過孔四貞與孫延齡的婚後生活並不幸福，心機似海的孫延齡根本就沒有真正的愛過孔四貞，他之所以跟孔四貞結合，不過是把她當做仕途升遷的“跳板”而已。康熙四年（1665年），清廷派孔四貞、孫延齡鎮守廣西，並統領孔有德的舊部。結果到達廣西沒多久，孫延齡開始排擠孔四貞，意圖獨攬軍政大權，由此導致夫妻間關係的急速惡化。
吳三桂派人擊殺孫延齡，並軟禁孔四貞六年
“三藩之亂”爆發後，吳三桂極力拉攏孫延齡，並得到後者的積極響應。然而孔有德的舊部不願背叛，便紛紛發生譁變，最終還是由孔四貞出來收拾殘局，才總算是穩住了局勢。事後，孫延齡被軟禁，孔四貞執掌軍權。吳三桂聽聞廣西事件的訊息後既恐又怒，遂派侄孫吳世琮攻破桂林，將孫延齡殺死並囚禁孔四貞，時在康熙十五年（1676年）。
孔四貞兵敗被俘後，被送往昆明軟禁，一呆就是六年時間。康熙二十一年（1682年），清軍攻下昆明，三藩之亂徹底平定，孔四貞重獲自由，隨即被護送至北京。此時的孔四貞對清朝已無利用價值，雖然曾經庇護過她的孝莊太后仍然在世，但孑然一身的她無疑已淪落為京城中的“多餘人”，只能在孤寂無聊中度日。
“還珠格格”的原型正是孔四貞
這樣的日子年復一年，孔四貞共熬過了31個年頭，直到康熙五十二年（1713年）才撒手人寰。孔四貞死後葬於何處史冊不載，有種說法稱京西公主墳埋葬的“公主”是孔四貞，不過據專家考證，其真實的墓主乃是嘉慶帝的三女莊敬和碩公主、四女莊靜固倫公主，至於孔四貞葬於何處，就不得而知了。
