你可以簡單地解釋為小說情節的漏洞，也可以這麼理解，火燒藤甲兵是諸葛亮自己作出來的，本來不必要死這麼多人，所以他得承受代價。
首先先要明確一點，歷史上的諸葛亮可從來沒有火燒過什麼，所謂火燒新野、火燒博望坡、火燒藤甲兵、火燒上方谷，那都是小說幫他燒的。所以這裡就只能從小說本身來分析，歷史上是找不出原因了。
從小說來說，之前的火燒，那是為了讓劉備脫險啊，為了逃避曹操的大軍啊，是為了宣揚正義啊，扶保漢室啊，你怎麼說都行，反正是打的曹操，那在小說中，曹操是奸臣代表，燒他的兵不算事。但是藤甲兵不一樣，他們是不服蜀漢管制，並不是窮兇極惡之徒，而諸葛亮本身也有機會避免火燒藤甲兵，殺傷這麼多人，因為自己的失誤才導致最後反而要殺這麼多人，所以要折諸葛亮的陽壽。這算是說的通的。
容我先折回歷史，歷史上諸葛亮平南中沒有七擒七縱這種事，甚至孟獲都不是蠻王，《三國志》裡都沒有孟獲的記載，只有在非官方的《漢晉春秋》中提到過，孟獲只是在南中有點威望，所以諸葛亮打敗了他，擒了又放，讓他心悅誠服投降，幫助諸葛亮勸說南中的蠻人歸順，之後孟獲也去蜀漢做官了，還是文官。所以沒有七擒七縱，只有一擒一縱這是對的。而小說為了刻意誇大戲劇化衝突，讓諸葛亮來個七擒七縱，其實是不合邏輯的，所以最後只好尷尬收場。
我個人一直覺得七擒七縱寫的不是很好，至少這段故事不合邏輯，把諸葛亮這樣一個優秀的政治家搞的婆婆媽媽，婦人之仁。設想一下，諸葛亮南征的目的是什麼？是要平定南中。七擒七縱小說裡給出的解釋是諸葛亮要讓孟獲心悅誠服，可這代價也太大了吧？得不償失。首先，寒了將士的心，我們好不容易抓住孟獲，結果抓一次你放一次，累傻小子呢？其次，寒了那些真心歸順的蠻族首領的心，比如洞主楊鋒，擒了孟獲獻給諸葛亮，結果諸葛亮轉身就給放了，這是要幹什麼？不是縱容孟獲找楊鋒報仇嗎？也太不厚道了。實際上，既然你要的是南中穩定，不如殺孟獲一人，換一個聽話的比如楊鋒，立為新的蠻王，這個仗不就打完了嗎？結果倒好，為了孟獲一個人最後不得已燒死幾萬藤甲兵，這不是自己作的嗎？
所以說，從小說來講，諸葛亮損陽壽是他自己的責任，本可以避免的殺戮因為他的失誤而不得不做，責任只能歸咎給他。而對於真實的歷史，就不存在這樣的故事了。
