TCGA資料庫的挖掘工具層出不窮，從資料下載到資料探勘，這裡小編給大家整理一份官網的資料探勘工具大全：
1。 http：//www。cancerimagingarchive。net/ The Cancer Imaging Archive （TCIA）
TCIA
儲存了TCGA病人的影像學資料，如MRI，CT等，以DICOM檔案格式儲存，還提供與患者結果，治療細節，基因組學，病理學和專家分析等影象相關的資訊。
1。 https：//www。tcpaportal。org/ The Cancer Proteome Atlas
(TCPA)
， 由MD Anderson Cancer Center開發的用於TCGA蛋白質組學資料下載，挖掘視覺化的網站。
1。 http：//www。cbioportal。org/
cbioportal
大家比較熟悉啦，由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center開發的用於TCGA資料下載，分析挖掘視覺化的強大工具。
1。 http：//portals。broadinstitute。org/tcga/home
Copy Number Portal
，由大名鼎鼎的Broad 研究所開發的用於探索TCGA資料複製數變異的網站，支援GISTIC 分析。
1。 https：//bioinformatics。mdanderson。org/main/FASMIC
FASMIC
資料庫，由MD Anderson Cancer Center開發的用於分析突變資料的網路平臺。
1。 https：//bioinformatics。mdanderson。org/main/DeMixT
DeMixT
是一個R軟體包，可對來自兩個或三個組分混合物的轉錄組資料進行解卷積，估計單個樣品的組分特異性比例和表達譜。
2。 http：//gdac。broadinstitute。org/
Firehose
由Broad 研究所開發的一套處理和分析大規模基因組和蛋白質組資料的方法和流程，可提供資料下載。
1。 http：//firebrowse。org/
Firebrowse
由 Broad研究所開發的用於TCGA資料探勘視覺化的網路平臺，提供基因表達，突變等綜合挖掘分析功能，類似於cBioportal。
1。 https：//github。com/khuranalab/FunSeq2_DC FunSeq2 由Weill Cornell Medicine 開發的一個用於探索突變和非編碼變異的工具，以多種腫瘤基因組資料為背景。
2。 http：//software。broadinstitute。org/software/igv/ 由Broad研究所開發的Integrative Genomics Viewer
(IGV)
一種高效能視覺化工具，用於互動式探索大型整合資料集。
1。 https：//bioinformatics。mdanderson。org/tcgambatch/
MBatch
由MD Anderson Cancer Center開發的基於Web的工具，用於識別和量化處理的TCGA資料中存在的批處理效果，支援分層聚類分析和增強的PCA分析。
2。 http：//explorer。cancerregulome。org/ 由Center for Systems Analysis of the Cancer Regulome開發的基於Web的互動式工具，用於視覺化和探索臨床和分子TCGA資料之間的關聯。
1。 https：//bioinformatics。mdanderson。org/survnet/
SurvNet
由Anderson Cancer Center開發的基於網路的工具，用於識別與患者生存資料相關的基於網路的生物標記物。
2。 https：//ibl。mdanderson。org/tanric/_design/basic/index。html
TANRIC
由MD Anderson Cancer Center開發的LncRNA資料探勘工具，支援多種資料探勘，視覺化分析。
15． https：//tumormap。ucsc。edu/
TumorMap
由UC Santa Cruz開發的一個強大的資料探勘工具
16。 http：//xena。ucsc。edu/
Xena
就更不用說，集資料下載，挖掘視覺化於一體的強大工具
當然啦，資料庫雖多，不要貪杯哦，內容就分享到這，希望對大家有幫助。更多內容歡迎關注我們，我們公眾號（醫科研）裡還有很多很多幹貨。
