公元前450年至公元前440年，古希臘歷史學家希羅多德遊歷了古埃及，對木乃伊的製作方法和傳統進行了認真考察，並記錄下了寶貴的歷史資料。
法老去世後，他的屍體被送到專門淨化屍體的地方，衣部，在這裡用蘇打水清洗過之後，被交到祭司的手上進行屍體處理工作。祭司們先將松脂塗在法老的面部，防止面部的腐爛變形，然後用一根管子從鼻孔穿到顱腔中，不停的攪拌把腦漿破壞掉，然後再用細長的管子抽取出來，古埃人認為腦漿是沒有用的東西，因此並不儲存，他們把香料和藥物填充到被抽空的顱腔中，一方面保持腦袋的形狀，一方面防止內部腐爛。
接下來是處理內臟的程式，內臟器官是人體最容易腐爛的地方，因此祭司們要將肝、腸、胃、肺等全部摘除。他們用一把清洗過的刀子切開屍體的腹腔，小心翼翼的將肝、胃等器官切下來，放入食鹽中將水分吸乾，再塗上松脂和食油，然後分別裝入罐子中。
這樣的罐子叫做“篷罐”，裡面放有香料和藥物，可以進一步防止器官腐爛，這些罐子被放在陵墓中與屍體不遠的地方，但到中王國時期，這裡處理過的器官不再裝入篷罐，而是用亞麻布包裹起來重新放入木乃伊的胸腔，據說這樣有利於法老的復活。
在處理內臟器官的過程中，最大的忌諱是弄壞心臟，因為古埃及人認為心臟是人的“智慧之源”，一旦切除或者弄壞，法老們將不能重新復活，所以心臟一直被保留在胸腔中。
祭司們用鹼粉和食鹽吸乾心臟的水分後，再用棕油清洗一遍，然後把一個甲蟲形狀的護身符放在心臟位置，作用是保護心臟不受損害，整個過程務必要保持心臟的完好無損，《亡靈書》就曾記載，在處理法老內臟的時候有三班衛士輪流監視，如果祭司不小心弄壞了法老的心臟，他將被處以死刑。
內臟器官處理完畢後，祭司們用棕油將屍體的胸腔和腹腔清洗一遍，然後放入成包的蘇打、泡鹼粉、瀝青填充物，把屍體放到鋪滿泡鹼粉和食鹽的床上，對整個軀體進行脫水處理。
40天后，屍體被取下來，把胸腔裡的脫水物質取出，再次放入桂皮、松香等防腐劑，以保持腹部不變形，然後用細小的針將胸腔縫合，並貼上一塊畫有何露斯眼睛的皮，古埃及人認為何露斯的眼睛代表復活的力量，對法老的屍體具有神秘的保護作用。
至此，木乃伊的製作大體完成，法老的屍體被送到化妝師那裡進行化妝整形，化妝師用牛奶、葡萄酒、香料、蜂蠟、松脂和柏油等物質做成顏料，按照法老的面目輪廓，畫出清晰的線條，防止由於木乃伊處理導致的面貌模糊，化妝師還給木乃伊戴上假髮，穿上漂亮的衣服，佩上珍貴的首飾。
由於法老死後眼窩深陷，化妝師和祭司們往往給他們填充上石頭或亞麻，至拉美西斯三世時期，人們開始製作人造眼球，透過燒烤製作出栩栩如生的瓷眼球，放入法老的眼窩，這樣法老的面目就顯得非常生動和形象。
最後，工匠們在屍體上塗上一層松脂，把法老的雙手交叉在前胸，然後開始用亞麻布包裹。包裹過程被認為是與人間告別的開始，因此整個過程莊嚴而神秘，工匠們把用棕櫚油浸泡過的麻布一條一條的沿著乾屍的四肢和軀幹小心翼翼的包紮，不能留出一絲空隙。
在包裹到面部和心臟部位時，旁邊的祭司會進行祈禱和唸咒語，工匠們有時還要把一塊護身符放在亞麻布之間，護身符一般做成聖甲蟲形狀，或者刻有何露斯的眼睛等形狀，當屍體包裹完畢後，木乃製作便告完成，整個過程一般要花費七十餘天的時間。
事實上，在不同的時期，木乃伊的製作方法和水平也有很大的不同，在古王國的早期，法老的內臟並沒有被切除，因此極易腐爛，到第四王朝時期才開始了內臟處理程式；在中王國時期，人們更加註重對法老的化妝，他們要用黑顏料描繪出法老的眉毛、鬍子以及五官輪廓等；在新王國時期則是要把腦髓全部去掉，有的木乃伊還要把腳趾甲全部去掉，然後用麻布把腳趾包起來。
另外，在木乃伊製作過程中，從法老身上切下的碎片並不是隨意扔掉，而是把它們收集起來包裹好，隨著木乃伊一起下葬，因為這些東西屬於法老的一部分。
在古埃及，人們普遍相信人能夠在死後復活，因此並非只有法老才製作木乃伊，普通埃及人死後也要製作木乃伊，不過他們的製作過程要簡陋的多，他們往往在胸腔內填入雜草、木屑或蘆葦等作為乾燥劑，然後放在沙漠地帶進行脫水處理，這樣製成的木乃伊效果較差，因此很少能夠長時間儲存。
以現代科學來看，死後復活是荒誕不經的傳說，經過脫水處理的乾屍木乃伊要復活更是不可能，但古埃及人在製作木乃的悠久歷史中逐漸掌握了高超的醫學和解剖學技術，掌握了藥物合成和防腐技術。
1862年美國考古學者愛德溫·史密斯在埃及盧克蘇爾發現了一部紙草書稿，大約是公元前1600年的抄本，上面系統介紹了人體的構造，列舉了48種病例，對病症作了詳細描述，並把它分為可治、難治和不可治三個類別，後來這部書稿被稱為《愛德溫·史密斯紙草》，成為古埃及最重要醫學文獻。可見，古埃及的醫學水平已經達到非常高的成就。
