清代的司法機構，地方上是州縣到省級督撫，中央主要是刑部和三法司，另外死刑犯需經朝審和秋審由皇帝親自勾決。原則上，司法審判要遵循逐級轉審的原則，即從州縣到督撫再到刑部這樣一個過程。下面具體來講。
先說地方
地方最基層的就是州縣，案件發生在社會基層，社會基層的主要負責官員——州縣的長官，負責調查、檢驗、緝捕、審訊、錄供、取證及把案情彙集成公文，擬出判詞再上報這一整個過程，這個過程非常重要，以後的判處基本都是以此為依據。
按例，凡應判為笞杖罪者，州縣長官有終審判決權，隨即施刑，結案例稱“自理”，只需要定期彙報即可。其詞訟案件，每月設迴圈簿，申送道、司、督撫查考，巡道的道員巡歷時，查核迴圈簿，如有未完者，勒限督催其審結。應判徒刑以上的，州縣一級無終審判決權，須轉報府、直隸州廳及以上機構逐級轉審、複核。
府、直隸州、直隸廳及某些道，為第一級轉審機構。複審廳州縣解來的罪犯，查核所上報的案情是否屬實，有無作偽、值得懷疑之處，有無翻供情況，判擬是否妥當，再出具“看語”即本轉審級的意見，上報本省級的按察司。有異議者，則駁會。另外，此級機構還受理軍民不服廳州縣判擬的上訴案件。
按察司是省級司法機關，為第二級轉審機構。負責對第一級轉審機構的徒刑案件作複核，流刑以上犯人進行復審。有異議，則駁回重審，或改發別的州縣審理。無異議者，上報督撫。按察司還辦理本省的秋審事務。此外，省級各文武衙門的胥吏、幕友、長隨等非職官輔助行政人員的輕微罪行的審理，也掌於按察司。
總督、巡撫為各省最高長官，也是轉審程式中第三級轉審機構的官員。設巡撫之省，由巡撫負責，不設巡撫之省如四川、直隸、甘肅，由代理該省巡撫的總督負責。重大案件，設巡撫之省的總督也有此項職責。
督撫在司法上的主要職責是：一，批覆按察司複核無誤的徒刑案件，下達執行，匯案於刑部諮結；二，稽核按察司對軍、流案件複審後的意見，若無疑問，則以題本上報皇帝，以題本之副本——揭帖送刑部為主的三法司，先交到通政司，由通政司將題本轉交內閣，揭帖轉交三法司。
再來說說刑部和三法司
刑部是一般流、軍罪，刑部稽核判決，批覆上報的機構。按季匯題上報。死罪若是屬於謀反、大逆、惡逆、不道、劫獄，以及江洋大盜、會匪、強盜，拒殺官差，罪應斬梟者，由刑部專折具奏上報皇帝。其餘罪應凌遲、斬決梟示之案，會同三法司具題請示。其盜劫案件，兼會同大學士詳議。
一般命案，內閣接到通政司轉交的督撫關於死刑案件的題本，擬出初步處理意見即票擬供皇帝裁決參考，皇帝批示意見，由內閣之批本處官員及內閣大學士，先後用滿、漢紅字批於題本上，為批紅。這一程式的批紅意見，一般是三法司核擬具奏。
實際上，三法司接到揭帖後，就開始由下屬分支機構官員——刑部的各省分工對口的清吏司官（郎中、員外郎、主事）、都察院的各省分工對口之道的監察御史、大理寺所分管省的左寺或右寺的寺官（寺丞、評事）對各省案件先進行復核，查案情有無疑問、判擬是否符合律例，併合議擬具意見，這一程式叫“會小三法司”，簡稱“會小法”。
小三法司官員將會議結果各自上報堂官即長官，三個機構的堂官再會議核擬，稱為“會大三法司”，簡稱“會大法”，核擬結果，由刑部主稿擬具題本，以三法司的名義題報皇帝。實際上，三法司會議核擬往往是走形式，往往是刑部擬出意見後，都察院、大理寺隨從畫題。
由刑部主稿、以三法司名義上的核擬意見的題本，仍送內閣，由內閣查核後票擬意見，送皇帝裁決。皇帝對死刑案件作最終判決，或“依議”或改判，皇帝終審意見，由批本處批紅的題本，發回內閣，由刑科抄發刑部，刑部再傳達。判“立決”者，傳知有關機構執行。判“監候”者，待秋審或朝審時再稽核。
最後說說秋審和朝審
秋審、朝審是對判監候死刑犯作進一步稽核。凡秋審、朝審後列為死刑情實者，還須敘案由，記入督撫的判語，刑部將本部的判語敘於其後，繕為黃冊進呈皇帝，以備皇帝勾決。
勾決在冬至前六十日內，根據不同省份距京城的遠近，依次進行，由欽天監擇期按各省遠近決定日期。最早為雲南、貴州，次四川、廣西、廣東、福建、盛京、陝西、甘肅，次湖北、湖南、浙江、江西，次安徽、江蘇，次河南，次山東、山西，次直隸，最後是京師的朝審者，於冬至前十日，遇停勾之次年則於冬至前五日。
皇帝勾決的地點是在懋勤殿，由皇帝主持，設黃冊於御案，奏本學士以名單捧置案上，奏勾到某省，大學士一人展漢字於本案，奏本學士奏各犯姓名，恭候皇帝閱覽黃冊，大學士等各閱所攜小折，等皇帝降旨，批紅後即交刑部辦理。刑部接到批紅後，交刑部清吏司按各省遠近定文到之限期。
處決京師死刑犯，按例要由刑部侍郎一人監視行刑。每司各派司員二人將罪犯押赴市曹，步軍統領衙門派步軍護送。刑部侍郎會同都察院刑科給事中赴法場，京畿道御史攜勾決紅本交於刑部侍郎，該侍郎遵旨行刑畢，覆命。
凡勾決之罪犯，皆榜揭以公佈示眾，由大學士、軍機大臣會同刑部將已勾、未勾各案情節摘敘簡明事由，奏聞皇帝后，行知各督撫，於處決罪犯時在通衢大道張貼，曉諭民眾。京師者，則由刑部榜示。
整體而言，清代司法在程式上較為嚴謹，從地方到中央採取了轉審制，這樣即可避免冤假錯案的發生，也可以起到很好的監督作用。但說到底，司法的最高權力仍然在皇帝手中，生殺予奪，皆出自聖意。
