秦始皇統一六國後，又成功地擊退了邊境進犯的匈奴大軍，國勢鼎盛。恰逢秦始皇大壽，喜上加喜，於是他在咸陽宮內大宴群臣。當時比較有名的一些學者七十多人也前來祝賀。
席間，僕射周青臣稱讚秦始皇說：“過去我們秦國土地不過一千來裡。如今依靠陛下的英明神武，天下統一，蠻夷不敢進犯。陛下的功績與日月同輝，令我等佩服萬分。現在採用郡縣制，人們安居樂業，天下太平，可以萬世流傳呀。從古到今，沒有哪位君王的威儀聲望能趕得上您的！”秦始皇聽了十分高興。
博士淳于越對周青臣的頌揚之辭很反感，尤其是對他提倡郡縣制更不滿。他上前對秦始皇說：“我聽說殷、周兩朝存在上千年，是因為它們分封子弟與功臣，有這些人輔佐天子的緣故。現在陛下擁有天下，而您的子弟都是平常人。如果您去世了，出現田常之類的叛臣，憑誰來援助天子呢？國家大事不學習古訓而長久存在的，我沒聽說過。現在周青臣稱讚的是陛下的過錯呀，他不是忠臣！”
秦始皇覺得兩人各有道理，不好定奪，便讓朝中大臣議論此事。丞相李斯說：“三皇五帝治理天下，各有各的辦法，不是誰背離誰，而是時代不同，方法因之而不同。現在陛下建立的大業，不是那些愚笨的儒生所能理解的。淳于越所說的前三個朝代的事，怎麼值得效仿呢？我認為，過去天下四分五裂，諸侯爭霸，就是以古非今所致。
現在天下已定，百姓與學士應各行其職。現在學者不學今天的法令，反而以陳舊的思想來誹謗現實，蠱惑百姓，對於不合自己心意的法令議論紛紛，散佈謠言，並帶著弟子攻擊它誹謗它。這樣下去，陛下怎麼能管理天下？我請陛下下令，凡不是我朝所記的史書都燒掉；不是博士官，私人藏有的《詩》《書》，諸子百家等書，都由縣郡收繳後焚燒；有敢私下議論《詩》《書》的人，都砍頭示眾，以古非今的人誅死三族；官吏知情不報的，與違法者同罪；一個月內不執行法令的，刺字發配，只留下醫藥、卜篋、種樹之類的書。”
秦始皇聽了李斯的一番大論，更覺得有理，便下令由李斯制定法令，實行焚書。一次文化浩劫來臨了，許多珍貴的書籍全被焚燬，不少專心治學的人被誅殺。
秦始皇認為自己創下了萬世基業，一心想長生不老，便派出許多方士為自己找長生不老的仙丹。
有個姓盧的方士混人皇宮，對秦始皇說，真人水火不入，能與天地共生。秦始皇便自詡為真人，在大臣面前不稱“朕”，而自稱“真人”，盧生也騙得了一時的榮華富貴。盧生在宮中呆了一段時間，發現秦始皇性情暴烈，殺人成性，心裡非常害怕。
一天，盧生與侯生私下議論說：“秦始皇剛愎自用，統一天下後驕橫不可一世。他濫用刑罰，親信奸臣，殺人如麻。宮中文武大臣，都畏懼他不敢講真話。這樣的人怎麼能讓他長生不老呢？”兩人討論一番，更覺害怕，便悄悄逃跑了。
秦始皇聽說後勃然大怒，聯想到徐福等人出海尋仙藥一去不返，便憤怒地說：“盧生等人，我厚待他們，他們竟私下誹謗我，說我殘暴不仁！”於是，始皇帝下令將咸陽城內議論朝政的儒生全抓起來，嚴刑拷問同謀。許多儒生受刑不過，胡亂提出其他儒生抵罪。一個招一個，最後竟有四百六十多人被牽扯進來。秦始皇下令將這四百多人全部活埋在咸陽城裡，並詔告天下，以示懲誡。
“焚書坑儒”這一殘暴行徑，體現了秦始皇在思想文化方面的專制統治，不僅給秦始皇本人抹了一筆黑，也大大摧毀了中國古代的文化發展，許多珍貴的史料史籍就是在那個時候被毀掉的。
