價格方面，三代測序的成本也將逐步下降，
有預測說到2025年底，三代測序和二代測序將幾乎平價。
二代測序在進行測序時要把DNA分子進行復制和擴增，發出的熒光訊號才能夠放大並被光學系統檢測到，進行鹼基識別。所以二代測序有很高的通量，可以產生龐大的資料，但是讀長很短。
我們目前定義的三代測序是指單分子測序。
由於各自的特點，由於目前三代測序的成本還沒有降下來，所以
我們都是用二代測序先做小的變異分析，再用三代測序做大的變異
。不過以後三代測序的成本和準確度提高之後，是否會取代二代測序，從理論上應該是會的。當然，在一些ctDNA和液體活檢領域，不需要很長的讀長，短時間之內二代測序還是有優勢的。
第一臺單分子測序儀是Helicos，不過它的讀長很短，只有30-50個鹼基，儘管是單分子測序，但並沒有形成市場影響力。
一直到Pacbio公司的單分子測序儀上市，不過Pacbio剛上市時雖然改善了讀長，但是錯誤率很高，大約15%，主要是在早期沒有成熟的演算法、軟體和資料庫去矯正資料，所以很難真正去應用。
2012年開發出新的演算法，可以用二代測序資料去矯正三代測序的資料，後來又開發出可以用三代測序的資料去矯正三代測序，才把長序列變的比較準確。有了長序列就可以開始進行基因組的組裝。
