故事發生在2053年，也就是一年之後，由於各種各樣的原因，
地球生態徹底崩潰，基因汙染無處不在，土地無法耕種，動植物之間的邊界也開始模糊，產生了許多雜交變異的生物，人類消失了93%。
好訊息是接下來依舊存在，富人們總有辦法存活下來，他們成了新世界的統治者。
他們是科技寡頭出身，末日災變之後創造了一個人間天堂城堡，利用高科技技術給城市套上了一個罩子，避免受到外部汙染。他們還掌握了培育糧食的技術，用來與下面的貧民交換資源，用一套新的權力秩序繼續奴役著整個世界。女主小維是名天才少女，年僅13歲就可以獨立在沼澤密林中生存，還建立了自己的生物實驗室。這些能力源於他的家庭，他的父親曾是城堡的工程師，在意外負傷後全身癱瘓，被城堡所拋棄，但留給了他一臺生物AI感測器，就是眼前這個跟隨小維到處走的懸浮機器人。AI感測器並不是簡單的無人機，它是由未來的生物技術打造。
能和癱瘓在床的父親產生神經連線，所以父親可以間接地傳授很多知識和意見。可以說父親癱瘓前，小維的家庭還是很不錯的，但被流放到荒野之後，情況急轉之下，父親癱瘓在床，母親的意志逐漸消沉，經常說胡話，最後變成了一名朝聖者消失在荒野中。朝聖者被視為禁忌群體，傳說他們感染了一種特殊的基因病毒，被感染的人類會默默的披上寬大黑袍，在廢墟里漫無目地的遊蕩拾荒。誰也不清楚他們為何拾荒，也不知道那些破爛被運到何處，他們只是一個個沉默著，拉著破爛走向遠方，或許會在某一天遵從某人的指令集體暴動，推翻城堡的統治，抑或他們只是末日世界中的躺平者，誰知道呢？小維只知道目前不是懷念母愛的時候，他必須努力搜尋匱乏的食物，用來維持父親和自己的存活。而癱瘓多年的父親一直生不如死地咬牙堅持著，無非是想給孩子多一點的陪伴。
這一天，小維回到家，發現住所外的暴躁小牙全都死了，地面上還有一排腳印。他掏出短刀小心地走進屋子。還好入侵者沒有傷害父親，只是搶走了一些物資和細菌燃料。那些物資還可以慢慢收集，但細菌燃料卻是維持生存系統的唯一動力，他必須儘快獲取新的燃料。小維思索良久，終於下定決心去找叔叔長貴幫忙。
長貴是這片區域的統治者，他能獲得這裡的統治權大機率和小維的父親有關，但當小維的父親失去工程師身份之後，長貴也毫不猶豫的拋棄了父女倆。不僅如此，長貴還貪圖自己侄女的血液，想要換取細菌燃料，必須得用同等價值的血液交換才行。原來在這個世界上，唯一的硬送貨就是年輕人的血液。年輕的血液是基因技術的重要原料，城堡掌握著種子技術，城下的貧民需要用足夠的血液來換取有一次收成但不能繁殖的糧食種子。大家切記，這裡的種子就是影片中的主要矛盾城堡派發下來的。
種子全都是一次性的，他們以此來持續性的奴役城下之民，而小維想要打破這種壟斷，研發出一種可以在這片廢土上生長並且能繁殖的種子。當然，理想是美好的，技術上的差距並不能靠理想來彌補。與小薇一樣，叔叔長貴也想獲得能繁殖的種子。他是個狡猾的人，利用手中的權力偷偷建立了地下基因工廠，在完美執行城堡任務的同時，也在暗中積蓄力量，秘密研發基因種子。
小維沒有想到自己的叔叔如此狠心，在得到了血液之後，還得讓他等上兩天，只有賣掉血液才能支付物資。兩天時間，父親是絕對挺不住的，他試圖用親情來感化長貴，但毫不意外地被丟了出去。沒辦法，小維只能另尋他法，他偷偷來到據點倉庫，想偷走一些燃料。看守大門的小男孩是個善良的孩子，在看到小維後直接轉身離開了。小維偷走了一瓶用來發電的生物燃料，還忍不住拿走了培育室裡的幾枚種子。
將燃料注入發電機後，父親的維生系統正常運轉起來，AI感測器也重新升空，可當看到小薇偷拿的種子後，感測器罕見地激動起來，父親讓他把種子趕緊還回去，因為心狠手辣的長貴是絕對會報復的，更何況他們也沒有乾淨的土壤。但這一次小明不聽話，而是固執地跑了出去。小維孜孜不倦的改良基因種子，並不是想造福社會，他才13歲，沒有太過宏大的理想，他只是想透過這塊敲門磚順利地進入城堡生活，去了那裡之後不用每天都食不果腹了，也不用這麼孤單，他想憑藉自己的聰明才智換取富裕的物質生活以及更好的陪伴，用俗話來說就是打不過就加入。
人們迫切地想推翻什麼，最主要的原因可能是因為加入不了對方。一不小心又搜出金墜了，突然小維在溜達的時候發現了一個昏迷女孩正在被吸血植物狠狠地纏繞著，將她救回家後，女孩甦醒，他說自己叫尤格，是城堡的公民，他希望小文能去救他的父親，原來他和父親乘坐飛行器出來辦事，沒想到半路飛行器出了故障，他們倆墜落森林，尤格承諾。
只要把父親救回來，他就會幫忙申請城堡的居住權。這句話正好說到小維的心坎裡。正愁沒有招，天上掉下個粘頭包，小維迫不及待地帶著感測器去密林中尋找，果然在密林深處發現了墜毀的飛行器，但輸出長貴也帶人出現了。長貴了解城堡的本質，所以仇恨那裡面的人，在發現眼前的人沒有死亡時，第一時間幫他解脫了。小文想要阻止，卻被狠狠地按在一邊。回去後他不敢把真相告訴尤格，只是說自己沒有找到飛行器，他還希望尤格趕緊聯絡城堡吧，讓上面把你接回去，但被尤格找藉口拒絕了。
深夜，小維將尤格帶到了自己的秘密基地，這裡都是他培育的植物樣本，與外界的那些嗜血植物不同，他們不具有攻擊性，反而有一定的奇特功效，比如治療傷口或者凝氣安神。這麼做的目的當然是想讓尤格欣賞自己的能力，並把自己介紹給城堡的研究所，但尤格並沒有繼續這個話題，而是給他講起了城堡內的生活，那裡還存在著一些舊世界沒有變異的動物，這是小維不曾見過的。
第二天，他準備潛入叔叔的基地借用一點生活物資，這是叔叔欠自己的AI感測器先行探路，但等了半天都沒有返回，小維只好自己爬了進去，結果剛到門口就被長貴叫住了。叔叔並不意外他的出現，還在勸說他加入自己的隊伍，而感測器也被叔叔控制住了，正在從裡面拆卸什麼東西。小維解釋說自己是來討要報酬的，上次抽了那麼多血還沒給錢呢。長貴又問他是誰偷了種子，小薇當然沒有承認，趁著叔叔轉身去取物資的時候，抱起感測器一溜煙跑了。長貴看到後卻沒有追趕，等他跑到基地外，眼前驚悚的一幕不禁讓他乾嘔起來，那個曾經幫助過他的小男孩已經被叔叔幹掉了。
回到家的小維急切地想要修復感測器，但捅過了半天都不行，這時尤格趕過來安慰他，只要能找到他的父親就好了，他父親是城堡裡的科學家，一定有辦法，好感測器，事已至此，小維終於將真相說了出來，他把尤格帶到他父親死亡的地方，尤格崩潰大哭，哭了很久之後，小維將女人拽了上來。
卻意外地發現他後頸上有一個傷口，用手指觸碰的時候居然會產生幾根觸手。尤格也不再掩飾自己的身份，他是生物學家用克隆技術創造出來的生物人，這種技術在城堡中不算什麼，每個達官貴人都有自己的生物人，他們是其妻子、僕人、管家、教師等等功能的存在。但尤格的父親作為首席科學家卻讓他產生了不一樣的作用。
至於是什麼，尤格自己也不知道，總之他和父親想逃到另一個人類聚集地的時候發生了意外，飛行器墜毀，這也是尤格不敢聯絡城堡的原因。他還告訴小威，城裡的生活並沒有想象中那麼好，階級制度嚴明，大多數人依舊過著被壓迫的生活，他的父親就是想改變規則才創造出了自己。至於怎麼改變，尤格還不知道。小維的心情是有點崩潰的，很難接受美好未來化作泡影的事實。他將感測器修好後，詢問自己的父親，怎樣才能改變父女倆的現狀呢？父親教導他，不應該對尤格寄予太多的希望。
從天而降的救世主只出現在童話裡。與此同時，尤格因為父親的死亡準備弄死自己，他完全不清楚自己存在的意義是什麼，好在不怎麼會自殺，抹脖子的時候太疼了，哭了。小維急忙跑過來阻止，他在替尤哥治療傷口的時候，突然想要提取尤哥的基因，沒準他父親的秘密就藏在基因裡。可是對比結果卻令人費解，尤哥的基因與普通人類並無差別，他渾身上下流淌的血液就是那些年輕孩子的血。
那麼秘密究竟在哪呢？就在小黑準備往他深處挖掘的時候，尤格談起了一段簡單的旋律，這是他父親教過的琴譜，誇嚓一下，基因圖譜聞聲大變，從普通形態變成了動感形態。小維拿過來一實驗，神奇的事情發生了，變異後的基因竟然能夠完美融合其他細胞，拿過來一顆一次性的種子細胞竟然也能正常複製了，也就是說，可以用這個來培育出有繁殖能力的種子。蝶是誰說的，天上不能掉下奶豆包啊，不對，救是主的，咱們不用捱餓了。而尤格也發現了父親創造它的目的，可就在大家接到他歡喜的時候，長貴卻不請自來，他第一時間就發現了尤哥的身份，不得了，這可是城堡高層才有資格使用的生物人。
小文信心滿滿，他想與叔叔合作，叔叔的地下基因工廠提供可以耕種的土地，他來提供健康的種子，到時候咱們叔侄倆不就擁有取之不盡的糧食了，全球難民都將歸於咱們手中，天下我有啊，未來可期，長貴也隨臉的興奮，喜笑顏開的答應了，可是一回去就給城堡發去電報，舉報了懷璧妻瑞的小維。
其實並不是叔叔沒有雄心壯志，而是他知道得更多，小維最多在第五層，叔叔在第八層，叔叔知道城堡一直就擁有健康的種子技術，只是不想讓這項技術推廣開來，造福全人類，對資本家們有什麼意義呢？統治者不想這樣，但尤哥的父親又想這樣，於是才遭到城堡高層的追殺。更有甚者，叔叔猜測這場滅絕全球的生物浩劫根本就是一小撮想保持絕對優越性的人暗搓搓發動的，最起碼也是默許了這樣的結果產生。
而與那些大能相比，叔叔清楚自己的分量，小維的發現更是不值一提，城堡有1萬種方法讓他們消失。於是就在當晚，小維試圖培育更多的正常農作物時，突然聽到空氣中傳來異響，緊接著一片黃色的菌群不可抑制地蔓延開來，這是一種生物武器，所過之處皆被同化。好在小維和佑哥跳上了桌子，才避免被軍群吞噬。父親讓小維快跑，在投放生物炸彈以後，城堡的暗殺小隊馬上就會撲殺過來。
小維哭了，他捨不得離開父親，但父親死意已決，這麼多年咬牙堅持實在不易，對他來說，死亡反倒是解脫。小維只好和尤哥一起離開。另一邊，長貴也聽到了外面的聲音，他以為對方是來頒發獎品的，結果送給他的只有一發子彈，死得相當憋屈，他的種種算計在統治者面前連屁都不算。隨後暗殺小隊進入基地，將裡面的人員屠殺殆盡。與此同時，小維的小屋裡也迎來了敵人，在全面搜尋後只找到了床上的父親，他沒有絲毫憐憫，一發爆炸彈將整個屋子引爆。
火光沖天中，小維欲哭無淚，他想衝回去拯救父親，但沒想到暗殺小隊已經追上來了，兩人慌忙躲進草叢，但對方已經發現了他們的蹤跡，隨之一陣梭梭梭的聲音，草叢中的子彈蟲將它殘忍洞穿了。這些蟲子竟然是變異的植物，沒想到吧，但是你們更想不明白他們為啥不穿主角吧，因為導演不讓子彈從想領工資的話就不能穿主角。另一個士兵發覺情況不對，隨即開啟了鏡步技能，但架不住小維夠快呀，在他身邊扔了塊破木頭，一陣刷刷刷又被穿成了篩子。
雖然暫時解除了危機，但尤哥知道城堡是絕對不會放過自己的，而且其他地方也沒有這麼多領工資的子彈蟲，所以為了小維的安危，他選擇投降，主動讓士兵帶走自己。天亮之後，小維從枯葉中甦醒，那些士兵早已回去覆命，他回到了曾經居住多年的老屋，這裡已經被燒成灰燼，扒開土地，他在這裡種下了一顆改良過的種子。
去往哪裡呢？沒有方向，那就去尋找母親吧，跟隨朝聖者撿垃圾的方向，他來到了朝聖者的大本營，在那裡見到了一座廢料堆積的高高木塔，足足有城堡那麼高。少女小維迫不及待地爬了上去，看見無數蚊子飛行器正在城堡與下面之間來往，代表著統治者在不眠不休地吸血。突然，他目光堅定起來，就像盜取聖火的普羅米修斯那樣，把破除了基因枷鎖的種子撒向大地。
