清朝國力衰敗就是始於太平天國運動，全國半壁江山盡失，清政府從全國各地調集大量八旗、綠營官兵來對付太平軍，可是這支腐朽的武裝已不堪一戰。慈禧只能依靠地方上的勢力剿匪，但是中央想要地方軍隊聽從命令就要發放軍餉，而朝廷國庫根本拿不出這些軍餉。
慈禧不得不同意各地自行籌措軍餉，慢慢的各處封疆大吏的財政權就有了自由，中央和地方的權力平衡發生了變化。自此，外重內輕格局漸成，乃至以後的清末東南互保和民國開始的軍閥割據都是肇端於此。
引發這一連鎖反應的是清末一件奇案。電影《投名狀》改編自歷史上的真實事件張文祥刺馬新貽案。這個“刺馬案”位列清末四大奇案之首，兇手當場被捉，動機卻無人知曉，迄今仍是謎。被刺殺的人是清代朝中高級別的回族官員，時任兩江總督馬新貽。
馬新貽是山東菏澤人，祖輩上幾代都是朝中為官，他自己27歲中進士，恰好和李鴻章是同年。仕途開始時先是在翰林院歷練，之後外放到安徽合肥充任代理知縣，不過沒過多久各地就鬧起了太平軍、捻軍起義，他是地方縣長有守土職責，他也辦起了團練。不斷以軍功升遷，42歲做到了二品安徽布政使。
在一次戰鬥中馬新貽兵敗被俘，擒捉他的是捻軍小頭目張文祥。張文祥知道在捻軍沒有出路，因此對馬新貽以禮相待，又將自己的知心好友曹二虎與石錦標介紹給馬新貽，四人結拜為異姓兄弟。剩下的故事和電影中一樣，大哥馬新貽權誘絕色弟媳，兄弟間反目成仇，被人利用。
1864年太平天國被剿滅，東南各省平定，朝廷要重新選出各地督府。誰知道慈禧太后任命馬新貽為浙江巡撫，就連他自己也沒有想到。鎮壓太平軍之後，幾十萬湘軍佔領南方半壁江山，而且軍中只認曾大帥不識朝廷，清朝入關以來還沒有一位漢臣達到這種權力高峰。出身湘軍的將士建功之後被分到了各地任職，湘軍一共出了三個總督，九個巡撫。
飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹。功高蓋主引來殺身之禍，這是中國歷史上經常上演的戲碼，曾國蕃通讀史書，當然不會不知道。他先是自己裁軍，而後有被慈禧由兩江總督調任直隸總督，從自己的地盤調到直隸坐光桿司令。
但是慈禧還是放心不下湘軍在南方的勢力，為了進一步打壓湘軍啟用馬新貽任兩江總督。他一不是曾國藩的人，又沒有任何派系，而且手中沒有嫡系軍隊。鎮壓太平軍作戰多年十分了解南方情況，以前在軍中也屬於湘軍系統，不至於湘軍派系被強烈反對。
慈禧看上馬新貽的這些優點，反而也是讓他喪命的致命缺點。他成了慈禧打擊湘軍的一枚棋子，馬新貽上任之後負責遣散湘軍，要是曾國藩裁軍大家也許有些怨言就過去了，畢竟湘軍都是他的子弟兵。但馬新貽一邊裁湘軍，一邊招募自己的新軍，一邊是生計為難，一邊是好裝備和軍餉，矛盾迅速激化。
裁軍需要遣散費，曾國藩攻破南京城把太平軍的財寶全都私吞分給了軍中，慈禧看著空虛的國庫也想著這筆錢，同時命令馬新貽追查這些金銀財寶的下落。
慈禧這下是把湘軍逼到絕路了，於是晚清驚天大案——刺馬案就爆發了。慈禧的代理人一個一品大員你說殺就殺，當然要給個交代，刺客找的是馬新貽的結拜兄弟，被他戴綠帽子的張文祥。
活捉了他自然也是審不出幕後主使，被定罪凌遲處死還被曾國藩補了一個剖心致祭。這一次對決下來慈禧絲毫沒能削弱地方實力派，中央的權威成了一個擺設，兩江總督一職長期由湘軍把持，其他人從此不敢問津，軍閥割據就此拉開序幕。
