清代的總督是封疆大吏，分管一省或數省軍政事務，非皇帝親簡不得任。六部尚書是中央行政機構，分管人事、錢糧、司法等事，是朝廷的重要大臣。那麼從具體的職掌來看，清代的總督與尚書到底哪個權力更大呢？
我們在對比清代官職的時候，習慣把總督與省委書記相比，將尚書與部長相比。其實，這種對比從嚴格意義上來說，並不十分科學。時期，在清代，總督與尚書之間還是存有很大差別的。從以下幾個方面可以看出：
其一、品級
六部尚書在雍正朝以前為正二品，總督也為正二品。也就是說在雍正朝之前，總督與尚書平級，只有職掌不同。之所以出現這種情況，與當時的尚書的地位也有很大的關係。
順、康時期，中央的中樞機構名義上是內閣。但實際掌權的還是議政王大臣會議，重大的決策必須要透過議政王大臣會議才能付諸實施，這一時期，宗室王公仍有很大的權力。
我們可以這樣理解，當時朝廷實施某一重大國政的時候，先是由議政王大臣會議拍板，然後透過內閣擬定相應的細則，然後由六部施行。也就說，六部的位置排在第三。因此，六部尚書的重要性並不突出，這也是其品級屈居二品的主要原因之一。
雍正以後，隨著議政王大臣會議的名存實亡，各部尚書的地位也得以提升，其品級也提升為從一品，躋身一品大員行列。自軍機處設立以後，尚書入值軍機處的也不在少數，因此地位更加顯赫。
總督本身的官階是正二品，但加尚書銜的為從一品。但這並不能認為總督在品級上就與尚書對等。因為清代的加銜十分普遍，加銜不過是榮譽，只享受待遇而不具實際權力。因此，加尚書銜的總督只是名義上與尚書平級，在朝班排列上屈居尚書之後。
其二、職掌
總督掌轄區內的軍事、行政事務，握有地方大權，。尚書只分管本部事務，但與總督又多有交集，尤其是吏、戶、刑三部與各省聯絡最為緊密。
吏、戶、刑下設清吏司，俱以各省命名，如戶部山東清吏司，負責山東一省的錢糧賦稅；刑部山東司，負責山東一省的司法刑律。各省最重要的事務無非就是錢糧賦稅、官員人事安排及司法刑律，因此吏、戶、刑在各省都有較高的話語權。
以戶部來說，按清制，各省每年的歲入都要按照朝廷制定的賦稅數額上交，稱為“解部”，而且每年各省的開支彙總也要到戶部報銷，一旦出現任何問題，朝廷就會追究總督、巡撫的責任。刑部同樣也是如此。
而吏部對各省的影響就更大了，上至督撫、下至知縣，各級官吏的任免權都在吏部。每三年一次的大計（地方官考核），最終的稽核權都在吏部，就是督撫的考核，也同樣繞不開吏部。
相對來說，禮部、兵部、工部與各省的事務聯絡就不那麼重要了。禮部事務大多集中在祭祀、科舉、國家慶典上；兵部事務大多集中在驛站、用兵上；工部事務大多集中在工程專案上。
透過以上的介紹，在職掌方面大致可以得出這樣的結論：各省總督的地位低於吏、戶、刑三部尚書，而與禮部、兵部、刑部基本持平。
其三、晉升
各省總督晉升，例升各部尚書，或軍機處提名請旨特簡內閣大學士（這種情況較為少見）。從清代的實際情況來看，總督升任尚書的例子其實也不是常態，因為他們之間的特長不一樣，總督幹得了的事，尚書未必幹得了，反之，尚書幹得事，總督也未必幹得了。
把合適的人用在合適的崗位，不僅在現代，就是在清代也同樣如此。從清代的官制來看，晉升尚書的第一人選是侍郎，而非總督。只有一種情況較為特殊，那就是皇帝認為總督任上政績並不突出，或是年老，但其資歷很老，所以勉為其難，將其升任為尚書。
更多的時候，總督的晉升往往就是調崗或加銜。比如從地位較低的總督調任地位較高的總督，如閩浙總督調直隸總督，四川總督調兩江總督等。當然，如果本身已經是兩江總督或直隸總督，那麼就加銜，如加協辦大學士、大學士，或是太子太保一類的虛銜，以增加其資歷。
再來看尚書，尚書如晉升例升內閣大學士，在大學士未出缺的情況下補協辦大學士。別看協辦大學士一職也是從一品，但卻是升任大學士的必經之路。按例，大學士出缺，首選協辦大學士，然後才是各部尚書。
此外，以尚書入值軍機處也是一種實質性的提拔，軍機大臣並非是正式的官職，但其職責重大，非皇帝親信不能勝任。以尚書入值軍機處，就代表躋身權力中樞，成為第一梯隊人物。
透過以上的對比大致可以看出，清代的總督總體來說不如尚書，尤其是不如吏、戶、刑三部，就是禮部也比不了。只不過晚清時期，總督的地位得以提升，那也是因為皇權衰落，中央權威下降的結果，但這並非是清代的常態，故不再討論的範圍之內。
