1.功能性病變：
與腦幹網狀結構上行啟用系統功能降低或橋腦尾側網狀核功能亢進有關，也有研究認為系常染色體顯性遺傳性疾病，儘管在某些種族如日本人中發生率較高，但各種族和世界各地均有病例報告，在各種群中其遺傳特徵均與人HLA最小組織相關基因（DR和DQ位點）密切相關，發病機制為REM睡眠的調節障礙，對緊隨在NREM睡眠週期後的REM睡眠的控制喪失，不論在睡眠開始還是在清醒期，進入REM睡眠的傾向均增加。
2.外傷因素：
Sandyk（1995）認為：松果體及其分泌褪黑素的功能失常可能與本病的發生有關，也有人認為可能與腦外傷，病毒感染，免疫功能紊亂，腦腫瘤，多發性硬化等疾病有關，正常REM睡眠的發生有賴於腦幹縫際核5-羥色胺系統對其他遞質系統的觸發，而此種觸發的節律失調可發生本病。
3.遺傳因素：
Yoss於1960年報告，在1個家族的3代中有12例（7男5女）發病者，動物實驗顯示，當狗的雙親均為發作性睡病時，所有一窩小狗都受影響，而這些狗和無血緣關係或血緣關係較遠的狗交配繁殖的小狗不受影響，傳遞的模式可能是常染色體隱性遺傳，但同時發現，並不是所有種類的狗都顯示出發作性睡病的遺傳學傳遞，可能存在不同的病因。
