儘管水利電子招投標的應用越來越多的得到招投標單位的認可，電子招投標系統也越來越穩定，但在推進電子化招投標過程中，還難免遇到一些問題，需要今後逐步地完善發展。
1網路資訊保安問題為保障網上招投標資訊保安，除了網路使用者安裝防病毒軟體外，電子招投標系統開發維護人員也要採取諸如防火牆技術、資料加密技術等防範病毒對網路的破壞。在投標過程中，儘量達到專機專用，即投標所使用的電腦只用於投標，不能用於瀏覽網頁或者其他用途，儘量減少病毒入侵的機會。
2電子招投標系統的穩定性、相容性全面推進全省水利行業電子招投標，應建設穩定、高相容性的電子招投標系統平臺。山東省水利工程交易中心電子招投標平臺的執行環境比較單一，很多企業為了安裝平臺系統，又重新購置的高配置電腦。而且在執行過程中，很多不相容的情況都會發生。如果不提前除錯好，很有可能耽誤投標，給投標企業帶來不必要的損失。
3提高操作人員計算機應用能力電子招投標資訊平臺建設方必須做好對全省水利招投標工作人員的技術指導工作。透過定期或遠端授課的方式，把電子招投標平臺的技術傳達清楚，讓他們在具體操作過程中有章可循，提高效率，能夠熟練的應用程式。
在全省水利行業推行電子招投標，有利於降低招投標過程中不規範現象的發生，提高工作效率，節約社會成本，促進資源資訊共享，轉變和規範監督方式，是招投標管理過程中的重大改革。也是貫徹落實科學發展觀，依法行政，依法治國，建立廉潔高效政府的重要體現。
