明朝宰相制度的廢除導致了內閣的產生和發展與完善。明太祖立國以來，明承元制，在中央實行中書省幫助皇帝處理全國政務，中書省最高長官就是宰相，大大限制了皇權的行使，不利於皇權的加強。但是明成祖之後內閣又開始出現，新的權力鬥爭又開始了。
一、朱元璋廢除宰相
洪武十三年，明太祖朱元璋敏銳地察覺到以中書省宰相胡惟庸為首的淮西勳貴勢力不斷膨脹，宰相胡惟庸更是擅權攬政，欺上瞞下，為了防止出現前元舊事，宰相操縱皇帝的廢立，威脅皇權，朱元璋憑藉自身開國皇帝的威勢，並認為自秦以來宰相賢明者少，奸佞小人者多，故強行透過裁撤中書省，廢除行使千年之久的宰相制度，祖訓中言道：“今罷丞相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下庶務，事皆朝廷總之。”
自此皇帝集宰相職能於一身，並提高六部的地位，六部尚書直接對皇帝負責，皇權徹底壓倒相權，或者說皇帝大大擠壓了文官系統的生存空間，進一步壓制文官的權柄，大大加強了皇權，併為後世文官勢力的反彈埋下了禍根。朱元璋於洪武二十八年，再次強調後世之君也不得復立宰相。
宰相制度的廢除有利有弊，就看從哪方面來說了，最大的好處就是大大加強了皇權，提高了六部的地位，收得六部之心，最大的弊端就是天下事務繁瑣，單靠皇帝一個人獨木難支，並且後世帝王的自身的天性不定，再加上種種原因，未必有太祖那麼大的毅力以及政治能力。朱元璋自身也曾感嘆，天下事物繁巨，察覺到了沒有宰相的弊端，故而啟用大學士充當顧問，“當是時，以翰林、春坊詳看諸司奏啟，兼司平駁。大學士特侍左右，備顧問而已。”此可謂內閣之雛形也。
二、內閣出現
永樂時期，成祖感到無宰相的弊端，亟需有人幫助自己處理天下政務，故而復洪武舊制，並加以改進，“特簡講、讀、編、檢等官參預機務，簡用無定員。謂之內閣。然解縉、胡廣等既直文淵閣，猶相繼署院事。”內閣就此形成，閣員不定，根據皇帝的需要定閣臣名額，閣臣無實權，只是皇帝的侍從機構，相當於後世的秘書處，閣臣只能行使自身職位原有的職權，權勢不大，但也是文官集團在與皇權鬥爭中的一大勝利，並在皇權中間撕裂開來一個口子，並不斷將至擴大化，內閣逐漸向制度化法律化靠攏，但終明一代，內閣始終都是侍從機構，不是法定的中央一級行政機構。
這裡面固然有祖制的影響，但最大的阻力還是來自皇帝本身，以及部院的反對，內閣的制度化就相當於重現中書省，有利於加強文官集團的權柄，但也在削弱部院的權柄，還非常不利於皇權的加強和行使，故而明代內閣產生以來，雖然權勢不斷擴大，但內閣歸根到底不是制度化的產物，受到皇權和部院的絕對壓制。仁宣時期，“三楊”輔政，“三楊”指楊士奇、楊溥和楊榮，再加上皇帝的信任，內閣權勢日益擴大。
三楊雖受尊榮，但內閣權勢仍然受到部院的抵制，在內閣閣臣的心裡面，還是以原本職位為尊，特別是以擔當部院長官為榮，“其後士奇、榮等皆遷尚書職，雖居內閣，官必以尚書為尊。”正統以來，皇帝年幼，三楊繼續輔政，不斷鞏固和加強內閣的權勢，直到正統時期，內閣真正取得了票擬權，“票擬批答真正成為內閣而不是二三元老的職責，當是在正統十年而不是在正統初。”這是文官集團對皇權的一種侵犯，也是皇帝無力的一種表現，亦是壓制部院的開始。
景泰時期，內閣的權柄日益加強，但是也遭受到了以兵部尚書于謙為首的部院抵制，極度限制內閣的權勢，在內閣閣臣和部院大員的地位上，“景泰中，左都御史王文升吏部尚書，兼學士，入內閣，其班位猶以原銜為序次。”在這場部院相爭的過程中，明面上仍然是部院佔據優勢。景泰時期，進一步完善內閣的官職和人員，“誥敕房、制敕房俱設中書舍人，六部承奉意旨，靡所不領，而閣權益重。”
天順、成化時期，李賢以吏部尚書之尊進入內閣，既是六部之首，權勢極大，又開始成為內閣的領袖，首輔之職自此始。內閣開始有了明確的最高長官，加強了內閣的凝聚力和向心力，亦漸漸加大了對部院的壓制力。但到了成弘時期，內閣權柄進一步加強，在一定程度上被視為文官集團的代表，閣臣在一定程度上壓制部院。在弘治時期，在皇帝的默許下，不似成化時期的閣部相持，而是內閣權柄壓制部院。
其一，閣部相爭下的緊張激烈的關係。馬文升身為七卿之一，天然的與內閣是敵對關係，特別是自擔任吏部尚書以來，身為六部之首，一舉一動備受世人矚目。成化時期，馬文升由兵部尚書轉任南京兵部尚書，主要原因在於李孜省的中傷，但這其中必然也有內閣大學士萬安的影子，但亦是閣部相爭下的結果。因大學士萬安是個關係戶，巴結皇帝寵幸之人，“安結萬貴妃兄弟，進奸僧與李孜省結納，表裡奸弊。”
萬安與李孜省關係良好，再加上萬安乃內閣大學士，話語權重，再加上閣部之爭愈發嚴重，以及萬安自身的利益，故而馬文升只能黯然離場。弘治時期，大多數情況下，馬文升與內閣大學士謝遷處於合作關係，但關係再好，在利益面前，雙方也要翻臉。馬文升與文淵閣大學士丘浚之間關係較為緊張，雙方之間在觸及自身利益以及政見不同時，雙方之間矛盾極大。丘浚不顧及馬文升年老體衰，使其遠離政治中心，最終還是馬文升棋高一著，憑藉自己的政治智慧躲過一劫。
其二，閣部合作下的共贏關係。閣部之間在某些問題上，天然的抱有共同的政治理念，雙方之間站在同一條戰線上，共同進退，觀點相一致。例如傳奉官事情上，傳奉官的存在侵奪了文官集團的利益，特別是對吏部的栓選制度造成了很大程度上的破壞，引起了整個文官系統的強烈反彈，內閣和六部大員包括都察院之間通力合作，向傳奉官的存在進行抗爭。“恭遇皇上嗣登寳位之初，俯從言官之請，但系傳奉官員，盡行裁退，天下欣然，稱頌仁明。”
在宦官問題上，因正統年間王振專權產生的不好後果，特別是成化時期汪直的擅權攬政，大肆排斥異己，侵奪文官的整體利益，故而馬文升等部院大臣，加上內閣的支援，對宦官勢力十分關注和警惕，動輒便要反對和排斥，弘治元年，“時山陵未畢，而中官郭鏞請選妃以廣儲。謝遷力言不可，文升主之。”
文官系統本來就對宦官抱有敵意，閣部之間就有了合作基礎，持有相同的觀點，反對宦官勢力，併為下次的合作打下了基礎。例如，在弘治十四年，馬文升與內閣大學士劉健就再次合作，共同抵制宦官，“秋九月，詔遣中官王端往武當設像修齋，大學士劉健、吏部尚書倪嶽、兵部尚書馬文升各疏諫，上遽止。”在這次的合作中，不單單是兵部和內閣的合作，還加上了六卿之首的吏部，吏部更能代表部院，與內閣之間展開合作。
三、總結
內閣和部院之間的矛盾不可調節，內閣想要加強自身權柄，就要收部院之權柄，專指朝廷實權部門，六部和都察院，部院不忍大權旁落，亦要奮起反擊，形成閣部相爭，不利於中央政府的運轉，在一定程度上加強了政府的內耗，並制約了行政效率的提高。閣部之間不單單只是競爭，還有合作，合作才能共贏。利益才是合作與鬥爭的關鍵點，自身的利益，各自所屬部門的利益，文人集團的利益，這些都是他們合作與鬥爭的基礎點。
