奏摺制度的確立，對清朝中後期的政治帶來的影響是十分巨大的，歸結起來，主要有以下幾條：
第一，因為這種奏摺是秘密進行的，除具奏人外，只有皇帝和極個別軍機大臣和章京看得到，而有權具奏者又多達千人以上，發號施令排斥異己，使清朝中後期的政治帶上了明顯的“奏摺政治”的特色。
第二，奏摺制度的確立，使皇權大到無以復加的程度。明朝的皇權雖說也較重，但明中葉內閣制度形成以後，由於內閣大學士握有“票擬”權，也就能行使部分宰輔權力，甚至能在一定程度上左右和影響皇帝對政務的決策。清初有議政王大臣會議，也會分散皇帝的一部分權力康熙設南書房和用少數人撰寫密諭，目的無非是要使皇權得到擴大。
但終康熙朝，清朝皇帝的權力之重似乎都沒有超過明太祖朱元璋。封建主義皇權達到登峰造極、無以復加的地步，是在雍正朝設立軍機處和確立奏摺制度之後。因為奏摺成為正式官文書之後，一切比較重大的事情，中國曆代皇帝一直想解決的相權與君權的矛盾，到清朝雍正時，便得到較好解決。
由於地方封疆大吏都是透過奏摺秉承皇帝旨意辦事，一點都不敢自作主張，他們也就像皇帝的臂膀一樣，一切活動都得依靠中樞神經指揮，因此在內閣職權被削弱的同時，地方官員的權力也有所下降。皇帝總理一切政務，集軍政大權於一身，從而使封建皇權到了無以復加的地步。
第三，奏摺制度的確立，使告密之風日盛。奏摺制度就其性質而言，也是一種告密制度。官員使用奏摺互相告密，其結果只能使所有的官員彼此監督，各存戒心。於是“小人多以此讒害君子，首告者不知主名，被告者無由申訴，上下相忌，君臣相疑”。奏摺制度使有權具奏的官員似乎都成了“特務”，這也是清朝“奏摺政治”的一個重要特點。
第四，奏摺制度的確立，使行政效率有了很大提高。在皇帝硃批諭旨後，又可直接發還上奏官員，馬上付諸實行，從而大大提高了行政效率。
第五，奏事處是為呈遞奏摺、傳宣諭旨而專門設立的一個機關。奏摺制度的確立對軍機處這一機構的發展演化同樣具有非同小可的影響。軍機處原本是臨時性機構，是為軍務而設的，軍務結束以後，即應裁撤。
但後來這一機構不但沒有裁撤，其職權反而越來越大。究其原因，史家一般認為是這一機構既能便利皇帝對內部民族之徵服，又便於它對國家政務的集權獨攬，這顯然是不錯的。但軍機處為什麼能起到這種作用，無疑和奏摺制度的確立有很大關係因為軍機處的重要任務，是為皇帝辦理文書，而透過軍機處辦理的文書，又絕大多數是這種密摺，因此，軍機處的官員事實上就是協助皇帝處理奏摺的私人秘書。
有了奏摺這種公文，必然相應要有協助皇帝處理這種公文的人員，奏摺文書的作用越大，協助處理這種文書的人員的地位和作用也就越明顯，而軍機處這一機構的地位也就越突出。所以說，奏摺制度和軍機處是相輔相成，缺一不可的，都是為皇帝的高度集權服務。
雍正創立軍機處，把它和奏摺制度相結合，即以硃批諭旨答覆臣下奏摺， 召見軍機大臣面授諭旨，形成檔案直接下發，天下庶務總歸他一人處理。明太祖朱元璋罷丞相升六部，使“天下庶務皆朝廷總之”，他一人處置不過來，就指定當時還是低階官員的大學士協助處理，但那時內閣制度還沒有形成，大學士幫不了他多少忙。
雍正不同，創立軍機處並使用奏摺文書，不僅有了固定助手，而且可以快速處理政事，一切聽從他的調遣指揮。
因此，“在中國章奏制度史上，雍正一朝應該是多姿多彩的時代，而帝王對於硃批運用的巧妙和有效，清世宗可以說是前無古人的了”。
而這一切又都是在張廷玉的親自規劃設計和身體力行之下形成的，說這是他的大事業大功業，一點都不誇張。
