在中國的農民起義歷史上，太平天國算是一個另類：因為在太平天國運動之前，歷朝歷代的農民起義也確實有不少以秘密宗教為結社工具，然後對抗朝廷，甚至也存在基於秘密宗教基礎上，被歷史承認的割據王朝。比如東晉十六國時期，割據四川的成漢王朝，就是基於五斗米教（天師道）基礎上的割據王朝。但是，不論是太平道、五斗米教，還是白蓮教、羅教，這些秘密宗教在傳教乃至發動農民起義的過程中，往往選擇最大化不得罪儒家，甚至隨著事業做大，白蓮教起義軍出身的將領，還會選擇放棄白蓮教，轉而和儒家精英階層合流（比如白蓮教基礎上，韓宋王朝的大將朱元璋）。
唯獨太平天國，從始至終都十分仇恨儒家。這其實也是太平天國敗亡的一個重要因素：因為當時清朝的咸豐朝廷事實上對內地十八省的統治已經基本上陷入失控，而咸豐朝廷也主要依靠儒家士紳組織的力量去彈壓太平軍。
儒家士紳在天下大變的環境下，往往會選擇觀望，但這次，卻選擇了幫扶清朝，原因之一就在於：太平天國和儒家的關係是敵對的。
那麼，為什麼太平天國的領導層，普遍仇恨儒家？
1、不得志的讀書人
早在拜上帝會時期，拜上帝會存在兩大巨頭：一個是拜上帝會的掌門人洪秀全，另一個，則是拜上帝會的大護法馮雲山——在拜上帝會傳教的過程中，馮雲山為拜上帝會的發展發揮了重要作用。要知道，拜上帝會轉化成太平天國期間，主要的人力資源來自廣西金田附近，而這一地區的信徒，大多都是馮雲山傳教產生的。事實上，在紫荊山、金田等地區，洪秀全的存在感遠沒有馮雲山強。甚至很多信徒往往只知道馮雲山，卻不知道洪秀全。
至於蕭朝貴、楊秀清、韋昌輝，和馮雲山相比，都是後輩。
馮雲山和洪秀全有個共同特點：那就是都曾參與過科舉，但都沒能考上功名。這種屢試不第的心態，往往會讓洪秀全、馮雲山對科舉制度產生仇恨，對科舉成功者產生仇恨，甚至直接對儒家學說產生仇恨。因此，拜上帝會從一開始，就攜帶著對儒家仇恨的基因。這一點，拜上帝會和以往的白蓮教、太平道是截然不同的。
2、不可調和的矛盾
拜上帝會的早期會員，主體上都是紫荊山的炭工，以及貧苦農民為主。其中，炭工處於中堅力量的狀態。甚至楊秀清就曾因為生活困苦、看不到希望，而對朝廷產生仇恨心理，甚至萌生造反想法。而拜上帝會的發展，無疑讓楊秀清有了大展拳腳的機會。
在拜上帝會乃至後來的太平軍中，像楊秀清這樣的人比比皆是，而這部分人對清朝的仇恨，也體現在對士紳階層的仇恨上。畢竟，當社會趨於動盪的時候，貧富之間的矛盾，往往也會成為十分明顯的不可調和的矛盾。而晚清富人往往都具備儒家士紳的身份，此外，儒家的影響，也很難波及到貧苦的炭工和農民身上。所以，炭工和農民對士紳的仇恨，也可以演變成對儒家知識分子的仇恨。
所以，當拜上帝會提出仇視孔子、仇視儒家知識分子的主張時，炭工和廣大窮苦農民都是表示支援的。
而這一切，也都意味著，從太平天國初期開始，太平天國所面對的對手，就不僅僅是腐朽不堪、日落西山的晚清帝國，而是士紳集團，乃至儒家知識分子集團。
對於儒家知識分子來說，清取代明是可以接受的。畢竟清還是接受儒家的，但如果太平天國幹翻清朝，則意味著儒家也會被連根拔起。這可是儒家知識分子所萬萬不能接受的。
