戚繼光成就了戚家軍，而張居正成就了戚繼光。張居正去後以後，萬曆皇帝為了樹立自己皇帝的權威，迫不及待的清算這個大權獨攬十年的改革家。不僅被剝奪了一切的死後哀榮，還慘被抄家，他的家人也被流放，連張居正自己也差點被鞭屍。
總之，張居正一死，平時那些被他壓制的牛鬼蛇神都紛紛開始跳出來彈劾他，而戚繼光作為所謂“張黨”一員，自然也不能倖免。先是從北方被調回南方，後來又認為他不再適合當官，進而被罷官，連俸祿都被取消了。搞得最後戚繼光在貧病交加中死去。
戚繼光死後，他帶到北方的戚家軍也很快迎來自己的噩夢。矛盾的根源是因為南北士兵的紀律不同導致的結果，戚家軍多來自江浙地區，在戚繼光的統率下紀律嚴明，戰鬥力強悍，所以當時鎮守薊州鎮的時候，多是以戚家軍承擔防務，此外由於北方軍還是使用較為落後的三眼銃，戚家軍已經裝備了較為先進的鳥銃。所以，為了推廣鳥銃的使用，戚家軍又成為了北方軍的教官，本來都是士兵，由於戚家軍比較受重視，所以讓北方軍對戚家軍充滿一種異樣的憤怒和不滿。
戚繼光
戚繼光被調走後，戚家軍的日子很是難過，首先就是欠餉問題，戚家軍的軍餉常年遭到拖欠。為了討餉，戚家軍多次集合起來要求官員給個說法，這些官員中飽私囊，當然不會把銀子往外吐，還說戚家軍聚眾鬧事，說他們是刺頭。
萬曆二十年（1592年）壬辰倭亂打響，當時的遼東經略是浙江人宋應昌，可能因為是同樣出身江浙地區的原因。又或者是因為這場戰爭給足了軍費，總之宋應昌不僅把之前拖欠的軍餉都給發下去，還額外給了他們相當多的補貼。所以戚家軍在萬曆援朝戰爭中打得十分勇猛，他們也是第一個登上平壤城樓計程車兵。但這時候發生了一件事，就是當時提督薊、遼、冀、川、浙諸軍的統帥李如松曾經下令先登城樓者賞銀五千兩，但後來李如松卻並沒有實現這一承諾。原因似乎就是因為戚家軍是南方軍，後來宋應昌解職回國，戚家軍的軍餉又成了一個問題。
萬曆二十三年（1595年），戚家軍回到駐地石門寨，由於當時朝廷已經拖欠了很久的軍餉，這些士兵都已無力生存。於是戚家軍再次聯合起來向當時的薊州鎮總兵王保討要說法，這位王保把這些士兵假意誘騙到演武場，然後命令其它明軍，也就是所謂的自己人將他們盡數屠殺，《明史》上說的是殺了數百人，“薊三協南營兵，戚繼光所募也，調攻朝鮮，撤還，道石門，鼓譟，挾增月餉。保誘令赴演武場，擊之，殺數百人，以反聞。”《宣祖實錄》卻說殺了三千多人。總之不管殺了多少人，這一年以後，戚家軍就從歷史舞臺上消失了。
戚繼光被罷免，軍隊拖餉以及這支戚家軍被屠殺，可見當時的明朝黨派之爭已經嚴重到什麼程度，政治腐朽到什麼程度。
