孝宗還令劉大夏於公元1492年夏坐鎮山東陽穀，負責整治黃河以及江南的水患，劉大夏曆時兩年，完成了多項水利工程，終於治服了水害。在孝宗的支援下，劉大夏還大力整頓軍事，核查軍隊虛額人手，補進了大量壯丁，同時也請孝宗停辦了不少“織造”。公元1489年秋九月，孝宗下令禁止宗室、勳戚奏請田土，不準接受外人的投獻錢財、物品。張皇后的兄弟張鶴齡在皇室中，是最為飛揚跋扈的一個，鬧得百姓無以為生。
因此，在公元155年春，李夢陽上書彈劾張鶴齡。孝宗在張鶴齡與其母天天在面前哭鬧的情況下，不得不將李夢陽下獄，後來又將李夢陽復職，只是罰俸三個月，隨後找到張鶴齡訓斥，從此張鶴齡收斂了許多。從此，那些往日橫行不法的權貴，只得收斂劣跡。孝宗在執掌權力的最後一段時間裡，全力以赴整頓朝綱，渴望帝國的振興。公元1505年，李東陽奉旨去山東曲阜祭祀孔子，當時正好大旱，李東陽在返京的路上仔細調查，回來後，便將所見所聞奏告孝宗，並指出其中很多都是弊政造成的後果。
孝宗聽完李東陽的話，沉吟半晌，兩行清淚順著臉頰流了下來，李東陽感動得跪伏在地，高呼“萬歲”。正在此時，工部尚書有事奏報，孝宗聽說是為了削減宮中的開支，因而裁減尚衣局、軍器局、司設監的匠人，他馬上下旨，批准了工部尚書的請求。此後，再接到宮內針工局，計劃招收大批的裁縫入宮的奏告，孝宗也沒有批准。另外，孝宗還下令裁減織造數額的三分之一，節省了經費開支。公元1505年，這個明朝中期最有作為的皇帝因病去世，享年35歲。
